（這里只列流程画恰，原理和具體參數(shù)設(shè)置請參照說明書，推薦使用 Windows系統(tǒng)，不需要編譯）
1揍庄、軟件下載及安裝（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html）
需要下載PAML和PAMLX兩個文件的壓縮包救鲤。
PAML是原始軟件久窟，PAMLX為可視化版本，PAMLX 支持4.9及以上版本的 PAML本缠。下載壓縮包后直接解壓縮即可使用斥扛。
需要注意的是，下載完成PAML之后一定要記住自己存放的路徑。
PAMLX壓縮包
PAML壓縮包
使用PAMLX前需要向它指定PAML的路徑才能使用稀颁。因為程序和示例在PAML包中芬失，PAMLX包中只有可視化操作的部分。
2匾灶、準備輸入文件（以安裝包中自帶的【類人猿線粒體蛋白編碼基因】數(shù)據(jù)為例）
一共需要準備兩個輸入文件：
（1）序列文件
（2）樹文件（帶有校準點的有根樹）
一般Bayes建樹之后會輸出很多文件棱烂，找到符合Newick格式的樹然后復(fù)制粘貼出來。Newick格式的樹如下：
((((human, (chimpanzee, bonobo)) '>.06<.08', gorilla), (orangutan, sumatran)) '>.12<.16', gibbon);
具體文件在安裝包中阶女。
3颊糜、參數(shù)設(shè)置?(參照說明書中的參數(shù)進行設(shè)置）
4、輸出文件如下
