文獻(xiàn)一
Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution
標(biāo)題：?jiǎn)渭?xì)胞分辨率下人類腸道發(fā)育的時(shí)空分析
發(fā)表期刊：Cell
發(fā)表時(shí)間：2021年1月
影響因子：41.582
應(yīng)用領(lǐng)域：人（腸道）
腸道是人體最大的屏障器官奄容，可與腸道菌群共生，協(xié)調(diào)營養(yǎng)需求和免疫揪罕。多種相互關(guān)聯(lián)的細(xì)胞類型構(gòu)成了成熟的腸道及其獨(dú)特的形態(tài)务冕，但是它們形成的分子基礎(chǔ)仍然不清楚拍棕。在該研究中垃它，利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)繪制了人類腸道發(fā)育的大規(guī)模單細(xì)胞時(shí)空形態(tài)發(fā)生圖譜，并匯編了一個(gè)公開可用的在線資源风范，即胎兒腸道發(fā)育的時(shí)空分析資源（STAR-FINDer）肾档，對(duì)細(xì)胞多樣性摹恰、細(xì)胞間信號(hào)傳導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了分類，對(duì)深入探究腸道發(fā)育的分子機(jī)制奠定了重要的基礎(chǔ)怒见。
文獻(xiàn)二
The orchestrated cellular and molecular responses of the kidney to endotoxin define a precise sepsis timeline
標(biāo)題：腎臟對(duì)內(nèi)毒素精確的細(xì)胞和分子反應(yīng)確定了膿毒癥的病情進(jìn)展時(shí)間軸
發(fā)表期刊：Elife
發(fā)表時(shí)間：2021年1月
影響因子：8.14
應(yīng)用領(lǐng)域：膿毒癥（腎）
膿毒癥（sepsis）是指由感染引起的全身炎癥反應(yīng)綜合征（systemic inflammatory response syndrome, SIRS）俗慈。沿膿毒癥時(shí)間軸對(duì)患者進(jìn)行分期，需要對(duì)組織水平的細(xì)胞和分子事件的演變有透徹的了解速种。腎臟是敗血癥病理生理學(xué)的核心器官姜盈，本研究利用單細(xì)胞測(cè)序與空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序聯(lián)合分析研究膿毒癥疾病進(jìn)展不同時(shí)間點(diǎn)的腎單位不同節(jié)段分子特征，這種對(duì)鼠內(nèi)毒素血癥的嚴(yán)格時(shí)空定義將揭示分期和治療人類敗血癥的精確生物標(biāo)志物和靶標(biāo)配阵，研究結(jié)果為人類膿毒癥分期及治療提供了基礎(chǔ)馏颂。
文獻(xiàn)三
A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain
標(biāo)題：出生后小鼠腦的空間分辨腦區(qū)和細(xì)胞類型特異性異構(gòu)體圖譜
發(fā)表期刊：Nature Communications
發(fā)表時(shí)間：2021年1月
影響因子：14.919
應(yīng)用領(lǐng)域：小鼠（腦）
mRNA的可變剪接普通存在于哺乳動(dòng)物中，可變剪接極大地?cái)U(kuò)大了蛋白質(zhì)組棋傍，并且增加了細(xì)胞類型的功能多樣性救拉。大腦中的可變剪接多樣化，剪接因子瘫拣、和其他RNA結(jié)合蛋白驅(qū)動(dòng)大腦區(qū)域特點(diǎn)的剪接亿絮。但是，目前還沒有對(duì)跨大腦區(qū)域的細(xì)胞類型特異的mRNA異構(gòu)體做的研究麸拄。本研究用單細(xì)胞RNA異構(gòu)體測(cè)序的方法和空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序派昧，對(duì)新生小鼠的大腦進(jìn)行分析，得到了新生小鼠大腦的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體圖譜和空間轉(zhuǎn)錄信息拢切，這些轉(zhuǎn)錄特點(diǎn)可能與各種神經(jīng)發(fā)育蒂萎、神經(jīng)疾病有關(guān)，為進(jìn)一步的研究提供了基礎(chǔ)淮椰。
