第一步：http://www.reibang.com/p/e0bfa7b75ccb
Q： 進(jìn)行去接頭及質(zhì)控之后玄括，接下來把reads mapping回基因組遭京，這里我用的是Bowtie2，為什么選擇用bowtie2？
bowtie出現(xiàn)的早，對于測序長度在50bp以下的序列效果不錯，而bowtie2主要針對的是長度在50bp以上的測序的,我的測序是PE150寞钥，所以我選擇用bowtie2分析數(shù)據(jù)
代碼：
bowtie2 -q --phred33 --very-sensitive --score-min L,0,-0.4 -x /Database/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel
-1 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/aly-CTCF/cutadp/CTCF_1.trim.fq
-2 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/aly-CTCF/cutadp/CTCF_2.trim.fq
-S ./CTCF2.sam
samtools view -q 10 -h ./CTCF2.sam > ./CTCF2_q10.bam
這兩步：
1 bowtie2是為了mapping到基因組上，我選擇的是hg38，然后輸出sam
2 第二就是選擇mapping質(zhì)量高的咨油， 并且把sam轉(zhuǎn)成bam
接下來：
samtools sort -n -o Dam_nq10.bam Dam_q10.bam
我按照名字進(jìn)行篩選役电，我們可以直觀的看到reads信息冀膝，我們就可以根據(jù)排序后的bam文件去看pair-end reads的情況，并且论笔，我們對這個bam進(jìn)行統(tǒng)計。
（我老師說，這一步?jīng)]啥作用火俄，因為本身bowtie2輸出的時候竿开，就已經(jīng)是根據(jù)name輸出的敬尺。我保險點，還是寫了贴浙，因為接下來需要用到一對reads進(jìn)行分析）
PS：
此外砂吞，可以利用管道符傳參，可以節(jié)省內(nèi)存Ｐ呜舒！
看一下mapping的效率：
mapping效率
mapping完了之后，可以reads的GATC位點了！袭蝗！
