背景介紹
人類細(xì)胞圖譜（Human Cell Atlas）計(jì)劃是一項(xiàng)與“人類基因組計(jì)劃”相媲美的大型國際合作項(xiàng)目（比如華大基因、扎克伯克、南方科技大學(xué)等名企名人名校都參加在內(nèi)）蚊锹，致力于建立一個(gè)健康人體所包含的所有細(xì)胞的參考圖譜，包括細(xì)胞類型稚瘾、數(shù)目牡昆、位置、相互關(guān)聯(lián)與分子組分等，旨在全面解碼人體所有細(xì)胞的類型丢烘、數(shù)目柱宦、位置、相互關(guān)聯(lián)與分子組成等播瞳，構(gòu)建細(xì)胞基因表達(dá)等高維數(shù)學(xué)特性的精細(xì)圖譜掸刊，建成人體發(fā)育、生理赢乓、病例的完善和精細(xì)的參照系忧侧，最終建立全息生命信息網(wǎng)絡(luò)。這項(xiàng)計(jì)劃目前已經(jīng)得到了不同類型的圖譜牌芋。已收錄33個(gè)組織蚓炬、289位供體、450,0000個(gè)單細(xì)胞的測序數(shù)據(jù)躺屁，并在持續(xù)更新中肯夏。如果說分子作圖可以產(chǎn)生某種細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄本、蛋白質(zhì)或表觀遺傳學(xué)表達(dá)譜楼咳，功能和形態(tài)學(xué)作圖將這些表達(dá)譜與細(xì)胞行為及外觀鏈接了起來熄捍，而空間作圖則將細(xì)胞定位于某個(gè)組織或器官之內(nèi)。在這幾個(gè)方面和層次上建立起來的人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃母怜，匯編了一套人類細(xì)胞的參考數(shù)據(jù)集余耽。這對于生信研究無疑提供了一個(gè)大型、權(quán)威的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)來源苹熏。

長遠(yuǎn)來說碟贾，人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃，HCA旨在描述人體中每個(gè)細(xì)胞（約37萬億個(gè)）的詳細(xì)特征轨域，呈現(xiàn)不同類型細(xì)胞在人體組織的3D結(jié)構(gòu)袱耽，勾勒所有人體系統(tǒng)的相互聯(lián)系，揭示圖譜變化與健康和疾病的關(guān)系干发。人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃將徹底改善人們對疾病的理解朱巨、診斷和治療。

Human Cell Atlas

https://data.humancellatlas.org/

一起來看看如何從Human Cell Atlas上獲得所需要的單細(xì)胞測序來源枉长。
方式1 在首頁進(jìn)行簡單搜索：

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方式2 用專業(yè)搜索模塊：Explore

該界面以列表形式呈現(xiàn)冀续，主要是數(shù)據(jù)的一些基本信息（項(xiàng)目名，物種類型必峰，測序平臺等）洪唐。點(diǎn)擊“Export Selected Data”按鈕即可下載相應(yīng)的數(shù)據(jù)。

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這一模塊專用于查詢數(shù)據(jù)吼蚁，在上半部分凭需，用戶可以通過選擇物種、捐獻(xiàn)機(jī)構(gòu)、組織類型粒蜈、樣品顺献、方法、文件的形式來查詢特定細(xì)胞薪伏，并在篩選框下顯示相應(yīng)所能提供的Donors滚澜、Specimens粗仓、Estimated Cells嫁怀、Files、File Size數(shù)目借浊，如下：

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<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">所支持的篩選方法</figcaption>

下半部分是提供的細(xì)胞信息相關(guān)信息塘淑，會和篩選后信息同步，點(diǎn)擊左側(cè)標(biāo)題會跳出細(xì)胞的種群結(jié)構(gòu)蚂斤，或者單細(xì)胞參考圖存捺，可以提供元數(shù)據(jù)和矩陣下載。HCA數(shù)據(jù)庫目前主要聚焦在正常組織曙蒸，以項(xiàng)目名的形式呈現(xiàn)捌治，要想追溯到相關(guān)的支持文獻(xiàn)，要自行搜索纽窟。

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<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">點(diǎn)開項(xiàng)目展示的細(xì)胞項(xiàng)目描述肖油、聯(lián)系方式、詳情</figcaption>

在search 的子模塊Samples臂港，可以看到樣本編號森枪、項(xiàng)目名稱、種類审孽、樣品類型县袱、器官、器官部分佑力、所選的單元格類型以及建設(shè)方法式散、配對方法、分析方案打颤、年齡暴拄、性別、疾病情況瘸洛、細(xì)胞計(jì)數(shù)揍移。在右上方可以一鍵導(dǎo)出這些數(shù)據(jù)》蠢撸可以看到網(wǎng)站是對不同生命階段的細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)進(jìn)行了分類那伐，目的是通過將參考數(shù)據(jù)與從疾病患者中獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，從而揭示致病機(jī)制。畢竟病變器官或組織中細(xì)胞類型組成的差異罕邀，可以從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中獲取畅形。

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網(wǎng)站還有五個(gè)元數(shù)據(jù)字典部分（生物材料，過程诉探，協(xié)議日熬，項(xiàng)目，文件）肾胯，用來列出用于描述人類細(xì)胞圖集中數(shù)據(jù)集的當(dāng)前元數(shù)據(jù)字段集竖席。每個(gè)部分中的元數(shù)據(jù)字段表示實(shí)驗(yàn)的不同部分生物材料（例如組織樣本）可以經(jīng)過處理（例如解離）以產(chǎn)生另一種生物材料（例如離解的細(xì)胞樣本）或一組數(shù)據(jù)文件（fastq文件）。實(shí)際執(zhí)行的過程遵循特定協(xié)議這些部分構(gòu)成了整個(gè)項(xiàng)目（例如敬肚，了解人類心臟中的細(xì)胞類型）毕荐。

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<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">使用HCA元數(shù)據(jù)實(shí)體模型建模的單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)示例</figcaption>

這個(gè)數(shù)據(jù)庫比較簡單，也不像其他數(shù)據(jù)庫有很多圖片展示艳馒，以上就是本期關(guān)于HCA的內(nèi)容了憎亚，需要的伙伴可以動手探索一下。

人類細(xì)胞圖譜（HCA）計(jì)劃最近相關(guān)論文發(fā)表：
KedarNath Natarajan, Zhichao Miao, Miaomiao Jiang, et al. Comparative analysis ofsequencing technologies for single-cell transcriptomics. Genome Biol. 2019 Apr9;20(1):70.
YuyuNiu, Nianqin Sun, Chang Li, et al. Dissecting primate early post-implantationdevelopment using long-term in vitro embryo culture. Science. 2019 Nov15;366(6467): eaaw5754.
Linnan Zhu, Penghui Yang, Yingze Zhao et al.Distinct immune response landscapes of COVID-19 and influenza patients revealedby single-cell sequencing. Immunity, 2020 (In press).
Han, L., Wei, X., Liu, C., Volpe, G., Wang,Z., Pan, T., … Liu, L. (2020). Single-cell atlas of a non-human primate revealsnew pathogenic mechanisms of COVID-19. BioRxiv, 2020. https://doi.org/10.1101/2020.04.10.022103
Lei, Y., Cheng, M., Li, Z., Zhuang, Z., Wu,L., Han, L., … Liu, S. (2020). Single-cell regulatory landscape and diseasevulnerability map of adult Macaque cortex. BioRxiv, 2020.https://doi.org/10.1101/2020.05
人類細(xì)胞圖譜（HCA）計(jì)劃：大型弄慰、權(quán)威的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)來源