對于學(xué)習(xí)生物的專業(yè)的同學(xué)入門生物信息學(xué)锹安，門檻之一可能是計算機操作叫榕。這篇隨筆會簡單介紹一些最基本的概念和操作熄赡，盡量幫助同學(xué)們繞過非專業(yè)方面的一些門檻。
ps:本人水平十分有限兼贸，且僅為方便入門同學(xué)操作段直，可能存在諸多紕漏，望斧正溶诞。

一鸯檬、Google （重要系數(shù)※※※※※）

不論做什么事情，要抱有學(xué)起來的態(tài)度才可能做成螺垢。故我把Google放在最前也是最重要的位置喧务，希望有心人能學(xué)會搜索。在利用搜索引擎時注意甄別枉圃，用好互聯(lián)網(wǎng)上無限的資源功茴。

二、一些概念（重要系數(shù)※）

這些并不重要孽亲，但對于后續(xù)文段理解可能起到一些輔助作用坎穿。當做故事或常識來了解一下吧~
通常生物信息學(xué)有大量的數(shù)據(jù)和大量的運算，而我們的個人計算機（PC）通常不具有進行生物信息學(xué)運算的條件返劲，故我們通常利用運行Linux操作系統(tǒng)的服務(wù)器進行操作玲昧。

（一）Linux

性能穩(wěn)定的 多用戶 網(wǎng)絡(luò) 操作系統(tǒng)。各個用戶對于自己的文件設(shè)備有自己特殊的權(quán)利篮绿，保證了各用戶之間互不影響孵延。
目前市面上有Ubuntu、RedHat亲配、CentOS尘应、Debian惶凝、Fedora等諸多發(fā)行版（Linux內(nèi)核+應(yīng)用軟件組合）

由于服務(wù)器通常在遠程且不方便移動，我們需要遠程操作服務(wù)器

終端（terminal）

終端（termimal）≈ tty（Teletypewriter菩收， 電傳打印機梨睁，早期的終端），作用是提供一個命令的輸入輸出環(huán)境娜饵。但是隨著互聯(lián)網(wǎng)的興起，人們有了遠程使用計算機的要求官辈，于是終端仿真系統(tǒng)誕生了箱舞。
我們的個人電腦通常工作在Windows或Mac操作系統(tǒng)，常用的遠程連接終端的工具有：
putty拳亿、SecureCRT晴股、Termius……
當你打開這些軟件并連接到你的服務(wù)器，忘掉你的PC肺魁，不要混淆工作環(huán)境电湘，你已經(jīng)開始控制遠程服務(wù)器了。

登陸終端

了解更多請參考終端(terminal)鹅经、tty寂呛、shell、控制臺（console）瘾晃、bash之間的區(qū)別與聯(lián)系

命令行（command）

通常Linux Server不具有圖形界面贷痪，操作由鼠標點擊變?yōu)殒I盤輸入，當看到 $ 或 # 提示時請輸入命令蹦误，并以 Enter鍵 結(jié)束劫拢。
當命令運行完成后，終端會顯示新一行的提示强胰。

command

三舱沧、基本操作

約定：在代碼段中，[ ] 包含的內(nèi)容為可選參數(shù)（內(nèi)容）偶洋，< >包含的是必選內(nèi)容熟吏，斜體文字 是需要替換的內(nèi)容，| 連接的是多選一的內(nèi)容涡真，... 代表不可窮舉的內(nèi)容分俯。

（一）目錄與文件

1.mkdir(make directory)

功能：建立目錄
usage：mkdir [-p] <dir1 [dir2] ...>
e.g. mkdir -p ~/bioinfo/tools/
在家目錄~ 即 /home/username/的bioinfo目錄下建立tools目錄，若bioinfo不存在則建立（-p生效）哆料。

2.ls(list)

功能：列出當前目錄（pwd）下的文件和目錄
usage:ls [-alhtr] <file/directory>
-a 顯示所有（隱藏）
-l 顯示詳細
-h 用易于人類閱讀的單位表示文件大小
-t 時間順序
-r 反向排序
特別地 ll 是 ls -l 的別名（縮寫）缸剪，在多數(shù)系統(tǒng)中已有定義。

3.cd(change directory)

功能：切換目錄
usage：cd <directory>
e.g. cd ~切換到家目錄 东亦；cd /切換到根目錄杏节；cd .切換到當前目錄（原地tp沒有效果）唬渗；cd ..切換到上級目錄；cd -切換到最近一次cd前的目錄奋渔。

4.pwd(print working directory)

功能：顯示當前工作目錄
usage:pwd
ps:是的镊逝，就這么簡單。

5.tree

功能：list contents of directories in a tree-like format.
usage: tree [-adt] [-L level] [-P pattern] <directory>
-a 顯示所有
-d 只列出目錄（不列出文件）
-t 時間順序
-L level 列出level層文件夾
-P pattern 只列出符合pattern的文件/目錄（類搜索功能）
e.g.tree -L 1 -P matrix.count ~/RNA-seq/ 以樹形圖列出~/RNA-seq/下一層目錄以及符合matrix.count字段的文件

tree

TODO

touch嫉鲸、cat撑蒜、cp、mv玄渗、rm座菠、less、more藤树、head浴滴、tail、cut岁钓、top升略、

二級標題

五級標題

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2. 有序列表第二項
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未完待續(xù)
與君共勉