1. 背景介紹
關(guān)于繪制臨床研究報(bào)告中亞組分析的森林圖崔慧，我過去幾乎試過了所有可能的工具，最早用繪制meta分析森林圖的方法繪制臨床研究亞組分析森林圖温自，使用過Stata皇钞，RevMan，甚至用過Excel......雖然這些工具都能畫夹界，但操作繁瑣，往往還需要借助其他工具進(jìn)一步修改圖形鸠踪。當(dāng)然趾痘，如果精通SAS，畫個(gè)森林圖應(yīng)該是小菜一碟永票，很多頂級(jí)雜志也是采用SAS制作亞組分析森林圖滥沫，但SAS畢竟是統(tǒng)計(jì)分析工具中的貴族键俱，會(huì)的人不多，筆者也沒有系統(tǒng)學(xué)習(xí)過SAS繪圖缀辩，最終我還是把解決問題的目光投向了R踪央。自從我使用了R語言的forestplot包，以前那些畫亞組分析森林圖的方法統(tǒng)統(tǒng)摒棄畅蹂，畫亞組分析森林圖，唯R獨(dú)尊累贤。
2. 案例分析
下面我們就以發(fā)表在新英格蘭雜志上的一篇文章中的亞組分析森林圖為例[1]少漆，用R語言的forestplot包還原這個(gè)森林圖，下圖1.為原文的FIG.1 D圖示损。作者首先在所有入組人群中比較了試驗(yàn)組（阿比特龍+潑尼松）與對照組（單用潑尼松）在總生存率Overall Survival的差異，并計(jì)算了HR及95%可信區(qū)間夺溢，然后又按照多種因素從總?cè)巳褐腥∽蛹蛞辏谧蛹羞M(jìn)一步比較試驗(yàn)組與對照組 Overall Survival 的差異，這就是我們常說的所謂亞組分析状勤。雖然筆者對這些亞組分析的結(jié)果持謹(jǐn)慎態(tài)度，但亞組分析結(jié)果作為一種觀察性結(jié)果還是具有一定參考價(jià)值持搜。此外焙矛，我們不得不承認(rèn)這幅圖畫的真的很好，清晰明了村斟，可以直觀的觀察到在某些亞組人群中試驗(yàn)組的獲益更大抛猫。下面我們就以這幅圖的例子來演示下如何復(fù)制一幅相同的圖出來孩灯。
圖1. 為原文的FIG.1 D圖。
首先败匹，我們需要從這幅圖里還原原始數(shù)據(jù)并整理入Excel中讥巡，并另存為“abiraterone.csv”，整理后的數(shù)據(jù)如下圖2.所示归榕。注意：下圖數(shù)據(jù)還原的形式很重要吱涉，數(shù)據(jù)只有按照我們這種方式整理才能繪制出合格的圖形外里，這一點(diǎn)一定要嚴(yán)格遵守。
圖2. 還原圖中的數(shù)據(jù)并整理成固定格式盅蝗。前四列均為字符串形式，后三列分別是：HR值的點(diǎn)估計(jì)墩莫、95%可信區(qū)間下限芙委、上限，均為數(shù)值型變量狂秦。當(dāng)數(shù)據(jù)導(dǎo)入R語言灌侣，最后三列空格處會(huì)自動(dòng)填充為NA，表示缺失裂问。
3. R語言代碼及代碼解讀
install.packages("forestplot")
library(forestplot)
rs_forest <- read.csv('abiraterone.csv',header = FALSE)
# 讀入數(shù)據(jù)的時(shí)候一定要把header設(shè)置成FALSE侧啼，確保第一行不被當(dāng)作列名稱。
tiff('Figure 1.tiff',height = 6000,width = 7000,res= 600)
forestplot(labeltext = as.matrix(rs_forest[,1:4]),
#設(shè)置用于文本展示的列堪簿，此處我們用數(shù)據(jù)的前四列作為文本痊乾，在圖中展示
mean = rs_forest$V5, #設(shè)置均值
lower = rs_forest$V6, #設(shè)置均值的lowlimits限
upper = rs_forest$V7, #設(shè)置均值的uplimits限
is.summary=c(T,T,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F,T,F,F),
#該參數(shù)接受一個(gè)邏輯向量，用于定義數(shù)據(jù)中每一行是否是匯總值椭更，若是，則在對應(yīng)位置設(shè)置為TRUE虑瀑，若否湿滓，則設(shè)置為FALSE畏腕；設(shè)置為TRUE的行則以粗體出現(xiàn)
zero = 1, #設(shè)置參照值，此處我們展示的是HR值茉稠，故參照值是1描馅，而不是0
boxsize = 0.4, #設(shè)置點(diǎn)估計(jì)的方形大小
lineheight = unit(8,'mm'),#設(shè)置圖形中的行距
colgap = unit(2,'mm'),#設(shè)置圖形中的列間距
lwd.zero = 2,#設(shè)置參考線的粗細(xì)
lwd.ci = 2,#設(shè)置區(qū)間估計(jì)線的粗細(xì)
col=fpColors(box='#458B00',summary="#8B008B",lines = 'black',zero = '#7AC5CD'),
#使用fpColors()函數(shù)定義圖形元素的顏色，從左至右分別對應(yīng)點(diǎn)估計(jì)方形而线，匯總值铭污，區(qū)間估計(jì)線，參考線
xlab="The estimates",#設(shè)置x軸標(biāo)簽
lwd.xaxis=2,#設(shè)置X軸線的粗細(xì)
lty.ci = "solid",
graph.pos = 4)#設(shè)置森林圖的位置膀篮，此處設(shè)置為4嘹狞，則出現(xiàn)在第四列
最后得亞組分析森林圖如下圖3.所示
圖3. 還原的亞組分析森林圖。
至此誓竿，可以獲得一張直接用于投稿的展示亞組分析結(jié)果的圖形磅网，美觀，簡潔筷屡，清晰涧偷、明了。如果我們以矢量圖的形式導(dǎo)出毙死，可以通過矢量圖的編輯軟件進(jìn)一步修改美化燎潮，當(dāng)然以這幅圖目前的顏值用于投稿已經(jīng)綽綽有余了。以上雕蟲小技扼倘，希望對大家有用确封。
4. 參考文獻(xiàn)
[1].Abiraterone in Metastatic Prostate Cancer without Previous Chemotherapy. N Engl J Med.?2013 Jan 10;368(2):138-48.
[2].張鐵軍 陳興棟 劉振球 著,《R語言與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)圖形》, 人民衛(wèi)生出版社, 2018.
