前面介紹了如何使用qiime2訓練特征分類器對16s數(shù)據(jù)進行分類注釋滚局，但是由于其占用內(nèi)存較高居暖，個人電腦難以運行，現(xiàn)在介紹如何利用blast比對的方法進行數(shù)據(jù)注釋藤肢。
參考：http://qiime.org/scripts/assign_taxonomy.html
目前qiime2使用頻率已經(jīng)很高了太闺，但是qiime1仍然擁有大批的用戶，現(xiàn)在我們使用qiime1里面的Assign_taxonomy.py腳本進行數(shù)據(jù)注釋
1.安裝qiime1
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
非常的簡單嘁圈，目前qiime2也有類似的安裝方法省骂，如下所示：
conda install -c qiime2/label/r2020.8 qiime2
2. 激活qiime1
(也可以將qiime1的路徑 寫入.bashrc就不用再進行激活，但牢記qiime1為python 2版本
source activate qiime1
3. 進行數(shù)據(jù)注釋
3.1 下載Silva138 數(shù)據(jù)
良心的qiime2團隊已經(jīng)給我們提供了處理好的數(shù)據(jù)
https://docs.qiime2.org/2020.8/data-resources/
Silva138 SSURef NR99全長序列：(https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-seqs.qza)
Silva138 SSURef NR99全長分類學:(https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-tax.qza)
下載這2組數(shù)據(jù)即可,之后通過qiime2將序列與注釋信息導出
3.2 數(shù)據(jù)導出
conda activate qiime2-2020.8
mkdir silva-138
qiime tools export --input-path silva-138-99-tax.qza --output-path silva-138
qiime tools export --input-path silva-138-99-seqs.qza --output-path silva-138
執(zhí)行以上代碼我們將得到如下文件：
dna-sequences.fasta
taxonomy.tsv
3.3 數(shù)據(jù)注釋
運用assign_taxonomy.py進行數(shù)據(jù)注釋
assign_taxonomy.py -m uclust \
-i asv_rep.fasta \
-r dna-sequences.fasta \
-t taxonomy.tsv -o taxonomy > tax.log
通過以上的命令得到了注釋結果最住，就可以繼續(xù)進行后續(xù)分析
參考qiime1的優(yōu)秀腳本清單：http://qiime.org/scripts/index.html
