Linux環(huán)境下安裝軟件
Step 1. 了解conda
“Linux的應用商店”
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Step 2. 下載miniconda(conda的精華版)
Step 3. 安裝和配置miniconda
Note1: 安裝成功后注意激活;
Note2: 添加清華鏡像
conda config --add channels [https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/)
conda config --add channels [https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/)
conda config --add channels [https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/)
conda config --add channels [https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/)
conda config --set show_channel_urls yes
Step 4. miniconda的基本操作（以fastqc為例）
4.1 查看當前服務器安裝的所有軟件列表
conda list
4.2 搜索conda軟件
conda search fastqc
4.3 安裝軟件fastqc
conda install fastqc -y
conda remove fastqc=0.11.7 -y(指定版本號)
Step 5. conda不同環(huán)境的設置
1. 查看當前環(huán)境目錄
conda info --envs （前面帶*表示默認環(huán)境）
001.JPG
2. 建立一個名為rna-seq的conda環(huán)境执解，指定python 版本為3抓于，同時安裝fastqc,trimmomatic兩個軟件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
Captur1e.JPG
3. 再次查看conda環(huán)境
conda info --envs
4.激活新的conda環(huán)境：rna-seq
conda activate rna-seq(此時可以輸入fastqc贩幻，查看是否可以使用)
5.退出當前環(huán)境
conda deactivate
