【影像組學(xué)導(dǎo)論】第二部分:具體應(yīng)用方向?十大維度供你參考缴挖!

我們已經(jīng)知道袋狞,影像組學(xué)是在一群影像上提取出肉眼看不見的“特征”,結(jié)合臨床的資料與病理標(biāo)準(zhǔn)映屋,分析他們苟鸯,并且構(gòu)建出一定的模型,應(yīng)用于患者的影像上棚点,從而協(xié)助臨床醫(yī)生早处,判斷患者是否需要用藥?腫瘤是良性還是惡性瘫析?腫瘤處在第幾期砌梆?他們的3年生存概率為多少默责?他們接下來的最佳治療方案是?

在上一篇我們談到“影像組學(xué)的官方定義”咸包,后臺大部分的留言并不是在提問桃序,而是在。烂瘫。媒熊。催更!好吧坟比,如今……她來了芦鳍!

“影像組學(xué)可以應(yīng)用在什么方面?”這是許多研究者經(jīng)常與我交流的問題葛账。這個問題非常大怜校,相信大家理解后感覺絕大部分的影像類研究都能蹭上一點(diǎn)組學(xué)技術(shù)。

小編根據(jù)文獻(xiàn)和自己的經(jīng)驗簡單總結(jié)了影像組學(xué)的幾個應(yīng)用方面注竿,從以下?十大維度?供大家參考G炎隆(所有參考文獻(xiàn)下載鏈接見文末)

【第一維度】

大咖田捷教授在其PPT內(nèi)展示,圍繞基于結(jié)直腸癌診療全過程巩割,說明人工智能中的影像組學(xué)是如何使得醫(yī)學(xué)治療更加精準(zhǔn)的裙顽,這個案例從臨床出發(fā),提出3個問題:

(1)術(shù)前宣谈,新輔助治療是否達(dá)到pCR愈犹?

(2)術(shù)中,是否需要進(jìn)行淋巴結(jié)清掃闻丑?

(3)術(shù)后漩怎,是否需要進(jìn)行輔助放化療?

我們可以看出這么一個邏輯:

術(shù)前新輔助療效評估

術(shù)中淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測

術(shù)后化療必要性預(yù)測

參考文獻(xiàn):1.1嗦嗡、1.2勋锤、1.3

在術(shù)前階段:

外科大夫一般會對患者做一個輔助化療(PCR)來控制癌癥發(fā)展,后續(xù)再對輔助化療失斀募馈(或者說還尚存癌細(xì)胞)的進(jìn)行開刀手術(shù)叁执。這里可以利用影像組學(xué)將PCR緩解的患者挑出來,這部分病人即可免除開刀手術(shù)矮冬,只需要密切觀察和隨訪即可谈宛。文章就發(fā)表CCR,現(xiàn)IF10.1分胎署![1.1](參考下圖)

在術(shù)中階段:

經(jīng)過化療后吆录,有大部分患者沒有達(dá)到PCR緩解效果,因此需要進(jìn)行開刀手術(shù)進(jìn)行淋巴結(jié)清掃琼牧。在實際臨床清掃過程結(jié)果顯示恢筝,有70%的患者竟然是假陽性哀卫!因此針對患者病理、影像數(shù)據(jù)滋恬,可以利用影像組學(xué)方法,給出是否需要進(jìn)行淋巴結(jié)清掃的答案抱究,可以將假陽性率從70%降到30%恢氯!該文章發(fā)表JCO上[1.2],目前IF為32.9569乃隆Q狻!合作單位是廣東省人民醫(yī)院劉再毅大咖B韬颉(參考下圖)

在術(shù)后階段:

一般術(shù)后均會進(jìn)行放化療以防手術(shù)后的復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移敢靡。但他們發(fā)現(xiàn),實際上經(jīng)過手術(shù)后的只有20%的結(jié)直腸癌患者會有遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移情況苦银,這意味著約有80%的患者花了錢且承受放化療的痛苦啸胧,來預(yù)防不可能發(fā)生(或者說發(fā)生的概率極小)的遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移幔虏。因此他們利用影像組學(xué)技術(shù)纺念,把發(fā)生轉(zhuǎn)移概率較大的患者挑選出來,再去做放化療想括,其他患者只需要后續(xù)持續(xù)隨訪陷谱、觀察即可。文章是上篇提到的影像組學(xué)提出者lambin發(fā)表的瑟蜈,同樣是JCO烟逊![1.3](參考下圖)

這個維度需要從長計議,首先是圖像的標(biāo)準(zhǔn)化采集铺根,各位學(xué)者以后當(dāng)上主任后宪躯,在診治疾病的同時,建議將病例標(biāo)準(zhǔn)化采集位迂、保存眷唉,日后必定有大用處。

【第二維度】

根據(jù)疾病就診囤官、發(fā)現(xiàn)冬阳、治療和預(yù)后等過程,結(jié)合臨床的應(yīng)用與作用党饮,一般可以總結(jié)為以下4個方面:

