本代碼用于批量下載文件進行處理
for i in 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
do
for j in 1_1 1_2 1_3 2_1 2_2 2_3 3_1 3_2 3_3 4_1 4_2 4_3 5_1 5_2 5_3
do
kingfisher get -r SRR64515"$i" -m aws-http aws-cp ena-ftp prefetch
fastq-dump --split-files SRR64515"$i".sra
fastp -i SRR64515"$i"_1.fastq -I SRR64515"$i"_2.fastq -o Cs"$j"_1.fq.gz -O Cs"$j"_2.fq.gz
hisat2 --new-summary -p 2 -x genome -1 Cs"$j"_1.fq.gz -2 Cs"$j"_2.fq.gz -S Cs"$j".sam --rna-strandness RF
samtools view -@ 4 -b -o Cs"$j".bam Cs"$j".sam
rm Cs"$j".sam
rm Cs"$j"_1.fq.gz
rm Cs"$j"_2.fq.gz
Rscript ../1.software/RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b Cs"$j".bam -g genes.gtf -f exon -a gene_id -o Cs"$j"
rm Cs"$j".bam
done
done
最后生成15個.count的計數(shù)文件。
示例圖
