寫在前面:
來自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會用包管理工具安裝軟件
普通安裝和配置，請看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda)和配置
注意
現(xiàn)在清華鏡像源鏈接已經(jīng)失效肥败，所以下面的有些內(nèi)容不適用挫以，但道理一樣宽档。請看conda清華鏡像源失效后的軟件安裝
正式開始
查看變量
echo $PATH
用戶配置文件
~ /.bshrc
-啟動環(huán)境:source activate
-添加鏡像源：conda config -add conda config --show
-查看已有環(huán)境：conda env -info
-搜索：conda search
-創(chuàng)建新環(huán)境:conda create -n env_name -prefix python=2 bwa
-刪除環(huán)境：conda remove -n env_name -all
一 安裝miniconda
清華園鏡像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/#
獲取下載鏈接-應(yīng)用軟件-miniconda3（linux 64）
復(fù)制地址
mkdir src
cd src
~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
配置conda環(huán)境
先啟動conda環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
conda search bwa
結(jié)果搜索不到讲岁，需要添加channels
添加頻道
去清華鏡像源主之，anaconda小問號打開
復(fù)制以下命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
回到linux粘貼
另外再添加第三方頻道
下面這個一定添加
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
接下來安裝bioconda頻道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
用vim進(jìn)行查看
vim ~/.condarc
二 學(xué)習(xí)conda基本操作的管理環(huán)境
-搜索bwa進(jìn)行安裝（注意是在conda環(huán)境下（base））
conda search bwa
結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)有很多bwa version可以安裝颂鸿，我們用以下命令安裝(y代表yes）
conda install bwa -y
下一步安裝軟件可以先去bioconda官方網(wǎng)站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相應(yīng)版本等
可以進(jìn)行搜索促绵，比如samtools，可以看到其很多版本嘴纺，目前最高1.9（7/24/2018 4:23:35 PM ）
返回command line
conda install samtools=1.9 -y
再安裝一次1.8败晴，看conda如何處理不同的版本。
conda install samtools=1.8 -y
直接降級處理栽渴，并沒有像windows一樣卸載再重裝
體驗(yàn)下環(huán)境的區(qū)別
echo $PATH
/home/kelly/miniconda3/bin:/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:
當(dāng)前的環(huán)境是miniconda3環(huán)境尖坤，下面這個命令就是啟動這個環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
現(xiàn)在退出miniconda3環(huán)境看，還能不能運(yùn)行bwa和samtools
source deactivate
可以發(fā)現(xiàn)bwa不能運(yùn)行了
再次查看環(huán)境變量
echo $PATH
/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:/usr/local/sbin:
可以發(fā)現(xiàn)闲擦，環(huán)境變量里沒有miniconda3環(huán)境了慢味。那如何執(zhí)行呢，有兩種方式
1手動輸入路徑
~/miniconda3/bin/bwa
2每次手動輸入比較麻煩墅冷，可以通過添加軟鏈接方式執(zhí)行纯路，再看下環(huán)境變量
echo $PATH
/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:
把bwa軟鏈接到/.local/bin下
mkdir -p ~/.local/bin
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/.local/bin
現(xiàn)在再執(zhí)行bwa命令就可以了，同理可以進(jìn)行samtools的軟鏈接
ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ~/.local/bin
三 管理環(huán)境變量 安裝python2環(huán)境
啟動minicon3環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda環(huán)境#
conda info --envs
可以看到只有miniconda3寞忿，但是有些軟件比如macs2是在python2環(huán)境
conda重新建立一個python2環(huán)境
conda create -n python2 python=2
這樣可以安裝python2環(huán)境驰唬，會裝上新的依賴包，創(chuàng)建新python2環(huán)境
安裝完成后罐脊，會提示如何啟動python2環(huán)境
conda activate python2
或者用
source activate python2
可以安裝macs2軟件了
conda install macs2
可以查看環(huán)境變量看是否安裝好了python2環(huán)境
echo $PATH
/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin:/home/kelly/miniconda3/bin:
可以看出Python2環(huán)境已經(jīng)存在
macs2
which macs2
/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
注意定嗓，當(dāng)前Python2環(huán)境可以執(zhí)行macs2，但是一旦退出環(huán)境就不能用了
source deactivate#退出python2
source deactivate#退出base
現(xiàn)在macs2無法使用萍桌，解決方式和上面的bwa一樣
第一宵溅，通過實(shí)際路徑執(zhí)行
~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
第二，軟鏈接ln
ln -s ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 ~/.local/bin/
以上兩種都可以執(zhí)行macs2
另外上炎，進(jìn)入python3環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
也可以執(zhí)行macs2
通過vim可知恃逻，
vim ~/.local/bin/macs2
!/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/python
如何刪除環(huán)境
conda remove -n python2 --all
或者
rm -rf ~/miniconda3/envs/python2/
總結(jié) conda安裝小技巧
-1 根據(jù)軟件所用的編程語言確定安裝策略
-2 安裝conda不要添加到環(huán)境變量中雏搂，用source activate啟動
-3 官方的channel靠后，避免channel之間依賴關(guān)系混亂
-4 新建一個或多個安裝環(huán)境安裝生信軟件
-5 國內(nèi)用戶利用好清華源鏡像
-6 搜索生信軟件用https://bioconda.github.io/
三 用conda安裝轉(zhuǎn)錄組分析軟件
-hisat2 samtools sratoolkit
-htseq-count
-fastqc trimmomatics
生信技能樹RNA-seq基礎(chǔ)傳送門需要的軟件寇损，具體移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html
python3環(huán)境（base）
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同時指定兩個軟件安裝）
biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count軟件
注意要在python2環(huán)境下安裝htseq凸郑，先啟動python2環(huán)境
source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再當(dāng)前環(huán)境python3安裝，要啟動python2環(huán)境矛市！我不小心按了y芙沥，在python3安裝完成了，然后用conda install htseq卸載）
conda install htseq -y
啟動htseq-count
htseq-count
繼續(xù)搜索hisat2
回到python3環(huán)境安裝（base）
source deactivate
conda install hisat2
conda install hisat2 sra-tools -y #注意原視頻這里有點(diǎn)小錯誤浊吏，應(yīng)該是sra-tools而昨，不是sratoolskit
