1.kegg數(shù)據(jù)庫(kù)下載
通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因，想對(duì)這個(gè)基因做通路很簡(jiǎn)單募书，直接用kegg的網(wǎng)頁(yè)注釋就可以折剃；如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列表，要找全的話只能從數(shù)據(jù)庫(kù)里調(diào)了绪抛。數(shù)據(jù)庫(kù)下載方式资铡，參考本文：什么？KEGG數(shù)據(jù)你竟然還不會(huì)下載４甭搿笤休！
人類的kegg注釋文件下載https://pan.baidu.com/s/1o7XseDG.
A，B開頭分別代表KEGG的分類症副；
C開頭代表代謝通路店雅，pathway；
D開頭代表該通路里邊的基因贞铣，其中第二列為ncbi_entrez_id和gene?Symbol闹啦；
2.kegg數(shù)據(jù)庫(kù)各前綴含義
1）?K+num辕坝，表示在所有同源物種中具有相似結(jié)構(gòu)或功能的一類同源蛋白窍奋；（注：K大寫）---如，K04456 = 絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶酱畅；
2）ko+num琳袄，表示代謝通路名稱，表示一個(gè)特定的生物路徑纺酸；（注：ko小寫）?---如窖逗，ko04151 = PI3K-Akt信號(hào)通路；
3）M+num吁峻，表示模塊名稱?滑负；---如，M00676 = PI3K-Akt信號(hào)模塊用含；
4）map+num矮慕，表示KEGG中通用?代謝通路圖；無色啄骇；
5）hsa+num痴鳄，表示KEGG中某特定物種代謝通路圖；該類通路圖中通常有綠色方框缸夹，表示該方框?qū)儆谠撐锓N痪寻；hsa是人類的代號(hào)螺句，若是別的物種，該代號(hào)會(huì)變更橡类；
6）?C+num蛇尚，表示化合物名稱；如C00533 = NO （一氧化氮）
7）-.-.-.- 顾画，表示酶的名稱取劫；如EC2.7.11.1 = 絲氨酸/蘇氨酸激酶（即K04456，AKT）研侣；在代謝通路圖中谱邪，方框中通常會(huì)有-.-.-.-的數(shù)字，即表示酶庶诡；
8）R+num惦银，表示反應(yīng)名稱；
9）RC+num末誓，表示反應(yīng)類型扯俱；
10）RP+num，表示反應(yīng)物質(zhì)對(duì)喇澡。?
3. 各種ID轉(zhuǎn)換 ?
去HGNC數(shù)據(jù)庫(kù)下載頁(yè)面蘸吓，下載protein-coding gene.txt這個(gè)文件，里邊有各數(shù)據(jù)庫(kù)之間的ID對(duì)應(yīng)關(guān)系撩幽，可輕松應(yīng)對(duì)各種轉(zhuǎn)換。
