通過Chimerax Userguide 和tutorial 的學習記錄
基本鼠標操作
鼠標左鍵移動——默認旋轉(zhuǎn)
鼠標滾輪——放大縮小
shift+ 鼠標左鍵移動 / ctrl+alt+左鍵——移動分子
control +鼠標左鍵——選擇原子
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若要恢復(fù)最初xy軸位置： （圓圈所示可以點開，得到一個總覽小窗口螟深，若分子不在視圖區(qū)可通過總覽窗口知曉位置焊傅“蛘或者直接通過orinent調(diào)到視圖區(qū)）
命令行工具
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一些提前需要知道的:
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spec包括模型、鏈念搬、殘基或原子
symbol example # #1:模型1 / /b:b鏈 : :51,第51位殘基；:glu,所有的谷氨酸 @ @ca:鈣離子（不區(qū)分大小寫） 以及solvent、ligand闸英、ions
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邏輯命令
命令 意義 & and ~ not (|:or)
例： @ca & @@bfactor>40 ——B-factor值大于40的鈣原子
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level和 target string
level target string atoms target a bonds target b pbonds target p cartoons/ribbons target c/target r surfaces target s models target m 英文格式中括號[]:內(nèi)部表示可選參數(shù)
|：分隔互斥參數(shù)
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命令行
基本操作命令
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open
可以通過打開本地文件（.pdb,.cif,.mmcif等文件）
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或聯(lián)網(wǎng)打開：
open [pdbname] format pdb
or
open [pdbname] #默認.cif格式例：輸入
open 2hyy后，日志顯示如下：
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show/hide
- usage: show/hide spec [level|target string]
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log中顯示：info
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例：
sel ~protein ——選擇除蛋白外原子/分子
info residues sel ——顯示選中分子/離子名稱
info sel ——顯示選中原子/離子名稱
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select
usage: sel [指定的目標]
相關(guān)操作： hide ~sel ——隱藏除了選中的styles形式的原子
基本修飾命令
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標記——label：
label [spec]
label height [value]
e.g.
label ligand height 1.0 ——顯示配位體名稱且其高度為1.0
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surface
- Usage:
surface [tom-spec [visible N] ——visible可選用于顯示可見補丁介袜，最好選擇1（便于觀察）
surface style (solid|mesh|dot)
- 例： surface ligand @<6.3 visible 1 ——顯示配體周圍距離小于6.3埃的原子
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preset
Usage:
preset preset-name #復(fù)原
preset orig #原始狀態(tài)默認是ribbons-
for protein:
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對cartoon(一般載入時默認ribbon模式):
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preset ribbons一般是默認卡通形式（可與后cartoon形式比較） -
preset cylindersα螺旋呈圓筒狀 preset licorice不表征二級結(jié)構(gòu)
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對style:
preset sticks預(yù)設(shè)成棍棒模型模式-
preset chain colors除了配體呈棍棒模型甫何、溶劑呈球棍模型，其他原子呈球形遇伞，并根據(jù)鏈上色 -
preset single color所有原子都呈球狀模型 -
preset cartoon呈卡通形式辙喂，與配體和離子有關(guān)的殘基也呈現(xiàn)棍棒結(jié)構(gòu)
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對分子表面
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preset transparent,預(yù)設(shè)表面70%透明度，其下原子顏色相同（配體呈球形） -
