circos是基于perl語言編寫的叶洞,可用于繪制共線性分析之后的各種圈圖敛滋,功能之強(qiáng)大田篇,由于安裝時(shí)需要權(quán)限替废,故選擇安裝在Windows上
1.下載strawberryperl,circos
(1)http://strawberryperl.com/泊柬,下載strawberryperl安裝包直接安裝即可
(2)http://circos.ca/software/椎镣,下載3個(gè)包:circos-0.69-2.tgz 用于繪圖的主要的安裝包程序文件;circos-tutorials-0.67.tgz 詳細(xì)的配置說明兽赁;circos-tools-0.22.tgz 可選擇的一些工具 (解壓)
2.安裝
開始 → 運(yùn)行 → 鍵入cmd
D:
cd D:\biosoft\circos-0.69-6 #我將circos安裝包放在了D:\biosoft\目錄下
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf
#此時(shí)會報(bào)錯状答,提示missing許多perl模塊
3.下載missing的perl模塊
到https://metacpan.org/中下載missing的模塊
將下載的所有的模塊解壓后放在D:\biosoft\circos-0.69-6\lib目錄下
4.安裝perl模塊
注意:perl模塊的安裝主要有2種方式刀崖,具體查看該模塊的README或CONTRIBUTING文檔
方式一(gmake):以該種方式安裝的模塊有config-general\font-tff-font\math-bezier\Set-IntSpan\Statistics-Basic\SVG\Text-Format\Regexp-Common等
以Config-General模塊的安裝為例:
cd D:\biosoft\circos-0.69-6\lib\Config-General-2.63
perl Makefile.PL
gmake
gmake test
gmake install
方式二(build):以該種方式安裝的模塊有Params-Validate\Readonly等
以Params-Validate模塊的安裝為例:
cd D:\biosoft\circos-0.69-6\lib\Params-Validate-1.29
perl Build.PL
Build
Build test
Build install
注意:有的模塊安裝失敗惊科,可能是因?yàn)槠浒惭b還需要依賴于別的模塊,注意查看報(bào)錯信息亮钦,諸如安裝statistics::basic模塊之前需要安裝number::format模塊馆截,否則安裝不上
5.測試安裝是否成功
cd D:\biosoft\circos-0.69-6 切換到circos的安裝主目錄下
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf
運(yùn)行結(jié)束后,會出現(xiàn)circos.png和circos.svg兩張圖片或悲,說明circos終于安裝好了
參考:
01 http://www.circos.ca/documentation/tutorials/
02 Circos-Windows實(shí)戰(zhàn)筆記(安裝篇)
03 circos的perl模塊安裝