Day3 linux環(huán)境下的軟件安裝 2020-2-16
linux如何安裝軟件蟹演？
1. 了解“l(fā)inux的應(yīng)用商店”——conda
conda是一個(gè)開源包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)池户，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系蓉驹，并在它們之間輕松切換第献。 它適用于Linux衬吆，OS X和Windows秸滴，是為Python程序創(chuàng)建的，但可以打包和分發(fā)任何軟件栈源。
Anaconda是一個(gè)開源的Python發(fā)行版本挡爵，包含了conda、python等180多個(gè)科學(xué)包及其依賴項(xiàng)甚垦。因?yàn)榘舜罅康目茖W(xué)包茶鹃，所以Anaconda的安裝包比較大。如果為了省時(shí)間艰亮，也可以使用Miniconda這個(gè)較小的發(fā)行版闭翩。
Miniconda是最小的conda安裝環(huán)境。
小而精的Miniconda即可滿足基本生信需求迄埃。
2. 下載及安裝miniconda
A. 搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站）
B. 進(jìn)入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
有64-bit（x86_64）疗韵、32-bit(x86)兩種版本
C. 接下來，查看自己服務(wù)器是多少位的：輸入命令 uname -a
并安裝python3.6對應(yīng)的版本
D. 右鍵-復(fù)制下載鏈接
E. 安裝conda
b. wget加鏈接即可開始下載conda：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shc.
conda info可以查看conda的版本等信息
F. 激活conda
G.添加鏡像
使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3. 使用conda安裝及卸載軟件
4. 什么是conda環(huán)境蕉汪？如何更改流译？
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組肤无、基因組組裝先蒋、重測序等多個(gè)項(xiàng)目骇钦。
每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件宛渐，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本眯搭，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本窥翩，怎么辦？
--別想了鳞仙，辦法就是分身？芪谩！按照你的項(xiàng)目棍好，定制不同的分身仗岸，安裝不同的軟件，互不干擾借笙。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”扒怖。
5. conda的卸載
參考文末鏈接
References:
1.【conda】Anaconda和Miniconda (MarcoHorse, 簡書)
2. 生信小白第3天-linux的App Store (生信星球)
** >>> 結(jié)語：FFFFFighting！Ｒ导凇盗痒！堅(jiān)持就是勝利～ <<< **
