腳本

腳本是字符串聲明，它定義了由過程執(zhí)行到執(zhí)行任務(wù)的命令。

一個進(jìn)程僅包含一個腳本塊，并且當(dāng)該進(jìn)程包含輸入和輸出聲明時最盅，它必須是最后一個語句。

輸入的字符串在主機系統(tǒng)中作為Bash腳本執(zhí)行起惕。它可以是通常在終端 shell 程序或通用Bash腳本中使用的任何命令涡贱，腳本或它們的組合。

可以在腳本語句中使用的命令的唯一限制是目標(biāo)執(zhí)行系統(tǒng)中這些程序的可用性惹想。

腳本可以是簡單字符串或多行字符串问词，例如：

process doMoreThings {

  """
  blastp -db $db -query query.fa -outfmt 6 > blast_result
  cat blast_result | head -n 10 | cut -f 2 > top_hits
  blastdbcmd -db $db -entry_batch top_hits > sequences
  """

}

可以使用單引號或雙引號定義字符串，并使用三個單引號或三個雙引號字符定義多行字符串嘀粱。

需要注意激挪，在Bash中，以字符分隔的字符串"支持變量替換锋叨，而以字符分隔的字符串'則不支持灌灾。

在上面的代碼片段中，$db變量被替換為管道腳本中已經(jīng)定義的實際值悲柱。

需要在腳本中訪問系統(tǒng)環(huán)境變量時，有兩個選擇些己。

• 首選就像使用單引號字符串定義腳本塊一樣容易豌鸡。例如：

process printPath {

   '''
   echo The path is: $PATH
   '''

}

該解決方案的缺點是，您將無法在腳本中訪問在管道腳本上下文中定義的變量段标。

• 要解決此問題涯冠，請使用雙引號字符串定義腳本，并通過在系統(tǒng)環(huán)境變量前添加反斜杠字符來對其進(jìn)行轉(zhuǎn)義\逼庞，如以下示例所示：

process doOtherThings {

  """
  blastp -db \$DB -query query.fa -outfmt 6 > blast_result
  cat blast_result | head -n $MAX | cut -f 2 > top_hits
  blastdbcmd -db \$DB -entry_batch top_hits > sequences
  """

}

在此示例中蛇更，$MAX必須在管道腳本定義變量。 在執(zhí)行腳本之前赛糟，Nextflow用實際值替換它派任。

$DB變量必須存在于腳本執(zhí)行環(huán)境中，并且Bash解釋器將其替換為實際值璧南。

另外掌逛，您可以使用Shell塊定義，該定義允許腳本包含Bash和Nextflow變量司倚，而不必轉(zhuǎn)義第一個豆混。

使用其他語言的腳本

默認(rèn)情況下篓像，Nextflow流程腳本為Bash腳本，但您不僅限于此皿伺。

您可以使用自己喜歡的腳本語言（例如Perl员辩，Python，Ruby鸵鸥，R等）奠滑，甚至可以將它們混合在同一管道中。

管道可以由執(zhí)行不同的任務(wù)的進(jìn)程組成脂男。使用Nextflow养叛，您可以選擇更適合指定進(jìn)程執(zhí)行的任務(wù)的腳本語言。

例如宰翅，對于某些進(jìn)程弃甥，R可能比Perl有用，在其他進(jìn)程中汁讼，您可能需要使用Python淆攻，因為它提供了對庫或API等的更好訪問。

要使用Bash以外的腳本嘿架，只需使用相應(yīng)的shebang聲明啟動流程腳本 瓶珊。例如：

process perlStuff {

    """
    #!/usr/bin/perl

    print 'Hi there!' . '\n';
    """

}

process pyStuff {

    """
    #!/usr/bin/python

    x = 'Hello'
    y = 'world!'
    print "%s - %s" % (x,y)
    """

}

由于解釋器二進(jìn)制文件的實際位置可以在各個平臺上變化，因此為了使腳本更易于移植耸彪，在聲明時伞芹，使用#!/usr/bin/env perl。這是使用envshell命令蝉娜，后跟解釋器的名稱唱较，而不是其絕對路徑。

根據(jù)條件執(zhí)行不同腳本

復(fù)雜的過程腳本可能需要評估對輸入?yún)?shù)的條件召川，或使用傳統(tǒng)的流量控制語句（即if南缓，switch等），根據(jù)當(dāng)前輸入的配置荧呐，以執(zhí)行特定的腳本命令汉形。

