popgene
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1.32為最新版，感覺這個(gè)軟件好老
根據(jù)官方文檔使用提供的文件/* Test Data Set II: Diploid Data */ 進(jìn)行測試徊哑。
結(jié)果文件內(nèi)容是笛钝，
Single-Population Descriptive Statistics：
1.群體1的第1-x位點(diǎn) 遺傳多樣性信息（因?yàn)榻Y(jié)果文件里是縮寫质况，需要查找相應(yīng)的含義），
- 群體1 x位點(diǎn)的等位基因頻率
- Summary of Genic Variation Statistics for All Loci
- Summary of Heterozygosity Statistics for All Loci
The Ewens-Watterson Test for Neutrality：
Multi-populations Descriptive Statistics：
Overall Allele Frequency :
Overall Summary Statistics:
遇到的問題：
1.好像只能計(jì)算種群之間的遺傳距離玻靡，不同個(gè)體之間的遺傳距離是不是需要從文件的格式下手
- 可自選需要分析的內(nèi)容结榄，根據(jù)作軟件提供的樣本數(shù)據(jù)可計(jì)算相應(yīng)一些內(nèi)容，先了解大概流程囤捻。
Structure Harvester
將structure結(jié)果文件壓縮臼朗，使用下面的網(wǎng)站進(jìn)行一頓計(jì)算
Structure Harvester
使用自有數(shù)據(jù)出現(xiàn)數(shù)據(jù)，先使用網(wǎng)站自帶結(jié)果數(shù)據(jù)可進(jìn)行下一步分析蝎土。
-Blackwell Publishing, Ltd.Detecting the number of clusters of individuals using the software
STRUCTURE: a simulation study
一般選擇混合模型
LOCPRIOR模型：利用取樣位置作為先驗(yàn)信息來輔助聚類——用于結(jié)構(gòu)信號比較弱的數(shù)據(jù)集
兩個(gè)文件需要查看structure相關(guān)文件
indfile 內(nèi)的內(nèi)容是 某個(gè)體视哑、所屬取樣群體、計(jì)算屬于某個(gè)基因池的概率
popfile 內(nèi)容是取樣群體落入某基因池的概率誊涯，
clumpp
不明白這個(gè)軟件是做什么用的挡毅。
distruct
使用Structure Harvester 網(wǎng)站提供的結(jié)果勉強(qiáng)做出結(jié)果
