論文發(fā)表之前我們常常會有遞交測序數(shù)據(jù)到NCBI的需求，這些數(shù)據(jù)例如：基因組往果，轉(zhuǎn)錄組疆液，ChIP-seq，ATAC-seq陕贮，基因組注釋文件堕油，三代測序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子數(shù)據(jù)庫將其收集。

1. NCBI賬號注冊

• 點擊最右上角

• 點擊注冊屬于自己的賬號
  image.png

2. 登錄賬號后開始數(shù)據(jù)上傳

• 先遞交BioProject項目信息

• 這里需要依次填寫7個部分的內(nèi)容， 并至少指定一個機構(gòu)郵箱
• 再遞交BioSample樣品信息
  

• 這里需要依次填寫6個部分的內(nèi)容掉缺， 并至少指定一個機構(gòu)郵箱

  
  
• 然后我們遞交測序原始數(shù)據(jù)（二代測序福也；三代測序）到SRA數(shù)據(jù)庫
  
  
  1）填寫基礎(chǔ)信息
  
  
  2）這里需要輸入系統(tǒng)分配的的BioProject號
  
  
  3)接下來的內(nèi)容依次填寫，都是一些基礎(chǔ)的測序信息攀圈，需要遞交的數(shù)據(jù)必須用英文命名暴凑，直到這一步才開始上傳數(shù)據(jù)。由于國內(nèi)網(wǎng)速不好赘来，需要使用aspera工具遞交
  
  
  在windows或Linux系統(tǒng)下打開命令行现喳，創(chuàng)建一個新目錄，命名為submit犬辰，并將需要上傳的數(shù)據(jù)拷貝到該目錄下嗦篱，輸入

ascp -i ~/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d submit subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/568019240_qq.com_w3VfoRkI

等待10分鐘后， 點擊 select preload folder幌缝， 將出現(xiàn)剛才上傳的文件夾灸促，選中即可，注意這里上傳的文件名及后綴必須和SRA METADATA表格中填寫的完全一樣涵卵，完成遞交后我們可以看到這些遞交信息浴栽，經(jīng)NCBI系統(tǒng)確認(rèn)后，會顯示Processed

• 如果拼接了基因組轿偎，我們需要上傳基因組fasta文件和基因注釋文件典鸡，官方步驟點這里查看
  1）制作GeneBank遞交模版，這一步需要填寫之前的BioSample和BioProject號
  2）準(zhǔn)備一個需要上傳的基因組fasta文件坏晦，fasta的Header最好用這種格式：

>xxxx_1 [organism=Genus species] [strain=xxxx]
>xxxx_2 [organism=Genus species] [strain=xxxx]

3)準(zhǔn)備GFF3/GTF文件萝玷，文件的第一列必須和基因組序列header對應(yīng)具體的細(xì)節(jié)在這里，簡單來說昆婿，先下載table2asn_GFF工具球碉，然后使用命令：

table2asn_GFF -M n -J -c w -euk -t template.sbt -gaps-min 10 -l paired-ends -locus-tag-prefix H6S33 -j "[organism=Morchella sextelata]" -i ./Morchella.fsa -f ydj.gff3 -o output.sqn -Z

-f: 基因組注釋文件GFF3/GTF
-t: 第一步制作的模版
-i: 第二步準(zhǔn)備的基因組序列文件
-locus-tag-prefix: 這個參數(shù)好像需要寫郵件到genomes@ncbi.nlm.nih.go，他們會給回復(fù)這個號（可能也有別的辦法獲炔智）
4）運行完成后睁冬，文件夾下會存在一個.sqn后綴的文件，將其放入一個單獨的文件夾多律，命名為submit2痴突，然后開始遞交

ascp -i ~/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d submit2 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/568019240_qq.com_w3VfoRkI

數(shù)據(jù)遞交過程有任何問題可以向工作人員反應(yīng)：genomes@ncbi.nlm.nih.go