mood: 生日 & 新公司入職的第一天考榨, happy birthday~
來的第一件事占业,環(huán)境配置 & Anaconda學(xué)習(xí)傲须,記錄如下:
1 Anaconda安裝
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh
sh Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh
2 創(chuàng)建conda子環(huán)境
默認(rèn)安裝完環(huán)境是base環(huán)境也榄,考慮到 python 2.7即將被淘汰,python3.7有的軟件不支持赌莺,所以創(chuàng)建了一個(gè)python 3.6的版本
conda create -n python-3.6 python=3.6
其中-n后面接的是子環(huán)境名字冰抢,可自主命名,此例中為python-3.6艘狭。
查看環(huán)境和channel
conda info --env
conda config --show channels
3 進(jìn)入子環(huán)境挎扰,安裝bioconda庫(kù)中軟件
conda activate python-3.6
conda install -c bioconda bowtie2
conda deactivate
4 更新包、刪除包
conda update <packagename>
conda update -n python-3.6 <packagename>
conda remove <packagename>
參考資料: Anaconda簡(jiǎn)單入門
2020 / 04 / 02 安裝bioperl一直裝不上缓升,換了中科大的源鼓鲁,成功蕴轨。參考資料:
annconda換國(guó)內(nèi)源
https://www.datalearner.com/blog/1051522465164324
2020 / 06 / 09 利用yml文件移植環(huán)境
# 導(dǎo)出環(huán)境配置
conda env export > environment.yml
# 創(chuàng)建環(huán)境
conda env create -f environment.yml