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研究蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)锰霜，有助于挖掘核心的調(diào)控基因，目前已經(jīng)有很多的蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫，而string絕對是其中覆蓋的物種最多遂蛀，相互作用信息做大的一個真椿，網(wǎng)址如下
https://string-db.org/
該數(shù)據(jù)庫的最新版本為version 10.5, 更新于2017年5月14號鹃答，存儲了2031個物種，9643763種蛋白突硝，共1380838440個相互作用的信息测摔。
通過官網(wǎng)提供的SEARCH功能，可以方便的檢索該數(shù)據(jù)庫解恰，示意圖如下
可以利用蛋白的名稱锋八，序列等多種格式進(jìn)行檢索，需要注意的是护盈，這里雖然顯示的是按照蛋白名稱檢索挟纱，其實你輸入基因sysmbol 也是可以的。
對于單個蛋白進(jìn)行檢索腐宋，會給出于該蛋白相互作用的所有蛋白構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)紊服，該功能更適用于對某個蛋白的相互作用進(jìn)行探究，而一次輸入多個蛋白胸竞，只會給出輸入的蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)欺嗤，更適用于挖掘輸入的蛋白之間的相互作用，比如輸入轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定到的所有差異基因卫枝，分析這些差異基因之間的相互作用煎饼。
檢索完成之后，會得到如下所示的結(jié)果
上述的網(wǎng)絡(luò)我們就稱之為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)校赤，protein-protein interaction network, 即PPI網(wǎng)絡(luò)吆玖。要看懂上面這張圖筒溃，需要理解以下兩個方面
1. 節(jié)點(node)
圖中每個節(jié)點表示一個蛋白，由于真核生物的可變剪切和轉(zhuǎn)錄后修飾衰伯，1個蛋白編碼基因可能會產(chǎn)生多個蛋白铡羡，這里將由同一個基因產(chǎn)生的不同isoform進(jìn)行了合并，在節(jié)點上標(biāo)記的字母實際為對應(yīng)基因的gene symbol意鲸。
圖中有些節(jié)點內(nèi)部有螺旋狀的結(jié)構(gòu)烦周，這表示該蛋白的三維結(jié)構(gòu)已知，如果未知的話怎顾，節(jié)點內(nèi)部為空读慎。
默認(rèn)情況下節(jié)點的顏色分成紅色和白色，紅色代表是你的查詢蛋白槐雾，白色代表與查詢蛋白具有相互作用關(guān)系的其他蛋白夭委。由于白色不太好看，string會根據(jù)與相互作用的score值對顏色進(jìn)行映射募强。在Legend頁面株灸，可以看到每個蛋白的顏色和對應(yīng)的score值，示意圖如下
2. 邊（edge）
節(jié)點之間的連線表示兩個蛋白之間的相互作用擎值，不同顏色對應(yīng)不同的相互作用類型慌烧，示意如下
從圖中可以看到，兩個蛋白之間的連線不止一條鸠儿，這表示兩個蛋白間存在多種相互作用關(guān)系屹蚊。所有的相互關(guān)系中，既有實驗驗證的进每，也有數(shù)據(jù)預(yù)測的結(jié)果汹粤，所以看上去連線很多，非常復(fù)雜田晚，這個可以通過結(jié)果頁面的Settings進(jìn)行設(shè)置嘱兼，只展示你感興趣的相互作用類型，示意圖如下
在Analysis頁面肉瓦，對于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的基因遭京，提供了GO和KEGG富集分析的結(jié)果，示意如下
在Exports頁面泞莉，可以導(dǎo)出相互作用網(wǎng)絡(luò)的圖片，支持PNG, SVG格式船殉，也可以導(dǎo)出對應(yīng)的相互作用表格和蛋白序列鲫趁，注釋等信息，示意如下
對于一個包含許多節(jié)點的蛋白質(zhì)相互網(wǎng)絡(luò)利虫，還可以通過Cluster頁面來挖掘其中的子網(wǎng)sub ?network挨厚， 或者也可以稱之為module, 本質(zhì)上是對基因進(jìn)行聚類堡僻，屬于同一類的基因所構(gòu)成的相互作用網(wǎng)絡(luò)就是一個module, 示意如下
支持kmeans和MCL聚類，聚類的結(jié)果為TSV格式疫剃，從中可以看出哪些基因?qū)儆谕活悺?/p>
STRING數(shù)據(jù)庫提供了下載功能钉疫，由于整個數(shù)據(jù)庫非常大，所以可以選擇一個物種巢价，然后下載該物種對應(yīng)的數(shù)據(jù)牲阁，示意如下
更多細(xì)節(jié)請參閱官網(wǎng)說明文檔。
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