今天要吹爆的這個工具是來自華南理工大學的科研團隊開發(fā)的IOAT：一種用于組學數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析的交互式工具鞍盗。它可以快速執(zhí)行癌癥基因組數(shù)據(jù)的完整分析拭宁，用于亞型發(fā)現(xiàn)和生物標記物識別，而無需顧慮數(shù)據(jù)安全問題和編寫任何代碼对嚼。因此夹抗，IOAT能讓癌癥生物學家和生物醫(yī)學研究人員更容易和安全地分析他們的數(shù)據(jù)。
IOAT是什么纵竖？
IOAT是一個本地桌面工具漠烧，它提供了一套多組學數(shù)據(jù)整合解決方案。其主要針對csv格式數(shù)據(jù)靡砌，并將臨床數(shù)據(jù)與高維多組學數(shù)據(jù)相結(jié)合沽甥，還包含各種分析流程，如數(shù)據(jù)預處理乏奥、特征選擇摆舟、風險評估、聚類和生存分析邓了。通過使用IOAT恨诱，用戶可以安全、方便地在他們的私有多組學研究數(shù)據(jù)上嘗試各種方法的組合骗炉，找到適合他們數(shù)據(jù)的模型進行風險評估照宝，確定癌癥亞型。同時句葵，該工具還可以為他們提供與腫瘤分期密切相關(guān)的基因參考厕鹃，促進精準腫瘤學的發(fā)展。與其他工具相比乍丈，IOAT不需要用戶有任何編程基礎(chǔ)剂碴，對私有數(shù)據(jù)也十分安全和方便。同時它結(jié)合了多組學數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)轻专，以更好地研究不同癌癥患者的生命周期忆矛。
IOAT的操作流程
IOAT的主屏幕（上圖）包括幾個關(guān)鍵功能，特征選擇和聚類分析的結(jié)果可以無限次地保存在用戶指定的位置请垛。每次操作得到的熱圖催训、聚類圖、生存分析圖等也可以由用戶保存在指定位置宗收。用戶的每一個操作步驟都會被記錄在'結(jié)果'欄中漫拭。
研究團隊以肺癌多組學數(shù)據(jù)為例，演示了IOAT的一般操作流程：數(shù)據(jù)導入和預處理混稽；對高維多組學數(shù)據(jù)進行單因素和多因素分析采驻，降低特征維數(shù)儿捧，找出與癌癥密切相關(guān)的特征（特征選擇）；根據(jù)選擇特征進行風險評估挑宠，預測患者的生存率，并通過td-ROC曲線和c指數(shù)評價模型的效果颓影。對所選的多組學數(shù)據(jù)進行K-Means聚類各淀，得到不同的分子亞型。根據(jù)不同的分子亞型進行生存分析诡挂，以檢驗組間是否存在顯著差異碎浇。此外，IOAT還提供多組學數(shù)據(jù)或臨床數(shù)據(jù)中離散特征（如男性和女性）的生存分析功能璃俗。
未來奴璃，研究團隊除了進一步加強該工具功能之外，還計劃推出針對兩種使用場景的工具形式：對于公共數(shù)據(jù)（TCGA等）城豁，IOAT桌面工具的所有功能都以web的形式展示給用戶苟穆，以便用戶更好地分析一些公共數(shù)據(jù)集；對于私有數(shù)據(jù)唱星，用戶可以直接選擇本地桌面工具IOAT來保證隱私安全雳旅，同時研究團隊還將擴展IOAT桌面軟件的功能，使其能夠兼容用戶希望使用的方法并自行添加间聊。
IOAT下載地址及參數(shù)
#?下載地址
https://github.com/WlSunshine/IOAT-software
#操作系統(tǒng)
Windows
#其他要求
安裝Python v3.5.6或更高版本(適用于Windows)攒盈， R v3.5.1或更高版本(適用于Windows)。??
#使用許可
GNU GPL 3.0?
首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺??
參考文獻
Wu L, Liu F, Cai H. IOAT: an interactive tool for statistical analysis of omics data and clinical data[J]. BMC bioinformatics, 2021, 22(1): 1-14.
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