在使用cellphoneDB和italk進(jìn)行細(xì)胞通訊分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)小鼠的結(jié)果很少或奇奇怪怪银酬。查了下網(wǎng)上大家的一些解決辦法，發(fā)現(xiàn)將小鼠的基因轉(zhuǎn)成人的同源基因即可做。

這篇文章主要是使用biomart包的數(shù)據(jù)來(lái)進(jìn)行轉(zhuǎn)換的蜓洪。通過(guò)下載兩兩物種的ID對(duì)應(yīng)關(guān)系，然后寫(xiě)個(gè)代碼替換就可以了坯苹。

1隆檀、首先打開(kāi)下載頁(yè)面

http://asia.ensembl.org/biomart/martview/b9f8cc0248e4714ba8e0484f0cbe4f02

2、選擇對(duì)應(yīng)基因組

3粹湃、選擇屬性

4恐仑、選擇對(duì)應(yīng)orthologs的物種（根據(jù)首字母）

5、最后下載

轉(zhuǎn)換的代碼：(輸入的文件第一列是小鼠的gene symbol裳仆，大家根據(jù)自己的數(shù)據(jù)情況改代碼~)

#!/usr/bin/python
# -*-coding:utf8 -*-
__author__ = 'myshu'
import sys
import os
import re
import argparse
sys.path.append(os.path.dirname(os.path.abspath(sys.argv[0])))

def rename_gene(ref, input_file, output_file):
    '''
        小鼠的基因name轉(zhuǎn)成人的ortholog基因
    @param ref: 小鼠-人的ortholog基因?qū)?yīng)表
    @param input_file: 輸入文件，第一列為小鼠gene_name
    @param output_file: 輸出替換后的文件
    @return:
    '''
    ref_file = os.path.abspath(ref)
    input_file = os.path.abspath(input_file)
    output_file = os.path.abspath(output_file)
    ref = {}
    for line in open(ref_file, "r"):
        # human_id human_gene_name mouse_gene_name mouse_id
        line = line.strip()
        line = line.split("\t")
        gene_syb = line[2]
        gene_id = line[1]
        ref[gene_syb] = gene_id

    fh = open(output_file, "w")
    num = 0
    for line0 in open(input_file, "r"):
        line = line0.strip()
        line = line.split("\t")
        # line.pop(0)
        if line0.startswith("\t") or line0.startswith("#"):
            fh.write(line0)
            fh.flush()
            continue
        result_id = line[0]
        if result_id in ref.keys():
            line.pop(0)
            fh.write(ref[result_id] + "\t" + "\t".join(line) + "\n")
            fh.flush()
            num += 1
    fh.close()
    if num == 0:
        print("all genes is pass!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!")
        # exit(1)


if (__name__ == "__main__"):
    parser = argparse.ArgumentParser(description=' rename mouse gene name to human orthologs gene name')
    parser.add_argument('--ref', '-r', required=False, help='biomart sub-database', default=f"mouse_human.txt")
    parser.add_argument('--input_file', '-i', required=True, help='sample.exp.txt')
    parser.add_argument('--output_file', '-p', required=True, help='"sample.exp.txt_new')
    args = parser.parse_args()
    rename_gene(**vars(args))

在R代碼里面替換代碼：

if (species == "Mus_musculus"){
    # 小鼠需要轉(zhuǎn)ortholog基因
    ref_ortholog <- read.table("mouse_human.txt", header=T,sep="\t")
    # 篩選有的mouse基因名稱
    b <- ref_ortholog[ref_ortholog$mouse_gene_name %in% colnames(iTalk_data),"mouse_gene_name"]
    data <- data[,b]
    # 替換為人的ortholog基因
    colnames(data) <- ref_ortholog[ref_ortholog$mouse_gene_name %in% colnames(data),"human_gene_name"]
}

如有任何建議歡迎評(píng)論~~

參考鏈接：

• https://zhuanlan.zhihu.com/p/26381942
• https://my.oschina.net/u/4592469/blog/4435636