preset opaque,不透明表面鸠珠，按鏈上色 -
preset ghostly white白色分子表面巍耗，80%透明度 -
preset surf atom突出表面原子
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分子整體
preset inter,不顯示輪廓，默認背景（黑）-
preset pub渐排，顯示輪廓芍锦，白背景
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color
color spec colorname [target string] [transparency percent]- string,percent 是需要輸入的數(shù)據(jù)
- 例子：
color /d & helix sky blue cartoons #給D鏈的卡通形式的螺旋上天藍色
#對于2D模型：按……（為單元）上色
color bychain #按鏈上色
color byatom/byelement #按每個原子/元素上色
color byhet #按非碳原子上色
color bypolymer #按多聚體上色（給每個單聚體上色）
color bymodel #按模型上色
附：列出顏色元素
color list,log中顯示: -
rainbow
例： 上色前：
Usage:#只介紹對二級模型的上色，顏色更鮮艷
rainbow #每個螺旋顏色不同
rainbow chains #按鏈上色
rainbow residues #按殘基上色
rainbow polymers #按單聚體上色
rainbow structures #按模型結(jié)構(gòu)上色
上色后：或者可以直接使用鼠標點擊：
- style
Usage:
sytle spec [sphere|stick|ball]
關(guān)于sphere和ball的區(qū)別：
(ball其實就是球棍模型）
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seq——顯示序列 seq chain /a ——顯示A鏈序列
（黃色是螺旋部分飞盆，藍色是beta折疊區(qū)娄琉，白框是結(jié)構(gòu)中缺失部分）
結(jié)構(gòu)分析
距離及作用力
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距離：distance
Usage: distance atom1 atom2 [color __] [dashes N] [decimalPlaces N] [symbol true|false]
atom1 和atom2可以通過移動鼠標于所需連接的原子上，記錄其編號
color （可選）：改變假鍵顏色吓歇，后接顏色
dashes: 后接虛線點數(shù)孽水，N=0為實線
decimalPlaces：后接顯示距離所需保留的小數(shù)點后位數(shù)
symbol：決定是否需要A（這個符號）
distance :21@OG :302@O1B
distance style :21@OG :302@O1B color pale green (金色看不清，一開始未設(shè)置城看，之后可通過distance style設(shè)置)
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氫鍵hbonds
hbonds [選中的目標] reveal true log true 或
sel [spec]
hbonds sel restrict cross reveal true log true
——顯示氫鍵（不顯示氫原子）女气，使ribbons上的相關(guān)氨基酸顯示，并在log中顯示結(jié)果 
cartoon suppress false
——顯示骨架上的氨基酸（在仍處于ribbons狀態(tài)的時候）
~hbonds ——清除氫鍵
-
與目標接觸的氨基酸contact
所有類型的直接作用力（包括極性测柠、非極性炼鞠、吸引力和斥力）
contacts [spec] make Pseudobonds true reveal true log true
——顯示接觸原子的同時，顯示接觸原子和假鍵（非鍵作用等） 例：
contacts ligand make Pseudobonds true reveal true log true
cartoon suppress flase
例：若不顯示作用力
contacts ligand make Pseudobonds false reveal true log true
cartoon suppress flase
顯示排斥力：clashes clashes [spec] reveal t continuous t ——不間斷地檢查目標與周圍原子存在的排斥力（距離過近）
氨基酸構(gòu)象
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角度：torsion
Usage: torsion [atom-spec]
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例： torsion :248@n,ca,cb,cg (這些原子序號可通過鼠標查看轰胁，日志中顯示角度)
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氨基酸旋轉(zhuǎn)：rotamers
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工具面板中鼠標使用
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先使用rotamers面板 修改rotamer type：
選中一項谒主，圖形界面中就會只剩下那種角度 而且可通過右下角計算各個角度可能存在的氫鍵、排斥力
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工具面板中鼠標使用
表面和特質(zhì)
- B-factor（利用color體現(xiàn)）
