R語言是生信分析、數(shù)據(jù)挖掘最常用最好用的軟件之一扼仲,得到了廣大生信工程師、數(shù)據(jù)分析師的厚愛抄淑。Rstudio 是 R 的集成開發(fā)環(huán)境屠凶,使得R語言的用戶體驗(yàn)更強(qiáng)。
以下安裝均在管理員賬號(hào)下完成肆资,或者個(gè)人賬號(hào)下有管理員授權(quán)(sudo)矗愧;單純個(gè)人賬號(hào)下安裝 R 語言可以使用 Anaconda(conda install r-base),但是無法完成 Rstudio-server 的安裝和使用郑原。
方法1:使用Docker安裝
參考:
「r<-教程」R Docker 教程
在linux(ubuntu)中使用網(wǎng)頁(yè)版的rstudio
docker 安裝Rstudio唉韭,遠(yuǎn)程生成圖表
Rstudio Server + Docker + tensorflowR - 云端安裝與使用R語言與GPU深度學(xué)習(xí)
Rstudio Server的安裝和使用(附常見問題)
如何修改RStudio Server密碼
實(shí)踐:
第一步:安裝Docker夜涕,詳見官網(wǎng)
https://docs.docker.com/get-started/
第二步:pull 鏡像到本地,在宿主機(jī)上創(chuàng)建/home/kcao/R
文件夾属愤,并運(yùn)行運(yùn)行Rstudio容器
- 將本地文件夾/home/rstudio/r-docker-tutorial 掛載到docker實(shí)例文件夾/home/rstudio/r-docker-tutorial中
- 啟動(dòng)端口8787女器;
$ mkdir -p /home/kcao/R
$ docker run -d -e PASSWORD=xxxxxx -v /home/rstudio/r-docker-tutorial:/home/rstudio/r-docker-tutorial --name rstuido -p 8787:8787 rocker/rstudio
第三步:設(shè)置xshell隧道
設(shè)置8787端口
第四步:在本地瀏覽器中使用Rstudio
username:rstudio
password:就是第二步中設(shè)置的 xxxxxx
第五步:設(shè)置騰訊云防火墻合蔽,開放8787端口
如果想直接通過IP進(jìn)行登錄算灸,類似訪問網(wǎng)頁(yè)那種效果诲祸,有一個(gè)瀏覽器就可以打開周荐,甚至ipad上面也可以編程;
第六步:效果:
通過IP+端口涧卵,通過不同設(shè)備訪問Rstudio 埃篓;
http://49.235.78.63:8787/
賬號(hào)密碼同上察净;
方法2:自己手動(dòng)安裝
參考:
如何在 CentOS 系統(tǒng)上安裝 Rstudio-server
https://zhuanlan.zhihu.com/p/101988060
查看Redhad7.6版本系統(tǒng)上防火墻狀態(tài)時(shí)吼句,看到了下面的提示
https://www.cnblogs.com/wayneliu007/p/10372601.html
在服務(wù)器中使用R--RStudio Server
實(shí)踐:
第一步:R 語言的安裝(yum install)
進(jìn)入管理員賬號(hào)并安裝的代碼如下:
yum -y install epel-release
yum -y install R
第二步:Rstudio-server 安裝
登錄 Rstudio 官網(wǎng)(RStudio | Open source & professional software for data science teams),在 Products 選項(xiàng)卡中選擇 Rstudio Server事格,而后找到并選擇 DOWNLOAD SERVER 如圖:
第三步:必要的設(shè)置
- 查看安裝位置
$ which rstudio-server
$ which R
- 確定安裝路徑惕艳,并添加文件 rserver.conf
$ vim /etc/rstudio/rserver.conf
# Server Configuration File
www-port = 8790
rsession-which-r=/usr/bin/R
auth-timeout-minutes=0
auth-stay-signed-in-days=30
- 其中 rsession-which-r= 后面為 R 的安裝路徑。然后保存退出驹愚,并添加文件 rsession.conf. 保存退出远搪。
$ vim /etc/rstudio/rsession.conf
# R Session Configuration File
www-port = 8787
- 配置也大致完成,最后還有防火墻設(shè)置逢捺。先關(guān)閉系統(tǒng)防火墻:打開 Rstudio-server谁鳍,并查看狀態(tài):
$ systemctl stop firewalld.service
$ rstudio-server start
$ rstudio-server status
(base) [17:19:35] root@VM-4-4-centos:~
$ rstudio-server status
● rstudio-server.service - RStudio Server
Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)
Active: active (running) since Sun 2021-10-10 17:19:35 CST; 2s ago
Process: 23222 ExecStop=/usr/bin/killall -TERM rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
Process: 23223 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
Main PID: 23233 (rserver)
Tasks: 3
Memory: 86.8M
CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
└─23233 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver
Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Starting RStudio Server...
Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Started RStudio Server.
- 此時(shí)可以訪問 Rstudio-server 了,但是防火墻需要設(shè)置一個(gè)端口為 8790(Rstudio-server的端口)的白名單(--permanent 表示永久):
firewall-cmd --zone=public --add-port=8790/tcp --permanent
- 最后別忘了重新打開防火墻劫瞳,并查看狀態(tài):
$ systemctl start firewalld.service
$ systemctl status firewalld.service
第四步:一些必要的插件
為了后續(xù)的使用以及 R 包的安裝倘潜,需要安裝一些插件,如下:
$ yum -y install openssl-devel libxml2-devel zlib java gcc-gfortran gcc gcc-c++ readline-devel libXt-devel bzip2-devel bzip2-libs xz-devel pcre-devel libcurl-devel libxslt-devel aspell-devel openldap libjpep-devel gmp-devel mpfr-devel cairo-devel proj-devel gdal-devel libtiff-devel librsvg2-devel udunits2-devel
第五步:其他
-
此時(shí)直接通過IP訪問還是不行志于,需要開啟騰訊云服務(wù)器上面的防火墻端口
最后一步:添加一個(gè)普通賬戶
前面都是用root賬號(hào)在安裝操作涮因,但RStudio Server基于安全考慮不允許使用root賬號(hào)登錄,因此伺绽,我們需要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)新的賬號(hào)來使用RStudio Server养泡。
類似下面的操作:
第六步:最終效果
http://49.235.78.63:8790/
賬戶&密碼:見第五步操作;
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