流程腳本可以通過簡單地在腳本塊前面加上關(guān)鍵字來包含條件語句script:。

然后倍阐，解釋器將評估以下所有語句作為必須返回要執(zhí)行的腳本字符串的代碼塊概疆。例如：

seq_to_align = ...
mode = 'tcoffee'

process align {
    input:
    file seq_to_aln from sequences

    script:
    if( mode == 'tcoffee' )
        """
        t_coffee -in $seq_to_aln > out_file
        """

    else if( mode == 'mafft' )
        """
        mafft --anysymbol --parttree --quiet $seq_to_aln > out_file
        """

    else if( mode == 'clustalo' )
        """
        clustalo -i $seq_to_aln -o out_file
        """

    else
        error "Invalid alignment mode: ${mode}"

}

在上面的示例中，該過程將根據(jù)mode參數(shù)的值執(zhí)行腳本片段峰搪。默認(rèn)情況下它將執(zhí)行tcoffee命令届案，將mode變量更改為mafftor clustalo值，其他分支將被執(zhí)行罢艾。

模板

可以使用模板文件將流程腳本外部化楣颠，該模板文件可以在不同的流程之間重復(fù)使用尽纽，并且可以通過整體管道執(zhí)行獨立地進(jìn)行測試。

模板只是Nextflow可以通過使用如下template功能執(zhí)行的shell腳本文件：

process template_example {

    input:
    val STR from 'this', 'that'

    script:
    template 'my_script.sh'

}

Nextflow my_script.sh在目錄templates中尋找模板文件童漩，該目錄必須存在于Nextflow腳本文件所在的文件夾中（可以使用絕對模板路徑提供任何其他位置）弄贿。

模板腳本可以包含基礎(chǔ)系統(tǒng)可以執(zhí)行的任何代碼。例如：

#!/bin/bash
echo "process started at `date`"
echo $STR
:
echo "process completed"

注意$矫膨，當(dāng)腳本作為Nextflow模板運行時差凹，$被解釋為Nextflow變量占位符，而單獨運行時侧馅，被評估為Bash變量危尿。這對于自主地（即獨立于Nextflow執(zhí)行）測試腳本非常有用。

您只需為腳本中存在的每個Nextflow變量提供一個Bash環(huán)境變量馁痴。例如谊娇，可以在shell終端中輸入以下命令來執(zhí)行上述腳本：STR='foo' bash templates/my_script.sh

shell

該shell塊是一個字符串語句，用于定義由進(jìn)程執(zhí)行以執(zhí)行其任務(wù)的shell命令罗晕。它是Script定義的替代方案济欢，但有重要區(qū)別，它使用感嘆號!字符作為Nextflow變量的變量占位符小渊，代替了通常的美元字符法褥。

這樣，可以在同一段代碼中同時使用Nextflow和Bash變量酬屉，而不必逃避后者半等，并使流程腳本更具可讀性和易于維護。例如：

process myTask {

    input:
    val str from 'Hello', 'Hola', 'Bonjour'

    shell:
    '''
    echo User $USER says !{str}
    '''

}

在上面的瑣碎示例中呐萨，$USER變量由Bash解釋器管理杀饵，而!{str}作為由Nextflow管理的流程輸入變量進(jìn)行處理。

注意

• Shell腳本定義要求使用單引號'分隔的字符串垛吗。使用雙引號" 分隔的字符串時，美元變量照常解釋為Nextflow變量烁登。請參閱字符串插值怯屉。
• 感嘆號前綴變量始終需要用大括號括起來，即被忽略!{str}時!str是有效變量饵沧。
• Shell腳本支持使用文件模板機制锨络。相同的規(guī)則適用于腳本模板中定義的變量。

本機執(zhí)行

Nextflow進(jìn)程可以執(zhí)行除系統(tǒng)腳本以外的本機代碼狼牺，如前幾段所示羡儿。

這意味著，您無需指定要作為字符串腳本執(zhí)行的process命令是钥，而是可以提供一種或多種語言語句來定義它掠归，就像在其余管道腳本中一樣缅叠。只需使用exec:關(guān)鍵字啟動腳本定義塊，例如：

x = Channel.from( 'a', 'b', 'c')

process simpleSum {
    input:
    val x

    exec:
    println "Hello Mr. $x"
}

將顯示：

Hello Mr. b
Hello Mr. a
Hello Mr. c