蔥屬內(nèi)生細(xì)菌多樣性分析

圖5〉峭牵基于LEfSe軟件分析搅荞，從門到屬的水平的組被確定為其樣品組的重要代表咕痛。（A）分支圖表示使用LEfSe生成的已鑒定的棲息地生物標(biāo)志物的分類層次結(jié)構(gòu)。每個環(huán)代表一個分類層次喇嘱，門，類婉称，順序和家庭從中心到外圍。每個圓圈是數(shù)據(jù)集中的分類單元王暗，圓圈或節(jié)點以顏色顯示悔据，其中分類單元代表顯著更豐富的組俗壹。（B）鑒定了在不同樣品中按其效應(yīng)大小排列的生物標(biāo)志物。在樣品之間進(jìn)行比較時绷雏，棲息地生物標(biāo)志物被鑒定為顯著豐富（p<0.05）头滔。CL：中國韭菜涎显；WO：威爾士洋蔥；GA：大蒜期吓；ON：洋蔥。

Statistical analysis. The data were analyzed using a one-way ANOV A in SAS ver. 8.0 software. Significancedifferences among the four Allium species were determined using Fisher’s least significant difference test(P ≤ 0.05). Venn diagrams were generated using the “Venn diagram” package, heatmap images were producedusing the “pheatmap” package, and Principal coordinate analysis (PCA) figures were created using the “princomp”program in R (v3.1.2). LefSe and PICRUSt were analyzed using LefSe (https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse) and PICRUSt software (http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/), respectively. Pearson’s correlations were used to assess the relationships between gene functions and bacterial communities.

統(tǒng)計分析箭跳。使用SAS版本中的單向ANOV a分析數(shù)據(jù)。8.0軟件潭千。采用Fisher最小顯著性差異檢驗（P≤ 0.05). 使用“維恩圖”包生成維恩圖谱姓，使用“pheatmap”包生成熱圖圖像刨晴，并使用R（v3.1.2）中的“princomp”程序創(chuàng)建主坐標(biāo)分析（PCA）圖路翻。使用LefSe分析LefSe和PICRUSt(https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse）和PICRUSt軟件(http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/)奶躯，分別亿驾。Pearson相關(guān)性用于評估基因功能與細(xì)菌群落之間的關(guān)系。

最后編輯于：2022.05.09 18:42:07

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