Rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用
第一天
一.從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計
目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容鸳君、理論基礎(chǔ)访圃、研究意義。
1蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測簡介
1.1主鏈二面角與二級結(jié)構(gòu)
1.2側(cè)鏈堆積與三級結(jié)構(gòu)
2蛋白質(zhì)設(shè)計簡介
2.1蛋白質(zhì)設(shè)計的分類及應(yīng)用
二.Rosetta基礎(chǔ)
?
三.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer?相嵌、Linux和Python基礎(chǔ)
目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)况脆。
3Pose/mover/scorefunction
4LINUX入門命令
4.1 用戶屬組及權(quán)限目錄文件屬性
4.2 LINUX基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量
4.3 shell常用命令練習(xí)
4.4 conda介紹
四.結(jié)構(gòu)擾動與結(jié)構(gòu)優(yōu)化
五．序列設(shè)計
PackRotamer和FastDesign
目標(biāo)：了解Rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和RosettaScript編寫應(yīng)用（以pack/min/pack為例）饭宾。
5Minmover,?MC?Mover,?Fastrelax mover
5.1?Movemap
6RosettaScript組成和要素
6.1?Filter?ResidueSelector?
TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天
六.蛋白-蛋白對接基礎(chǔ)
目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測手段。
7Translat和rotation mover
7.1 Low?resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精細(xì)調(diào)整
7.3 FoldTree
七.抗體設(shè)計
目標(biāo)：熟悉抗體模型預(yù)處理流程,掌握RAbD常用命令
8抗體結(jié)構(gòu)文件的處理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗體抗原對接模型
8.3 CDR區(qū)優(yōu)化
8.4 Framework區(qū)優(yōu)化
案例實踐：SSD和MSD設(shè)計任務(wù)
八. CartisenDDG?突變掃描
九.?RosettaScript應(yīng)用
目標(biāo)：熟悉RosettaScript開發(fā)流程格了，了解序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計原理看铆，完成從頭蛋白質(zhì)設(shè)計的操作練習(xí)。
9序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計
9.1 Input和Output flags控制輸入輸出
9.2 CleanAtom結(jié)構(gòu)預(yù)處理
9.3 ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons
9.4 ResFile等輔助文件
9.5 小改中改與大改
9.6 練習(xí)答疑
案例實踐：FastDesign設(shè)計任務(wù)