第一方面為輔助鑒別診斷肝陪,可以理解為腫瘤(分子)分型,其核心為對(轉(zhuǎn)移)腫瘤進(jìn)行分類刑顺,以協(xié)助臨床的判斷氯窍、提高疾病診斷效率和提供治療方式參考饲常。如乙肝纖維化程度等同病理診斷[2.1];肺結(jié)節(jié)良惡性鑒別狼讨;非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)分類[2.2]贝淤;原發(fā)、轉(zhuǎn)移瘤鑒別等政供;HIV損傷鑒別[2.3]播聪;眼眶淋巴瘤和炎性假瘤的無創(chuàng)定量鑒別[2.4];如肝纖維化鑒別以取代肝穿(理論上)布隔。

第二方面為腫瘤分期(分級)离陶,其臨床目的為提高患者生存期。主要核心算法為生存分析衅檀。如非功能性垂體瘤亞型的精準(zhǔn)預(yù)測[2.5]招刨、非小細(xì)胞肺癌病理分型的精準(zhǔn)預(yù)測[2.2]、肥厚型心肌病[2.6]哀军。

第三方面為預(yù)后評估/監(jiān)測(post-treatment monitoring)/療效預(yù)測沉眶,其臨床目的為緩解患者醫(yī)療負(fù)擔(dān)[2.7-2.9],如肺癌頭頸癌預(yù)后分析杉适、晚期肺癌預(yù)后預(yù)測[2.10]沦寂、對病患的鼻煙癌給出判斷及生存期預(yù)測、晚期肺癌EGFR突變靶向治療無進(jìn)展生存期進(jìn)行個性化的精準(zhǔn)預(yù)測[2.11]淘衙、腫瘤壞死&復(fù)發(fā)[2.7/2.12]传藏。

第四方面為治療方案,其目的是緩解醫(yī)院就診壓力彤守,提高就診毯侦、治療效率,如晚期直腸癌放化療后的反應(yīng)研究[2.13]具垫,EGFR突變/風(fēng)險分級[2.14]侈离。

【第三維度】

部位相互參考。從疾病或者部位角度筝蚕,我們可以快速閱覽各類可應(yīng)用的疾藏阅搿:

腦腫瘤[2.12]、鼻咽癌(晚期鼻咽癌無進(jìn)展生存期精準(zhǔn)預(yù)測[3.1/3.2])起宽、食管癌[3.3]洲胖、肺癌(預(yù)測肺癌遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移[3.4])、乳腺癌(組學(xué)特征與乳腺癌復(fù)發(fā)風(fēng)險聯(lián)系[發(fā)表Nature坯沪、新英格蘭绿映、JCO等3.5-3.7]、影像組學(xué)評估乳腺癌患者新輔助化療患者的反應(yīng)[3.8])、結(jié)直腸癌[1.2]叉弦、膠質(zhì)瘤丐一、胃腸道癌(胃癌腹膜轉(zhuǎn)移預(yù)測[3.9])、腎癌淹冰、膀胱癌库车、前列腺癌、頭頸部腫瘤樱拴、婦科腫瘤柠衍、甲狀腺等太多就不一一列舉了。

【第四維度】

影像&基因疹鳄。從生物技術(shù)角度看拧略,影像組學(xué)是推斷蛋白質(zhì)基因組和表型信息芦岂,因此目前更傾向把他們結(jié)合一起分析即放射基因組學(xué)(Radigenomics)分析瘪弓,如影像與基因回路關(guān)聯(lián)分析(論文);將影像組學(xué)特征基因組聯(lián)合進(jìn)行miRNA關(guān)聯(lián)分析[4.2竟然發(fā)表了6分+的Cancers禽最!]腺怯;將腫瘤的水腫/浸潤部分或空間異質(zhì)性與基因組信息相關(guān)聯(lián)[4.3,IF=10];MGMT啟動子的甲基化狀態(tài)[4.4]川无、基因突變(影像組學(xué)實現(xiàn)結(jié)直腸癌KRAS/NRAS/BRAF基因突變精準(zhǔn)預(yù)測[4.5/4.6/4.7])呛占。

【第五維度】

方法學(xué)比較。從方法學(xué)上懦趋,分析的角度有監(jiān)督學(xué)習(xí)(考慮金標(biāo)準(zhǔn))晾虑、無監(jiān)督學(xué)習(xí)(不考慮金標(biāo)準(zhǔn))等模式,業(yè)界內(nèi)基本為監(jiān)督學(xué)習(xí)仅叫,其主要的模型為統(tǒng)計機(jī)器學(xué)習(xí)帜篇,多數(shù)為二分類、多分類和回歸模型等诫咱,如果結(jié)合隨訪時間笙隙,隨訪重點(diǎn)事件,就可以構(gòu)建生存分析回歸模型坎缭;無監(jiān)督模型主要是單純分析組學(xué)特征與疾病的相關(guān)性竟痰,不存在病理的比較,主要方法有聚類分析掏呼、因子分析等坏快;也可以和deep learning深度學(xué)習(xí)方法相結(jié)合,這個方向就多了憎夷,目前業(yè)界也都在探索中[5.1/7.1]假消。

