很早前就了解到TBtool是一個(gè)很好用的可視化軟件屏镊，這個(gè)軟件由CJchen開(kāi)發(fā)。
而且在近幾年的基因家族挖掘的文章中廣泛使用痰腮，并且可以做出很漂亮的圖片出來(lái)而芥，而且該軟件是由Java語(yǔ)言編寫(xiě)從而賦予了這個(gè)軟件極強(qiáng)的可遷移性，該軟件的可以跨平臺(tái)使用膀值。因此在這個(gè)地方對(duì)Ubuntu下如何安裝并使用這個(gè)軟件進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)單的介紹棍丐。
其中在本文中主要介紹如何在Ubuntu環(huán)境下部署這個(gè)軟件并使之成為一個(gè)如同一般軟件一樣容易啟動(dòng)。
1. 下載與解壓
TBtool項(xiàng)目部署在github上可以進(jìn)行下載
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ wget https://github.com/CJ-Chen/TBtools/archive/master.zip
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ unzip master.zip
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ l
circos-0.69-6/ hmmer-3.2.1/ master.zip MCScanX.zip
circos-0.69-6.tgz hmmer.tar.gz MCScanX/ TBtools-master/
2.運(yùn)行軟件
先進(jìn)入文件夾后查看文件夾內(nèi)容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ cd TBtools-master/
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ l
img/ LICENSE Linux.sh Mac.command README.md TBtools_JRE1.6.jar Win.bat
可以看到這個(gè)文件夾里面的構(gòu)成是包括一個(gè)java程序和在不同的平臺(tái)環(huán)境下進(jìn)行啟動(dòng)運(yùn)行的腳本
在Linux平臺(tái)下我們采用的是Linux.sh這個(gè)腳本進(jìn)行啟動(dòng)沧踏，我們可以先試一試這個(gè)腳本啟動(dòng)的情況歌逢。
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ sh ./Linux.sh
3556.0
JVM Maxmum Memory: 3728736256
Whether to show Ad = (0~1) 0.6227614244601068>0.7
Maxmum Memory for Curr TBtools: 3728736256
通過(guò)命令行我們可以很容易地啟動(dòng)這個(gè)軟件，但是有個(gè)問(wèn)題來(lái)了翘狱，既然是可視化的軟件最好可以用可視化的方式進(jìn)行啟動(dòng)
因此我們需要配置一下可視化啟動(dòng)的Icon
3.配置可視化啟動(dòng)按鈕
首先去下載一個(gè)圖標(biāo)吧
我隨便截了一個(gè)圖出來(lái)做圖標(biāo)（反正你認(rèn)識(shí)就好了）
然后命名好就行了
然后獲取兩個(gè)路徑
一個(gè)是圖標(biāo)的路徑
另外一個(gè)是剛才那個(gè)Linux.sh的路徑
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ pwd
/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master$ cd img/
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/TBtools-master/img$ pwd
/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/img
接下來(lái)做一個(gè)啟動(dòng)腳本
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/Desktop$ gedit TBtool.desktop
新建一個(gè).desktop的腳本
然后將以下的東西寫(xiě)進(jìn)去
[Desktop Entry]
Name=TBtool
Name[zh_CN]=TBtool
Comment=TBtool
Exec=sh /home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/Linux.sh
Icon=/home/yeyuntian/CYPdata/software/TBtools-master/img/TBtool.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;
Encoding=UTF-8
StartupNotify=true
需要注意的三點(diǎn)
第一個(gè)地方是Exec 后面秘案，采用的是Linux.sh腳本的絕對(duì)路徑，這個(gè)地方就把前面獲取的絕對(duì)路徑加進(jìn)去就好了潦匈，記得加文件名阱高。
第二個(gè)因?yàn)橐獑?dòng)的是一個(gè).sh腳本，因此需要在前面加入sh 作為命令
第三個(gè)就是Icon的路徑是TBtool圖標(biāo)的絕對(duì)路徑茬缩，同樣需要加入這個(gè)圖標(biāo)的文件名赤惊。
好了這個(gè)時(shí)候我們?cè)倏醋烂嫔弦呀?jīng)出現(xiàn)了這個(gè)圖標(biāo)了并且可以進(jìn)行啟動(dòng)
另外有些還可以將這個(gè)東西發(fā)布到dash中，具體方法很簡(jiǎn)單凰锡，將桌面這個(gè).desktop 的文件拷貝到 一個(gè)文件夾就可以
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/Desktop$ cp /home/yeyuntian/Desktop/TBtool.desktop /usr/share/applications/
