跟著nature學(xué)作圖:相關(guān)系數(shù)圖篇

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“會模仿”又加以創(chuàng)造席揽,不是更好嗎补箍?——魯迅

今天要模仿和突破的是我們常用的“相關(guān)系數(shù)圖”吩蔑,來自于nature子刊scientific data体谒,文章如下圖所示:

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文章鏈接https://www.nature.com/articles/s41597-021-00809-x

代碼及數(shù)據(jù)https://github.com/oxwang/SciData_scRNAseq

擬復(fù)現(xiàn)圖片樣式:Fig6

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代碼實現(xiàn)

為了方便測試,大家可以進(jìn)入基因云https://www.genescloud.cn)的“相關(guān)系數(shù)圖”下載示例數(shù)據(jù)翻默。 上面文章對應(yīng)相關(guān)系數(shù)圖核心代碼如下缸沃。

# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
dat <- read.delim("data.txt",stringsAsFactor=FALSE,row.names=1)
# 計算相關(guān)系數(shù)
cor.dat <- cor(dat)
# 作圖
corrplot::corrplot(cor.dat, 
            method = "number", 
            order="hclust", 
            rect.lwd = 1,
            addrect=3,  
            number.cex = 0.8, 
            tl.cex = 1, 
            cl.cex = 0.9,
            tl.col="black")
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數(shù)值相關(guān)系數(shù)圖模仿成功,接下來我們考慮下如何進(jìn)行再創(chuàng)造修械,升級突破下:

創(chuàng)造一: 如何實現(xiàn)方形趾牧、圓形、扇形等形狀的相關(guān)系數(shù)圖肯污?
創(chuàng)造二: 如何實現(xiàn)多種圖形及數(shù)字組合的相關(guān)系數(shù)圖翘单?
創(chuàng)造三: 如何在相關(guān)系數(shù)圖中添加顯著性標(biāo)識?
......

如果要寫代碼的話蹦渣,沒有個上百行解決不了問題哄芜,有沒有工具能夠快速實現(xiàn)以上所有功能呢?正所謂君子善假與物也剂桥,下面給大家分享一款"派森諾基因云"的在線繪圖小工具“相關(guān)系數(shù)圖”忠烛,助您輕松get百種樣式的相關(guān)系數(shù)圖。

平臺實現(xiàn)

1 提交繪圖

登入基因云平臺(https://www.genescloud.cn), 進(jìn)入“相關(guān)系數(shù)圖”頁面权逗,上傳或者選擇數(shù)據(jù)文件后美尸,一鍵提交繪圖即可冤议。

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2 參數(shù)調(diào)整

(1)圖表類型

基因云平臺小工具提供了完整圖、正/倒三角圖等多種圖形樣式师坎,供您自由切換選擇恕酸。

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(2)圖案樣式:

相關(guān)性系數(shù)圖提供了方形、橢圓胯陋、餅圖等多種形狀的選擇蕊温,同時還支持不同圖案的組合圖,比如橢圓+餅圖遏乔,方形+數(shù)字等等义矛,總有一種樣式讓您稱心如意。

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(3)系數(shù)值顯示

系數(shù)值可以根據(jù)聚類算法盟萨、變量名稱等多種形式進(jìn)行排序呈現(xiàn)凉翻,還可以控制系數(shù)值的小數(shù)位數(shù),以及值的顯示與隱藏捻激。

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(4) 顯著性標(biāo)識

當(dāng)然制轰,大家關(guān)心的顯著性標(biāo)識,形式也很豐富胞谭,可以顯示圖案垃杖、p-value數(shù)值 、空白丈屹,標(biāo)識圖案的形狀调俘、顏色、大小等都可以隨意調(diào)整旺垒。

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好脉漏,今天就分享到這里了,希望能夠?qū)Υ蠹矣兴鶐椭?/p>

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