今天是跟隨生信星球的豆豆花花學(xué)習(xí)的第三天了宙暇，進(jìn)一步接觸了linux推沸，雖然筆者昨天也在想這個(gè)服務(wù)器應(yīng)該如何安裝軟件之類的呢备绽？這不，今天就學(xué)習(xí)了鬓催，又是收獲滿滿的一天７嗡亍！是不是很激動(dòng)宇驾！那咱們開始學(xué)習(xí)之旅吧~~

首先還是呈上一張今天邊操作邊學(xué)習(xí)的思維導(dǎo)圖來理清今天學(xué)習(xí)的思路吧倍靡。

linux學(xué)習(xí)筆記

認(rèn)識Miniconda

• 首先讓我們先來看一下關(guān)于miniconda的定義吧。

Miniconda is a free minimal installer for conda. It is a small, bootstrap version of Anaconda that includes only conda, Python, the packages they depend on, and a small number of other useful packages, including pip, zlib and a few others. Use the conda install command to install 720+ additional conda packages from the Anaconda repository.

• 簡單來說课舍，miniconda是一個(gè)很方便快捷的軟件下載器塌西，作用相當(dāng)于我們常見的App store他挎，90%以上的軟件都能搜到，日常的生信小白使用小而精的miniconda 就足夠啦雨让！

  
  
  來源：微信公眾號生信星球
• 上圖是三種conda 的適用范圍

conda是大Boss雇盖，最初為管理python包而建立，它是一個(gè)大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器栖忠。
anaconda是總管崔挖，職務(wù)比conda低，但干的活不少庵寞，也是個(gè)有內(nèi)涵的家伙
miniconda是區(qū)域經(jīng)理狸相，說白了就是干事的，而且比較專一捐川，主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域
（來源：微信公眾號生信星球）

下載Miniconda

既然了解到小而精的miniconda脓鹃，那如何下載到這個(gè)寶藏就成為頭等大事啦！
1.谷歌/必應(yīng)/百度搜索"miniconda 清華"

• 筆者選擇了如圖進(jìn)行下載岩齿，下載鏈接為：
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3.登錄服務(wù)器太颤，可以直接進(jìn)行粘貼剛才的下載鏈接或者新建一個(gè)目錄用于安裝miniconda，筆者此處先直接在主目錄進(jìn)行安裝
  
• 輸入命令：wget + 復(fù)制的鏈接 進(jìn)行下載盹沈，下載速度嘛就看各自的網(wǎng)速啦龄章，文件不算很大，應(yīng)該很快就裝好了乞封。
• 關(guān)于linux的復(fù)制粘貼是有講究的哦做裙！

「for Windows」請記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，選中肃晚，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制锚贱，右鍵點(diǎn)一下是粘貼；
「for Mac」直接cmd + c 復(fù)制关串，cmd + v粘貼
（來源：微信公眾號生信星球）

• 對于從未接觸過linux的小白而言惋鸥，筆者對于.sh后綴文件是第一次見，經(jīng)學(xué)習(xí)后發(fā)現(xiàn)其實(shí)就相當(dāng)于我們windows常見的.exe后綴文件悍缠，是一個(gè)下載的腳本卦绣，如果安裝失敗腳本是不需要重新下載的，還是可以用滴飞蚓。

安裝Miniconda

1.輸入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh進(jìn)入安裝過程

開始安裝

安裝成功

激活conda

• 先輸入命令：source ~/.bashrc激活conda
• 激活之后再輸入命令：conda可以看見滿屏的信息就說明激活成功啦滤港！
• 如果出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)可能是第一步?jīng)]有source激活conda，要記得加上那個(gè)命令哦。
  3.添加鏡像

所謂鏡像網(wǎng)站溅漾，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本山叮，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會(huì)很慢添履，因此配置鏡像屁倔，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度暮胧。

大家可以根據(jù)自己的需要下載清華或者USTC的鏡像锐借。具體代碼參考來源生信星球

#以下代碼直接命令復(fù)制粘貼到服務(wù)器就可以啦！
#清華源：命令復(fù)制粘貼就可以啦
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/               
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/                      
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/    ```
# USTC: 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --set show_channel_urls yes                   

開始使用Miniconda

1.先查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表：conda list

fastqc=0.11.7版本安裝過程

fastqc=0.11.7版本安裝過程

• 由于conda默認(rèn)下載最新版本钞翔，但由于有的軟件不同版本會(huì)存在比較多的bug，有時(shí)候可能需要下載回老版本席舍，因此需要指定版本可輸入命令如：conda install fastqc=0.11.7 -y
  4.卸載軟件的命令：conda remove fastqc -y
  

了解conda環(huán)境

1.什么是conda環(huán)境布轿？

生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組来颤、基因組組裝汰扭、重測序等多個(gè)項(xiàng)目。
每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件福铅，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的东且，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本本讥，怎么辦？
--別想了鲁冯，辦法就是分身？椒小！按照你的項(xiàng)目薯演，定制不同的分身撞芍，安裝不同的軟件，互不干擾跨扮。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”序无。(來源：微信公眾號生信星球）

2.查看當(dāng)前conda存在哪些環(huán)境

• 輸入命令：conda info --envs 進(jìn)行查看當(dāng)前conda存在哪些環(huán)境(前面帶*的是默認(rèn)的意思)
  3.創(chuàng)建新的conda環(huán)境
  
• 輸入命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建一個(gè)名為rna-seq的conda環(huán)境，指定python=3的版本進(jìn)行安裝fastqc和trimmomatic軟件衡创。（一個(gè)命令可以做辣么多事情帝嗡，厲害！）
  
• 重新查看一下conda環(huán)境目錄璃氢，發(fā)現(xiàn)多了剛剛創(chuàng)建的環(huán)境哟玷，創(chuàng)建成功。
  4.激活conda環(huán)境
  
• 輸入命令：conda activate rna-seq進(jìn)行激活conda環(huán)境
• 激活新的環(huán)境之后再看一下當(dāng)前的conda環(huán)境一也，可以發(fā)現(xiàn)*移到rna-seq中巢寡，說明已經(jīng)進(jìn)入rna-seq的conda環(huán)境喉脖。同時(shí)看上圖可以發(fā)現(xiàn)最后一行為（rna-seq)開頭。
  5.退出當(dāng)前的conda環(huán)境
  
• 輸入命令:conda deactivate可以退出當(dāng)前的conda環(huán)境抑月。
• 可以發(fā)現(xiàn)當(dāng)前環(huán)境又回到了最開始的環(huán)境（base)

總結(jié)上述基礎(chǔ)命令

wget + 復(fù)制鏈接 #下載miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝miniconda
source ~/.bashrc #激活conda
conda #說明激活conda成功
conda list #查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda search fastqc #搜索conda軟件
conda install fastqc -y #安裝fastqc軟件
#conda install fastqc=0.11.7 -y #指定下載版本
conda remove fastqc -y #卸載軟件
conda info --envs #查看conda環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立新的conda的環(huán)境
conda activate rna-seq #激活新的conda環(huán)境
conda deactivate #退出當(dāng)前的conda環(huán)境

以上代碼均來源于微信公眾號：生信星球

以上就是今天跟隨生信學(xué)習(xí)小組豆豆花花學(xué)習(xí)到的內(nèi)容啦树叽，很開心今天又可以進(jìn)一步了解linux，繼續(xù)加油鴨谦絮！