文獻(xiàn)五
Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken hearts identifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis
標(biāo)題：發(fā)育雞心的時(shí)空單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序鑒定了細(xì)胞分化和形態(tài)發(fā)生之間的相互作用
發(fā)表期刊：Nature communications
發(fā)表時(shí)間：2021年3月
影響因子：14.919
應(yīng)用領(lǐng)域：雞（心臟）
心臟是第一個(gè)發(fā)育的全功能器官五慈，對(duì)胚胎發(fā)育至關(guān)重要。心臟發(fā)育過程中細(xì)胞類型的異質(zhì)性使得很難使用傳統(tǒng)的發(fā)育生物學(xué)技術(shù)研究心臟發(fā)育的細(xì)胞機(jī)制主穗，在這項(xiàng)研究中泻拦，單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的結(jié)合能夠解開驅(qū)動(dòng)心臟發(fā)生的細(xì)胞相互作用，并重建發(fā)育心臟譜系的空間分辨基因表達(dá)圖譜忽媒。在空間上解析祖細(xì)胞和分化細(xì)胞類型争拐，確定階段特異性轉(zhuǎn)錄程序和細(xì)胞相互作用，重建分化譜系晦雨，并描繪心臟發(fā)育中的重要調(diào)控程序陆错。確定了心臟細(xì)胞分化和形態(tài)發(fā)生之間錯(cuò)綜復(fù)雜的相互作用灯抛。
文獻(xiàn)六
Genomic profiling reveals heterogeneous populations of ductal carcinoma in situ of the breast
標(biāo)題：基因組分析揭示了乳腺原位導(dǎo)管癌的異質(zhì)人群
發(fā)表期刊：communications biology
發(fā)表時(shí)間：2021年4月
影響因子：6.26
應(yīng)用領(lǐng)域：人（乳腺癌）
乳腺非浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌金赦，即導(dǎo)管原位癌 (DCIS)音瓷，是早期乳腺癌，可能發(fā)展為浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌 (IDC)夹抗，區(qū)分低風(fēng)險(xiǎn) DCIS 和真正DCIS以避免不必要的手術(shù)至關(guān)重要绳慎，從而提高患者的生活質(zhì)量并降低醫(yī)療成本。對(duì)于高危DCIS患者漠烧，應(yīng)給予綜合治療以改善其預(yù)后杏愤。因此，準(zhǔn)確的分類對(duì)于指導(dǎo)適當(dāng)?shù)闹委熤陵P(guān)重要已脓。針對(duì)DCIS 患者使用空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (STseq) 和單細(xì)胞 DNA 測(cè)序 (scDNA-seq)珊楼，使用年齡和HER2擴(kuò)增狀態(tài)作為在后續(xù)分析中區(qū)分臨床低風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)患者的主要臨床標(biāo)準(zhǔn)。
文獻(xiàn)七
A coordinated progression of progenitor cell states initiates urinary tract development
標(biāo)題：祖細(xì)胞狀態(tài)的協(xié)調(diào)發(fā)展啟動(dòng)了尿道發(fā)育
發(fā)表期刊：Nature Communications
發(fā)表時(shí)間：2021年5月
影響因子：14.919
應(yīng)用領(lǐng)域：小鼠（腎臟）
