混合線性模型MLM：GLM模型中，如果兩個表型差異很大叙凡，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等）正驻，則那些與該表型無關(guān)的遺傳差異也會影響到相關(guān)性。MLM模型可以把群體結(jié)構(gòu)的影響設(shè)為協(xié)方差牵辣，把這種位點校正掉摔癣。此外，材料間的公共祖先關(guān)系也會導(dǎo)致非連鎖相關(guān)纬向，可加入親緣關(guān)系矩陣作為隨機效應(yīng)來矯正择浊。
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
表型數(shù)據(jù)：sample.table
Q矩陣：snp.3.Q
vcf文件：all_snp.vcf
參考腳本
計算親緣關(guān)系矩陣
run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx50g \ #設(shè)置內(nèi)存大小
-importGuess ./all_snp.vcf \ #輸入文件
-KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin \#計算親緣關(guān)系矩陣
-export kinship.txt \#輸出文件id
-exportType SqrMatrix #輸出文件的格式
基于mlm模型進(jìn)行GWAS分析
run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx50g \ #設(shè)置內(nèi)存大小
-fork1 -vcf ./all_snp.vcf \#vcf文件
-fork2 -t sample.table \#表型數(shù)據(jù)
-fork3 -q snp.3.Q -excludeLastTrait \ #Q矩陣
-fork4 -k kinship.txt \ #親緣關(guān)系矩陣
-combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect \#整合輸入文件
-combine6 -input5 -input4 -mlm \#mlm分析
-mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel None\ #標(biāo)準(zhǔn)模型分析
-export mlm_output #輸出結(jié)果
結(jié)果文件
mlm_output1.txt
mlm_output2.txt
mlm_output3.txt
mlm_output4.txt
畫圖
畫圖腳本與上篇gwas模型一致
