出發(fā)點(diǎn)源自這篇文章：
"Two distinct interstitial macrophagepopulations coexist across tissues in?specific subtissular niches"這篇文章借用cMAP的框架原理摹量，做分析上的變通铣墨。通過已發(fā)表的兩種巨噬細(xì)胞的表達(dá)值設(shè)置的基因集猪勇，與scRNA（smart-seq）檢測得到的60多個(gè)細(xì)胞峰锁，借用cmap原理，識別出60個(gè)細(xì)胞各自屬于巨噬細(xì)胞的哪一種類型栅盲。
借助cMAP分析彻况，利用CX3CR1+基因集和CX3CR1-基因集（源自文章）讼稚，識別出60多個(gè)scRNA數(shù)據(jù)中哪些細(xì)胞接近于CX3CR1+，哪些細(xì)胞接近于CX3CR1-茧痒。
cMAP analysis
The Connectivity Map, or CMap, is a resource that uses cellular responses to perturbation to find relationships between diseases, genes, and therapeutics.
The Connectivity Map(CMap) 是由Broad研究所開發(fā)的一個(gè)基于干預(yù)基因表達(dá)的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫肮韧；主要用于揭示小分子化合物，基因和疾病狀態(tài)的功能聯(lián)系旺订。
cMAP 原理
實(shí)驗(yàn)分析得到的上調(diào)和下調(diào)差異表達(dá)基因列表弄企，利用CMap將差異基因列表與數(shù)據(jù)庫參考數(shù)據(jù)集比對；根據(jù)差異表達(dá)基因在參考基因表達(dá)譜富集情況得到一個(gè)相關(guān)性分?jǐn)?shù)（-100~100）耸峭；正數(shù)表示上調(diào)和下調(diào)的差異表達(dá)基因與參考基因表達(dá)譜具有相似性桩蓉；負(fù)數(shù)表示上調(diào)和下調(diào)的差異表達(dá)基因與參考基因表達(dá)譜可能是相反的；最終劳闹，根據(jù)參考基因表達(dá)譜相關(guān)性分?jǐn)?shù)排序院究。
參考文獻(xiàn)：??The connectivity map.pdf cMAP簡要原理闡述??The Connectivity Map_ Using Gene-Expression Signatures.pdf cMap詳細(xì)的原理操作解釋??Supporting Online Material for.pdf ?上篇文章的補(bǔ)充文件
參考鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s/N0ZvANnWsbBB3XJpSr1j1g
結(jié)果圖展示如下：
圖示：基因集：external HDACinhibitor signature洽瞬；表達(dá)數(shù)據(jù)：453例表達(dá)譜數(shù)據(jù)。score值即用來評估每一例表達(dá)數(shù)據(jù)與基因集之間的臨近關(guān)系业汰，數(shù)值從1到-1伙窃，代表陽性（綠色）到無關(guān)系（灰色）到陰性（紅色）。
如何完成cMAP分析
文章提供了cMAP的在線分析網(wǎng)站：www.broad.mit.edu/cmap （需要非盈利機(jī)構(gòu)的郵箱注冊方可使用）
大牛有提供cmap的githup代碼倉儲：https://github.com/cmap/ （其內(nèi)包括多種解決版本样漆，包括R为障，pathon等）, 主要用于構(gòu)建gct/gctx文件。
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