在進行差異基因表達分析時涉茧,得到顯著差異基因后,接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能疹娶,常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析伴栓,今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAVID與KOBAS。
Step1:打開網(wǎng)站https://david.ncifcrf.gov/?蚓胸,進入DAVID首頁挣饥,然后點擊Start Analysis;
Step2:輸入所需要富集的顯著差異基因的基因名沛膳,并在select identifier中選擇official_gene_symbol扔枫,然后在gene type中選擇type list,最后點擊submit list锹安;
Step3:由于本次分析使用的是人類癌細胞短荐,故在list和background中的物種都選擇homo sapiens,讀者可根據(jù)自己研究物種的類型進行選擇叹哭;
Step4:由于下游的富集分析需要使用gene ID忍宋,需要進行基因名到基因ID的轉(zhuǎn)換;
下載轉(zhuǎn)換后的結(jié)果风罩;
復(fù)制轉(zhuǎn)換后的ID號糠排,為富集做準備;
Step5:把轉(zhuǎn)換后的ID輸入網(wǎng)站http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php超升,根據(jù)研究對象類型入宦,進行相應(yīng)選擇哺徊;
選擇KEGG Pathway與GO,點擊Run乾闰;
得到富集結(jié)果如下:
點擊任意Term落追,便可得到相應(yīng)的pathway,下圖為CELL CYCLE 的通路涯肩。
GO與KEGG富集分析轿钠,往往同時出現(xiàn)在不同場合,DAVID其實就可以做GO與KEGG富集分析病苗,但相比之下疗垛,KOBAS畫出的圖更賞心悅目,但KOBAS不支持直接輸入gene symbol 硫朦,所以我們常常聯(lián)合使用DAVID和KOBAS继谚。
除此之外,他們還有其他很多強大的功能阵幸,路漫漫其修遠兮花履,和小博一起慢慢探索吧。
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