GO分類條形圖

R 繪圖腳本

rm(list = ls())
library(ggplot2)
windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman"))
setwd("D:\\data\\kegg_go_class")
data <- read.table("test.DESeq2.goClass.xls.counts",sep='\t',header = T)
pdf(file="test.DESeq2.goClass.pdf",width=10,height=10)
dorder = factor(as.integer(rownames(data)),labels=data$GO_term) #對數(shù)據(jù)按GO_term排序
ggplot(data,aes(x=GO_term,y=Number_of_Genes,fill=GO_category))  +   #定義X軸调塌,Y軸的數(shù)據(jù)和顏色填充
  geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(0.7),width=0.8,aes(x=dorder))  + #定義柱形圖的寬度和間距
  coord_flip() +  #轉(zhuǎn)換橫縱坐標(biāo)
  ylim(0,600) +
  scale_fill_discrete(name="GO category") + #修改legend的tittle
  theme_bw() +
  theme(panel.grid =element_blank(),axis.text=element_text(size = 10,face = "bold")) + 
  geom_text(mapping = aes(label = Number_of_Genes),size = 4,hjust = -0.5) +
  ylab("Number of genes")  +#修改X軸標(biāo)簽
  xlab("")
dev.off()

繪圖結(jié)果

image.png

測試數(shù)據(jù)

GO_term GO_category Number_of_Genes
Aging   Organismal Systems  42
Excretory system    Organismal Systems  46
Environmental adaptation    Organismal Systems  72
Sensory system  Organismal Systems  78
Circulatory system  Organismal Systems  80
Digestive system    Organismal Systems  93
Development Organismal Systems  108
Endocrine system    Organismal Systems  207
Immune system   Organismal Systems  225
Nervous system  Organismal Systems  246
Biosynthesis of other secondary metabolites Metabolism  6
Xenobiotics biodegradation and metabolism   Metabolism  14
Metabolism of terpenoids and polyketides    Metabolism  19
Metabolism of cofactors and vitamins    Metabolism  23
Energy metabolism   Metabolism  27
Metabolism of other amino acids Metabolism  28
Overview    Metabolism  34
Nucleotide metabolism   Metabolism  37
Glycan biosynthesis and metabolism  Metabolism  40
Amino acid metabolism   Metabolism  52
Carbohydrate metabolism Metabolism  56
Lipid metabolism    Metabolism  78
Transcription   Genetic Information Processing  7
Replication and repair  Genetic Information Processing  9
Translation Genetic Information Processing  25
Folding, sorting and degradation    Genetic Information Processing  55
Membrane transport  Environmental Information Processing    9
Signaling molecules and interaction Environmental Information Processing    229
Signal transduction Environmental Information Processing    517
Cellular community - prokaryotes    Cellular Processes  6
Cell motility   Cellular Processes  47
Cell growth and death   Cellular Processes  146
Cellular community - eukaryotes Cellular Processes  158
Transport and catabolism    Cellular Processes  163

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