文章題目：Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio
文章鏈接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1686-3
菜鳥團(tuán)的這期推文都是硬漢派的生信技術(shù)流锄贷，或者是我完全沒有頭緒的植物相關(guān)文獻(xiàn)推薦舰褪，我有點(diǎn)hold不住睦刃，所以呢這里面就直接用的推文中對(duì)文獻(xiàn)的解釋了哦～
這篇文章是植物相關(guān)的车胡，不過菜鳥團(tuán)中一句話介紹這篇文章時(shí)說-通過結(jié)合基因組鼓蜒，基因家族研究蝗茁，轉(zhuǎn)錄組娜汁，比較組學(xué)筏养，群體遺傳和表型組學(xué)去研究開心果，雖然我hold不住呢常拓，但是還是閱讀了一遍原文的渐溶，希望感興趣的小伙伴去關(guān)注這篇文獻(xiàn)吧！
背景
開心果（Pistacia vera）是世界上最重要的商業(yè)化堅(jiān)果作物之一弄抬，其具能夠適用各種非生物脅迫茎辐，特別耐受干旱和鹽脅迫。
Pistachio (Pistacia vera), one of the most important commercial nut crops worldwide, is highly adaptable to abiotic stresses and is tolerant to drought and salt stresses.
生詞
pistachio 開心果
underpinning 基礎(chǔ)掂恕、支持
precipitation降雨量
alkaline堿性
reforestation再造林
domestication 馴化 crop domestication
salinity tolerance-related 耐鹽相關(guān)的 salinity tolerance-related markers and stress response mechanisms
結(jié)果
在這里拖陆，研究者通過開心果的從頭基因組組裝以及大規(guī)模基因組重測序懊亡，并且通過比較基因組分析依啰，發(fā)現(xiàn)了開心果的應(yīng)激適應(yīng)可能歸因于擴(kuò)大的細(xì)胞色素P450和幾丁質(zhì)酶基因家族。特別是店枣，比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析表明速警，茉莉酸（JA）生物合成途徑在開心果的耐鹽性中起重要作用。此外鸯两，我們重新測序了93個(gè)品種和14個(gè)野生P.rara基因組和35個(gè)密切相關(guān)的野生黃連木基因組闷旧，以提供對(duì)其種群結(jié)構(gòu)，遺傳多樣性和馴化的更深入的解钧唐。研究者發(fā)現(xiàn)在不同的野生黃連木中發(fā)生了頻繁的遺傳混合種類忙灼。比較群體基因組分析顯示，開心果在大約8000年前被馴化钝侠，并且表明與樹木和種子大小相關(guān)的馴化的關(guān)鍵基因經(jīng)歷了人工選擇该园。
結(jié)論
該研究提供了開心果適應(yīng)性，馴化的遺傳基礎(chǔ)的深入了解机错。該黃連木基因組序列的組裝應(yīng)有助于未來的研究爬范，了解沙漠作物與農(nóng)學(xué)和環(huán)境相關(guān)性狀的遺傳基礎(chǔ)父腕。
個(gè)人評(píng)價(jià)
短短一篇文章就結(jié)合了基因組弱匪，基因家族，轉(zhuǎn)錄組璧亮，比較組學(xué)萧诫，群體遺傳和表型組學(xué)多個(gè)方向的研究。文章的分析方法枝嘶，研究思路值得每個(gè)生信初學(xué)者仔細(xì)的研究帘饶，有條件的同學(xué)如果能重復(fù)出文章內(nèi)容，將會(huì)對(duì)多個(gè)方面的研究有更深入的了解群扶。
上面都是引用的菜鳥團(tuán)的內(nèi)容及刻。
