轉(zhuǎn)錄組軟件安裝
一、軟件安裝對(duì)于新手來說絕對(duì)是一個(gè)大坑雀摘，各種報(bào)錯(cuò)裸删，幸好已經(jīng)有很多牛人給探好路了，按照他們的方法基本可以排除各種問題阵赠。
http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=856#lastpost
二涯塔、自動(dòng)化安裝軟件conda：
（1）在官網(wǎng)找到安裝包：在linux下執(zhí)行如下代碼：
1. wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh
2. # curl:https://www.continuum.io/downloads
#正常情況下會(huì)自動(dòng)添加到環(huán)境變量里的，如果錯(cuò)過清蚀，可以如3,4手動(dòng)添加匕荸。
3. vi ~/.bashrc
4. export PATH="/home/bigbear/anaconda3/bin:$PATH"
5. source ~/.bashrc
（2）Conda安裝好以后，利用conda list查看已經(jīng)安裝軟件;一些生物信息軟件并不在conda的安裝頻道里枷邪，比如：conda install bwa無法安裝bwa這個(gè)軟件榛搔，這時(shí)我們需要配置一下頻道：
1. conda config --add channels conda-forge
2. conda config --add channels defaults
3. conda config --add channels r
4. conda config --add channels bioconda
查看已經(jīng)添加的channels：
conda config --get channels
conda update軟件名可以對(duì)軟件進(jìn)行升級(jí):eg.conda update bwa
conda remove卸載已經(jīng)安裝的軟件
安裝軟件，如下：
conda install -c bioconda samtools=1.5
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
conda install-c jfear sratoolkit=2.8.1
#等號(hào)后面是軟件版本东揣，可以不添加践惑，conda自動(dòng)識(shí)別最新版本安裝。
參考鏈接：1：http://www.bio-info-club.com/?p=207
