doublet 和 multiplet

在單細胞RNA測序(scRNA-seq)中,multiplets和doublets是兩種不同的細胞組合情況着撩。

Multiplets(多細胞聚集):指一個細胞被錯誤地識別為具有多個barcode(細胞標(biāo)識符)的情況智听。這通常是由于技術(shù)問題或?qū)嶒炛械腻e誤導(dǎo)致的忧饭。在一些單細胞測序技術(shù)中逾滥,每個細胞應(yīng)該有唯一的barcode用于標(biāo)識声搁,但在某些情況下足删,一個細胞可能會被錯誤地分配多個barcode寿谴,導(dǎo)致測序數(shù)據(jù)中存在多個barcode對應(yīng)于同一個細胞。

multiplet_rate.png

https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360001378811-What-is-the-maximum-number-of-cells-that-can-be-profiled-
Doublets(雙細胞):指的是兩個或更多個不同的細胞被錯誤地識別為同一個細胞失受,即具有相同的barcode(細胞標(biāo)識符)讶泰。這種錯誤識別可能是由于細胞聚集咏瑟、細胞黏附或?qū)嶒炛械募夹g(shù)問題等原因?qū)е碌摹.?dāng)兩個或多個不同的細胞被錯誤地識別為同一個細胞時痪署,這些細胞的RNA會在同一個barcode下被合并码泞,導(dǎo)致單細胞測序數(shù)據(jù)中存在混合的表達譜和細胞特征。這樣的情況會干擾細胞類型的準(zhǔn)確識別和表達譜的準(zhǔn)確分析

Multiplets和doublets在單細胞測序中都被認為是噪音來源狼犯,并且可以對數(shù)據(jù)分析和解釋產(chǎn)生負面影響余寥。因此,在單細胞測序數(shù)據(jù)分析過程中悯森,通常需要對這些異常細胞進行識別和排除宋舷,以確保獲得準(zhǔn)確和可靠的結(jié)果。

https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(19)30073-0
RNA
doubletFinder 專門去除doublet
Seurat 也有簡單的QC 來幫助清除doublet . low quality death cell
ATAC
ArchR ‘a(chǎn)ddDoubletScore’
multiplet瓢姻,即一個細胞多個barcode

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