前言
目前的課題是10X單細胞測序(植物方面)，之前已經(jīng)把所有的流程基本走過一遍层扶，現(xiàn)在就將自己的學(xué)習(xí)過程整理成筆記給大家分享一下，我在學(xué)習(xí)單細胞分析的時候主要跟著單細胞天地的公眾號和jimmy老師在B站上上傳的單細胞分析視頻進行學(xué)習(xí)的，在前期的數(shù)據(jù)下載過程中也參考了劉小澤的文章场晶，希望對大家能有所幫助拾并。
數(shù)據(jù)來源：《Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA》文章中的部分數(shù)據(jù)
| ID | Description | SRR_ID |
|---|---|---|
| GSM3330559 | Tumor Disc Pre | SRR7722937 |
| GSM3330560 | Tumor Disc AR | SRR7722938 |
| GSM3330561 | PBMC Pre | SRR7722939 |
| GSM3330562 | PBMC Disc Early | SRR7722940 |
| GSM3330563 | PBMC Disc Resp | SRR7722941 |
| GSM3330564 | PBMC Disc AR | SRR7722942 |
數(shù)據(jù)下載
兩種方法
1.使用sratools
conda install -c daler sratoolkit
##sra數(shù)據(jù)下載加速
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
# 小心版本號有變動揍堰，不要直接復(fù)制上面的命令
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
# 默認安裝路徑 /home/user/.aspera
cat >SRR_Acc_List-2586-4.txt
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i
do prefetch $i -O `pwd` && echo "** ${i}.sra done **"
done
2.利用ascp由ftp.ncbi下載測序數(shù)據(jù)
第一種情況下有的數(shù)據(jù)可能無法下載鹏浅，也可以直接利用ascp下載，速度也很快
在EBI上搜索想要的SRR號屏歹，復(fù)制連接地址
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937
然后將地址按照如下格式修改
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/008/SRR7722938 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/009/SRR7722939 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/000/SRR7722940 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/001/SRR7722941 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/002/SRR7722942 ./
