前面給大家介紹過如何用一些簡(jiǎn)單易用的網(wǎng)頁(yè)工具去做GO和KEGG富集分析
?富集分析DAVID、Metascape懈凹、Enrichr情屹、ClueGO
也給大家介紹過如何用R做GO富集分析和結(jié)果可視化林说，以及如何將富集結(jié)果中的gene ID轉(zhuǎn)成基因名字
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖末融，氣泡圖
還有計(jì)算富集倍數(shù)的三種方法
?GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算浓瞪、
今天小編就接著來聊一聊如何用R做KEGG富集分析湿右，并展示柱形圖毅人，氣泡圖和通路圖。KEGG富集分析的結(jié)果相對(duì)于GO富集分析來說，要簡(jiǎn)單一些瞎疼，不會(huì)再分成更多的類別。KEGG的富集結(jié)果就只有一個(gè)類別逗噩，所以展示起來也相對(duì)容易一些。
柱形圖
氣泡圖
KEGG通路圖
pdf格式驱闷，矢量圖耻台，紅色基因上調(diào)，綠色基因下調(diào)
png位圖空另，KEGG官網(wǎng)樣式的通路圖盆耽，但是只能導(dǎo)出為png格式，很多雜志是不接受png格式圖片的扼菠。但是小編確實(shí)在SCI雜志文章中看到過這種樣式的圖片摄杂。所以這個(gè)要看具體雜志的要求了，或者可以去做一些格式轉(zhuǎn)換循榆。
我們還能批量的導(dǎo)出KEGG富集分析結(jié)果中析恢，最顯著的前10個(gè)通路的通路圖
