以linux系統(tǒng)為例
首先，在$HOME目錄下居夹，新建一個(gè)文件.Rprofile败潦，并進(jìn)入vi編輯器：
vi ~/.Rprofile
按下鍵盤Insert鍵進(jìn)入vi的編輯模式，然后我們就可以輸入代碼配置默認(rèn)環(huán)境變量了准脂。比如：
#設(shè)置R包默認(rèn)安裝鏡像：
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) #以清華大學(xué)鏡像為例
#設(shè)置bioconductor的默認(rèn)安裝源：
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") #以清華大學(xué)鏡像為例
#設(shè)置默認(rèn)R包安裝路徑劫扒，以后重裝R就不用重新裝包了：
.libPaths("自定義Rlibrary路徑")
#設(shè)置默認(rèn)幫助方式為網(wǎng)頁：
options(help_type="html")
#設(shè)置默認(rèn)工作目錄：
setwd("自定義工作路徑") #自定義路徑必須已經(jīng)存在，路徑中不要出現(xiàn)漢字
還可以加上其他自己想要初始化的命令狸膏。
編輯完成之后沟饥，按下鍵盤ESC鍵退出到命令模式，再輸入命令 :wq 保存退出环戈，下次再進(jìn)入R就生效了闷板。
多鏡像配置
如果擔(dān)心R包和bioconductor一個(gè)鏡像不夠，可以配備多個(gè)網(wǎng)址院塞。相關(guān)命令修改為：
options(repos=structure(c(CRAN=c("地址1", "地址2","地址3"))))
options(BioC_mirror=c("地址a", "地址b","地址c"))
這樣，安裝R包的時(shí)候性昭，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)按照從左往右（地址1→地址2→地址3）的優(yōu)先級(jí)從鏡像中搜索R包拦止，直到尋著合適的R包或者所有皆未找到報(bào)錯(cuò)退出為止。
也可以用CRANextra變量實(shí)現(xiàn)：
options(repos=structure(c(CRANextra="第二源地址")))
以win10系統(tǒng)為例
windows10上的R又該如何操作呢糜颠？
第①步：打開記事本或者其他文本編輯軟件汹族；
第②步：輸入默認(rèn)設(shè)置（內(nèi)容同上述linux案例）；
第③步：保存文件到 “此電腦>文檔” /.Rprofile （文件沒有后綴名哦~）其兴；
第④步：重新進(jìn)入R/RStudio即可顶瞒。
歡迎關(guān)注公眾號(hào)："生物信息學(xué)"
