Fasta序列文件合并與分割什往,支持.seq等無頭序列

寫在前面

我隱約記得我寫過類似主題扳缕,但也并不確定。相關(guān)功能,我并不寫使用說明的沖動(dòng)躯舔,一者是這些功能至少是四五年前就有的驴剔,二者是這些功能其實(shí)比較簡單,但也并不常用粥庄。然而丧失,現(xiàn)在我還是決定寫一篇。主要?jiǎng)訖C(jī)簡單惜互,TBtools “黑轉(zhuǎn)粉” 的人不多布讹。而其中就有一個(gè)老鐵直接找我聊過。說實(shí)話训堆,我還是比較感動(dòng)描验。畢竟愿意花時(shí)間去認(rèn)識其他人的人,確實(shí)不多蔫慧。而后來挠乳,這位老鐵的不少建議权薯,我都是接受的姑躲。其中有很多好建議,盡管我都放在todo list盟蚣。但既然這次的需求簡單黍析,我覺得我有必要做個(gè)回應(yīng)。
于是有今天這個(gè)教程屎开。

Fasta Merge and Split

序列的合并和分割阐枣。這個(gè)功能是 TBtools 早期功能之一,估摸至少也是四五年前奄抽。寫出來之后蔼两,我自己幾乎是沒用過的。不過一些育種方向或者進(jìn)化方向的老師倒是不是有跟我提到這個(gè)功能好用逞度,甚至包括我本科班主任老師额划。
打開這個(gè)功能比較簡單,



功能界面如下



從界面看得出來档泽,左邊就是合并俊戳,右邊就是分割。

序列文件合并

進(jìn)行序列合并馆匿,只需要將序列全部拖拽放置到輸入框抑胎,隨后設(shè)置一個(gè)輸出文件即可。



看看輸出文件



TBtools支持批量拖拽輸入渐北,所以這一切阿逃,實(shí)在太簡單。

Fasta Split 進(jìn)行序列文件分割

分割功能,說實(shí)話恃锉,TBtools 有點(diǎn)厲害羽历。我們使用剛才合并的那個(gè)文件。


當(dāng)然淡喜,我們也可以調(diào)整個(gè)數(shù)秕磷,比如分割后每個(gè)文件保留不多于4個(gè)序列記錄。

當(dāng)然炼团,值得注意的應(yīng)該是 Split Mode澎嚣。

支持三種模式:

  1. 按分割后每個(gè)文件中序列最大記錄數(shù)分割,比如上述瘟芝,假定輸入的文件含有11個(gè)序列易桃,按照每個(gè)文件最多 4 個(gè)序列來分割,那么就是3個(gè)文件锌俱,分別含有 4,4,3 個(gè)序列晤郑。
  2. 指定分割成的文件數(shù)目,如盡量平均分配每個(gè)文件的記錄數(shù)贸宏,比如輸入的文件含有是 9 個(gè)序列造寝,分割成 3 個(gè)文件,那么每個(gè)就是 3,3,4 個(gè)序列吭练。
  3. 指定分割成的文件最大大小诫龙,如 3Kb,輸入的文件為 12 Kb鲫咽。那么 TBtools 會(huì)盡量按照這個(gè)數(shù)目去分割签赃。

平均分割成指定數(shù)目個(gè)文件

按照文件最大大小分割文件

很多時(shí)候,序列長度變化是巨大的分尸。我們希望分隔后的文件按照最終大小分割锦聊,方便如網(wǎng)頁上傳等。



可以看到箩绍,完美孔庭。當(dāng)然,這個(gè)時(shí)候伶选,我們不打開序列文件史飞,是不知道其中到底有多少個(gè)序列的。不過我們很清楚仰税,每個(gè)序列記錄是完整的构资,而且他們的總長絕對符合我們的需求。

寫在最后

天下大勢陨簇,分久必合吐绵,合久必分迹淌。

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