B-factor（又稱溫度因子）是用來描述X-射線衍射蛋白晶體結(jié)構(gòu)時由于原子熱運動造成的射線衰減或散射現(xiàn)象赃阀。B值可用于識別蛋白結(jié)構(gòu)中的原子霎肯、氨基酸側(cè)鏈及l(fā)oop區(qū)域的運動性及柔性。
Usage：
-
color byattribute bfactor
藍色是低B值——蛋白核心；紅色是高B值——活性區(qū)域等其他部分
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color byattribute bfactor palette rainbow range 25,75
越偏藍B值越低观游，越偏紅B值越高搂捧。（多色有利于分辨）
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疏水性 Usage： mlp
調(diào)整surface，顯示ligand“口袋”： suface ligand @<6.3 visible 1
hide ribbon
hide protein
疊加和變形
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結(jié)構(gòu)疊加比對：mmaker(mm)
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Usage: mm matchstruct to referencestruct [showAlignment true|false] [paring mode] [alg alignment-algorithm] [matrix similarity-matrix] [ssFraction fraction|false] [computeSs true|false] [gapOpen opening-penalty(default:12)] [gapExtend extension-penalty(default 1)] [hgap intrahelix-penalty ] [sgap intrastrand-penalty ] [ogap other-penalty ] 解釋：
showAlignment懂缕，決定是否在序列顯示框中顯示重疊情況
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paring：決定匹配方式：
bb（默認）：將兩個模型中鏈序列比對得分最高的兩條鏈（有且僅每個模型一條鏈）進行匹配
ss：兩個模型中指定的兩條鏈比對 （e.g.mm #1/a,bto #2/c,d pair ss ——將1中a與2中c匹配允跑，1中b與2中d鏈匹配）
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alg：序列比對算法
nw（默認）：Needleman-Wunsch全局比對
sw：Smith-Waterman局部比對
matrix:氨基酸相似矩陣 BLOSUM-40, BLOSUM-45, BLOSUM-50, BLOSUM-55, BLOSUM-60, BLOSUM-62 (default), BLOSUM-65, BLOSUM-70, BLOSUM-75, BLOSUM-80, BLOSUM-85, BLOSUM-90, BLOSUM-100, BLOSUM-N, PAM-40, PAM-120, PAM-150, PAM-250, SDM, HSDM, Nucleic(核苷酸相似矩陣)
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ssFraction：二級結(jié)構(gòu)比對，后接二級結(jié)構(gòu)分數(shù)占比
fraction：0~1搪柑，二級結(jié)構(gòu)比較占比聋丝，1-fraction：殘基相似性比較占比
false：二級結(jié)構(gòu)比較不占比
computeSs：二級結(jié)構(gòu)比較評分
hgap：螺旋缺失扣分（用于二級結(jié)構(gòu)），默認18（可改）
sgap：折疊部分缺失扣分拌屏，默認18（可改）
ogap：無序部分缺失扣分，默認6（可改）
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例： mm #2 to #1 showAlignment t (#1：3w7f #2:2zco)
最終匹配部分在log中（橙色框中為最終匹配部分）：
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相關(guān)操作： 雙擊橙色方框（匹配部分） sel ~sel ——顯示未選中部分（蛋白質(zhì)中不匹配部分和ligand） display sel & protein ——顯示選中的蛋白質(zhì)（顯示側(cè)鏈）
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例：（延續(xù)上面操作术荤，看到側(cè)鏈環(huán)構(gòu)象不同倚喂，所以無法重疊）
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例：（延續(xù)上面操作术荤，看到側(cè)鏈環(huán)構(gòu)象不同倚喂，所以無法重疊）
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模型變化軌跡：morph
創(chuàng)建在兩個或更多原子模型之間變化的軌跡,需要先進行mm
Usage1： morph model-spec [wrap true|false] [frames N] ——wrap：是否需要恢復(fù)到起始狀態(tài) ——frames：模擬的變化階段（總數(shù)為N+1）
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例：
按紅色鍵可錄制并保存視頻
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局限：
要求鏈數(shù)一定要相同（要提前刪除額外鏈）
變化過程中，α螺旋瓣戚、β折疊不在重新變化過程中的計算相應(yīng)數(shù)值（保留mmaker中計算的評估分數(shù)）
[1] 其morphing parameter也可以進行修改,在此不多加描述端圈。
