[轉(zhuǎn)] GEO數(shù)據(jù)庫(kù)--檢索界面及檢索結(jié)果簡(jiǎn)介
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1这刷、首先GEO數(shù)據(jù)庫(kù)是個(gè)什么鬼呢疯溺？
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)全稱GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心NCBI創(chuàng)建并維護(hù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)袋励。它創(chuàng)建于2000年柒昏，收錄了世界各國(guó)研究機(jī)構(gòu)提交的高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)凳宙，也就是說(shuō)只要是目前已經(jīng)發(fā)表的論文，論文中涉及到的基因表達(dá)檢測(cè)的數(shù)據(jù)都可以通過(guò)這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中找到昙楚。
關(guān)鍵是這個(gè)數(shù)據(jù)是免費(fèi)的近速！免費(fèi)的诈嘿！免費(fèi)的！重要的事說(shuō)三遍削葱。這么想一想世界還是很美好的奖亚。
2、那GEO數(shù)據(jù)庫(kù)有哪些檢索入口呢析砸？
最常用的有兩種方式昔字，一種是通過(guò)網(wǎng)址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接進(jìn)入，另外一種就是通過(guò)pubmed入口啦首繁。
接下來(lái)咱們就進(jìn)入正題作郭。PS：前方多圖預(yù)警
1、GEO數(shù)據(jù)庫(kù)最常用的入口當(dāng)然是PUBMED入口啦弦疮，簡(jiǎn)單粗暴夹攒。
2、那么首先我們先來(lái)介紹一下數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面的基本信息：
和pubmed一樣胁塞，GEO數(shù)據(jù)庫(kù)界面主要包括檢索框咏尝、檢索結(jié)果列表、檢索結(jié)果限定選項(xiàng)啸罢、檢索記錄信息编检，等
上圖左側(cè)就是檢索結(jié)果限定選項(xiàng)，想要準(zhǔn)確地找到需要的數(shù)據(jù)扰才，限定條件很重要哦~
2.1 限定數(shù)據(jù)記錄類型：首先數(shù)據(jù)導(dǎo)入類型主要分為四種：datasets允懂、series、samples和platforms衩匣，可根據(jù)自己的需要選擇蕾总，最常用的是series數(shù)據(jù)集顯示格式
2.2 限定檢測(cè)類型：要注意的是不同的實(shí)驗(yàn)檢測(cè)類型不一樣，比如DNA舵揭、mRNA谤专、SNP、甲基化等等午绳，在檢索時(shí)就要結(jié)合自己的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)選擇相應(yīng)的檢測(cè)類型。
2.3 限定作者：當(dāng)想要檢索某一個(gè)具體研究者發(fā)表的文章相應(yīng)的數(shù)據(jù)資料時(shí)映之，就可以在這里ADD作者的名字來(lái)精確檢索啦拦焚。
2.4 限定物種來(lái)源：在選擇限定條件時(shí)，還有很重要的一項(xiàng)就是選擇檢測(cè)樣本的物種來(lái)源杠输，比如人赎败、小鼠、家兔蠢甲、犬等等僵刮。
2.5 限定層次類型：除了不同的物種外，如果想要查找某一層面基因表達(dá)的數(shù)據(jù)時(shí)，比如組織搞糕、細(xì)胞等等勇吊，在這里ADD想要的type就行。
3窍仰、那接下來(lái)我們就以關(guān)鍵詞為endometriosis汉规，篩選條件為series 檢測(cè)類型為expression profilingby arry 物種為homo sapiens 為例簡(jiǎn)單介紹一下檢索結(jié)果界面的解讀。
看到這個(gè)檢索結(jié)果頁(yè)面是不是覺得還是無(wú)從下手呢?不要急驹吮，下面幾張圖告訴你原來(lái)真的 so easy
下面是檢索結(jié)果列表的基本信息