腎臟和上尿路通過輸尿管芽和周圍間充質(zhì)之間的相互作用而發(fā)育度液。輸尿管芽分支形成腎臟的樹枝狀集合管系統(tǒng)厕宗，而輸尿管尖端促進(jìn)專用祖細(xì)胞形成腎單位。輸尿管芽是從腎管誘導(dǎo)的堕担，腎管來自胚胎中間中胚層上皮管已慢。然而，從中間中胚層發(fā)展到腎管和輸尿管芽的細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變?nèi)匀晃粗骸Ｔ谶@項(xiàng)研究中佑惠，使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，顯示腎管形態(tài)發(fā)生是由四個(gè)主要祖細(xì)胞群協(xié)調(diào)組織造成的齐疙。表明這些祖細(xì)胞依據(jù)模式在時(shí)間和空間中出現(xiàn)膜楷，確定轉(zhuǎn)錄因子Tfap2a/b和Gata3 作為祖細(xì)胞進(jìn)展的關(guān)鍵協(xié)調(diào)者。提供了對(duì)腎集合管系統(tǒng)的細(xì)胞起源和相關(guān)泌尿道發(fā)育疾病的理解方向贞奋，為功能性腎組織引導(dǎo)分化提供了信息赌厅。
文獻(xiàn)八
Integrating Spatial Transcriptomics and Single-Cell RNA-seq Reveals the Gene Expression Profling of the Human Embryonic Liver
標(biāo)題：整合空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示人類胚胎肝臟的基因表達(dá)譜
發(fā)表期刊：Nature Communications
發(fā)表時(shí)間：2021年5月
影響因子：14.919
應(yīng)用領(lǐng)域：人（肝臟）
肝臟是人體的重要器官之一，在新陳代謝和解毒方面起著重要作用忆矛。研究器官在胚胎發(fā)生過程中是如何發(fā)育的察蹲，有助于了解功能性肝臟替代組織以及如何促進(jìn)肝臟再生。在這項(xiàng)研究中催训，利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)洽议，對(duì)人胎肝中主要細(xì)胞類型的分化過程進(jìn)行全面解析，定義了人類胎兒肝臟中的細(xì)胞譜系分化途徑漫拭，為肝病治療和肝再生提供參考數(shù)據(jù)和信息亚兄。提出一個(gè)時(shí)空?qǐng)D譜，全面系統(tǒng)地描述了發(fā)育中的人類肝臟的細(xì)胞異質(zhì)性和空間原型采驻，促進(jìn)了對(duì)疾病起源的理解审胚，并將有助于從頭生成肝細(xì)胞類型和肝臟結(jié)構(gòu)匈勋。
文獻(xiàn)九
ZNRF3 and RNF43 cooperate to safeguard metabolic liver zonation and hepatocyte proliferation
標(biāo)題：ZNRF3和RNF43合作保護(hù)代謝性肝分區(qū)和肝細(xì)胞增殖
發(fā)表期刊：Cell Stem Cell
發(fā)表時(shí)間：2021年6月
影響因子：24.63
應(yīng)用領(lǐng)域：鼠（肝臟）
WNT/β-Catenin（以下簡(jiǎn)稱WNT）信號(hào)通路在進(jìn)化中極為保守且在維持組織穩(wěn)態(tài)，器官再生和腫瘤發(fā)生過程中有重要作用膳叨。然而在不同的組織中WNT通路調(diào)節(jié)的功能不同洽洁，例如在穩(wěn)態(tài)的肝臟中WNT通路調(diào)控肝臟代謝分區(qū)而在小腸中WNT主要驅(qū)動(dòng)細(xì)胞增殖。造成這種不同的原因尚未可知菲嘴。對(duì)于肝臟代謝分區(qū)的研究饿自， 研究者借助空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)（Spatial Transcriptomics）通過測(cè)序分析成功建立了在空間水平上重建肝臟代謝的三個(gè)區(qū)域的方法。研究系統(tǒng)解析了ZNRF3/RNF43在時(shí)空過程中協(xié)作平衡肝細(xì)胞增殖和代謝分區(qū)的過程龄坪，對(duì)于開發(fā)肝臟再生藥物和避免再生所造成的潛在腫瘤風(fēng)險(xiǎn)提供了理論基礎(chǔ)和新的思路昭雌。