【第六維度】

二維、三維影像的比較岭接。主流的影像組學(xué)文章重在腫瘤鑒別富拗,運(yùn)用三維數(shù)據(jù)臼予,那么是否可以從二維的角度去評估呢?能否運(yùn)用二維數(shù)據(jù)的最大或者某幾層去評價啃沪?再做個比較粘拾?趕快查查你的方向是否有人做吧,動起來创千![6.1/6.2]

【第七維度】

影像成像技術(shù)的影響分析缰雇。如田教授PPT內(nèi),超聲中的彈性成像應(yīng)用中追驴,炎癥會不會對診斷結(jié)果產(chǎn)生影響械哟?(參考下圖)[7.1]

【第八維度】

模態(tài)比較。可以將多模態(tài)一一對比殿雪、或者融合做比較暇咆,比如CT中的平掃、增強(qiáng)丙曙、能譜CT等爸业,MRI中有T1WI、T2WI亏镰、FLAIR扯旷、SWI、PWI索抓、SWAN钧忽、灌注DSC等不同序列圖像;PET影像中根據(jù)藥物不同也可以得出不同種類影像逼肯,如FDG耸黑、MET、PSMA等藥物汉矿;對比劑增強(qiáng)崎坊;PET/CT融合圖像;PET/MR融合圖像等洲拇。

【第九維度】

研究對象奈揍。在常人眼里,一個病例就是一個樣本赋续,科里只有50個病例男翰,一眼看,“做不了組學(xué)”纽乱,結(jié)束蛾绎,就這樣錯過一個機(jī)會。其實不然,深入討論租冠,存在許多內(nèi)幕鹏倘,研究對象不一定按照傳統(tǒng)思想(以病例為單位),打開統(tǒng)計學(xué)角度的思維顽爹,樣本其實可以是一個病灶纤泵、一層CT/MR圖、甚至是患者其中一個時間點(diǎn)的影像镜粤,還可以是什么捏题?那就得根據(jù)實際病種的特殊性考慮了。但是肉渴!這些樣本可以直接簡單粗暴拿來建模分析么公荧?(課后作業(yè)吧,好好思考哦)

【第十維度】

設(shè)備之間的比較同规。說實話循狰,不同影像設(shè)備之間的差異性確實非常大,GPSU各大廠家設(shè)備雖說都能成像捻浦,肉眼看差不多晤揣,其內(nèi)在重建算法桥爽、設(shè)備參數(shù)調(diào)整朱灿、分辨率、藥劑藥量钠四、等待時間等多種因素導(dǎo)致最后成像差異比較大盗扒,但是是否可以從統(tǒng)計學(xué)角度思考,控制變量法缀去,找到只有部分差異的設(shè)備侣灶,進(jìn)行比較呢避消?如某廠家新款設(shè)備發(fā)布(一般這種都是基于上一款迭代而成的)封豪,或許新增某項功能,但是成像效率可能更高离例,那理論上是否可以代替上一代呢[10.1]咏雌?這也是一種思路供大家思考凡怎。

以上10個維度僅供大家思考,如果大家有新想法赊抖,歡迎留言區(qū)分享一起學(xué)習(xí)统倒!

那到底有什么疾病可以應(yīng)用影像組學(xué)?想了解這個問題氛雪,需要從影像組學(xué)的基本條件開始了解房匆。

第一,必須要依托于某種影像,如平掃/增強(qiáng)CT浴鸿、磁共振MRI井氢、PET影像、超聲岳链、X-ray等毙沾;

第二,能夠在該影像上勾畫出某個區(qū)域宠页。由于大部分影像是切片式斷層顯像(腫瘤當(dāng)然也是鑲嵌在某些層面上)左胞。因此一般的操作是,在二維的圖像上勾畫举户,形成ROI(region of interest)烤宙,其他層類似操作后,合并起來俭嘁,可以以三維立體的形式展現(xiàn)某個腫瘤躺枕,進(jìn)而形成VOI(volume of interest),如下圖B至A供填;當(dāng)然拐云,單張圖像如X射線也是可以操作的,只需在一張圖上進(jìn)行勾畫即可近她。

第三叉瘩,針對某種疾病,在您的數(shù)據(jù)庫內(nèi)存在大量病例集粘捎,可以重復(fù)第二個條件薇缅,再根據(jù)臨床需求,實際病種攒磨、用統(tǒng)計學(xué)方法實現(xiàn)量化泳桦。

文章中提到的參考文獻(xiàn):

“挺煩的統(tǒng)計”留言區(qū)回復(fù)paper1

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希望大家在“挺煩的統(tǒng)計”這里能夠消除煩惱灸撰,打開新視界,更上一層樓拼坎!

PS:

全篇內(nèi)容屬筆者整理浮毯,如有不妥,敬請批評指正演痒!

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往期回顧:

【影像組學(xué)導(dǎo)論】第一部分:官方定義解讀器虾。這咋整?讀懂這個頻道就夠了蹦锋!

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