收藏貼-基因/蛋白功能注釋望拖、富集分析在線工具詳解

Metascape網(wǎng)站(http://metascape.org )是一個能對基因或蛋白質(zhì)列表進(jìn)行注釋和富集等分析的在線工具庸诱,除了傳統(tǒng)的GO注釋和富集之外還提供的蛋白質(zhì)互作分析結(jié)果闷堡,網(wǎng)站基本維持每月更新镀梭,確保分析結(jié)果及時準(zhǔn)確,而用戶只需要輸入需要分析的基因列表即可完成一鍵式分析逝薪,極大方便了沒有編程基礎(chǔ)的生物科研工作者伴奥。

Metascape的使用非常簡單,只需要在對應(yīng)的位置輸入基因或者蛋白列表(見下圖)翼闽,可以直接粘貼也可以導(dǎo)入列表文件,并且網(wǎng)站頁面給出了各種案例文件的格式洲炊。目前網(wǎng)站接受多種形式的id感局,包括Entrez Gene ID尼啡,RefSeq (RNA and Proteins), Gene Symbol and aliases询微,Ensembl (Gene, Transcript, Protein)崖瞭,UCSC,UniProt撑毛。

用戶輸入需要分析的基因并提交书聚,網(wǎng)站會對提交的基因id進(jìn)行識別鑒定,之后可以選擇分析方式藻雌,Express Analysis 包含了常規(guī)的分析內(nèi)容雌续,可以一鍵式獲得分析結(jié)果,Custom Analysis 可以對需要分析的項目參數(shù)等進(jìn)行設(shè)置胯杭,之后再進(jìn)行分析獲取結(jié)果驯杜,此處以Custom Analysis繼續(xù)進(jìn)行介紹。

Custom Analysis 界面會要求設(shè)置相關(guān)選項做个,以下圖富集設(shè)置為例鸽心,需要設(shè)置富集的相關(guān)閾值,要分析的項目(不同的功能選擇)居暖,背景基因(Background)等等顽频,設(shè)置好符合自身要求的選項,開始進(jìn)行分析太闺。

完成分析后可以選擇進(jìn)入報告頁面糯景,各部分分析結(jié)果將以圖片形式直觀顯示,同時可以進(jìn)行保存跟束。例如:

1莺奸、分析完成界面:

2、 報告界面—右上角可以保存所有結(jié)果的壓縮包:

3冀宴、 GO分析結(jié)果—可以保存為cys,pdf灭贷,web等格式:

4、蛋白質(zhì)互作分析結(jié)果

Metascape除了提供單一基因列表的分析之外略贮,還可以進(jìn)行多列基因分析甚疟,具體可以通過網(wǎng)站使用手冊快速學(xué)習(xí)√友樱總而言之览妖,簡單又好用的網(wǎng)站果斷收藏!

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