- update at 2024.6.4
最近在搭建多組學(xué)的生信流程云平臺灼伤，需要用到一些分析的軟件包，有一些比較難安裝竿刁， 比如 HALLA
安裝要求
- python >= 3.7
- R-base >= 3.6.1
1. 直接conda安裝眼耀， 失敗 ！
conda install bioconda::halla
conda install biobakery::halla
2. pip 安裝 随常， 失敗 ！萄涯！
pip install halla --no-binary :all:
pip install halla -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
3. pip 手動安裝
- 安裝python依賴包
pip install numpy scipy scikit-learn matplotlib pandas seaborn statsmodels pyyaml tqdm rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
## 很遺憾绪氛， rpy2 沒有裝上
## conda 安裝試一下
conda install conda-forge/label/broken::rpy2 -y
- 安裝R依賴包
install.packages("eva", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
install.packages("XICOR", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
- 下載 halla包
git clone https://github.com/biobakery/halla.git ## 下載失敗 ！＠杂啊Ｔ娌臁（可能是網(wǎng)絡(luò)問題）
## 最后手動下載，上傳到服務(wù)器
cp halla-master.zip ./halla-master.zip
unzip halla-master.zip
- 解壓燃逻，運行setup安裝
cd halla-master
python setup.py install
pip install rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
