-1.psRNATarget
http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/
一個在線的植物小RNA的靶基因預(yù)測工具，發(fā)表在核酸研究上。
0.TAPIR
一個在線的植物micRNA的靶基因預(yù)測工具糟红。
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/
1.miRBase
2.miRecords
http://mirecords.biolead.org/
動物 miRNA 的靶相互作用的數(shù)據(jù)庫, 包括人工收集實驗驗證的, 預(yù)測的 miRNA的靶目標(biāo). 靶標(biāo)預(yù)測工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.
3.PMRD
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
PMRD是一個關(guān)于植物MicroRNA 數(shù)據(jù)庫烈疚，包括了microRNA序列和它們的靶基因欲低、二級結(jié)構(gòu)、表達(dá)譜德召、基因組搜索等等，并且該數(shù)據(jù)庫嘗試著整合大量的關(guān)于植物microRNA的數(shù)據(jù)汽纤。
4.CoGeMiR
5.MicroRNAdb
http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php
MicroRNAdb是一個關(guān)于microRNA的綜合性數(shù)據(jù)庫上岗。相比其他數(shù)據(jù)庫，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且進(jìn)行了充分的注釋冒版。如今液茎，該數(shù)據(jù)庫有732個microRNA序列的條目和439個詳細(xì)的注釋逞姿。
6.miRWalk
http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/
miRWalkis是一個綜合性數(shù)據(jù)庫辞嗡，提供來自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預(yù)測信息和經(jīng)過驗證的位于其靶基因上的結(jié)位點滞造。
7.TarBase
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/
TarBase數(shù)據(jù)庫人工搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因续室，包括在人、小鼠谒养、果蠅挺狰、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因，區(qū)分出這些miRNA靶基因中的對的和不對的买窟。
8.miRGator
http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html
miRGator數(shù)據(jù)庫是一個引導(dǎo)對miRNA進(jìn)行功能闡釋的工具丰泊。功能分析和表達(dá)譜結(jié)合靶基因預(yù)測，可以對miRNA的生物學(xué)功能進(jìn)行推測始绍。
9.miRGen
10.miRNAMap
11.Vir-Mir
http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi
Vir-Mir數(shù)據(jù)庫提供預(yù)測的病毒miRNA的候選發(fā)夾結(jié)構(gòu)序列瞳购。
12.ViTa
13.ASRP Database
http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/
ASRP網(wǎng)站組織了擬南芥中的小RNA的信息，這些小RNA是通過ASRP或其他實驗室分離得到的亏推。
14.miRNApath
http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php
miRNApath是一個關(guān)于miRNA学赛、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫。
15.miRex
http://miracle.igib.res.in/mirex/
miRex是一個分析microRNA基因表達(dá)的在線資源庫吞杭，搜集盏浇，整理和分析已發(fā)表的關(guān)于microRNA基因表達(dá)的數(shù)據(jù)，它允許研究者通過數(shù)千數(shù)據(jù)點來分析基因表達(dá)和提供microRNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)的在線保存芽狗。
16.PolymiRTS
http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
自然產(chǎn)生的miRNA的靶標(biāo)位點DNA變異的數(shù)據(jù)庫.
17.SeqBuster
http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/
一個生物信息學(xué)在線工具绢掰，通過高深度測序來研究miRNA的變異。
18.WMD3
http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi
用于設(shè)計人工的miRNA
19.TargetScan
20.microRNA.org
21.PicTar
22.RNAhybrid
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/
RNAhybrid是一種用于尋找一條長鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具童擎，是通過一種域碼來實現(xiàn)的滴劲。例如一條短鏈序列結(jié)合到長鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預(yù)測用.
23.microInspector
http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/
microInspector提供miRNA結(jié)合位點的預(yù)測柔昼。
24.TripletSVM
http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/
TripletSVM是一個用于預(yù)測一個具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的被查詢序列是否是一個真正的miRNA前體物的程序.
25.TransmiR
26.miR2Disease
http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp
miR2Disease數(shù)據(jù)庫是一個人工注釋的數(shù)據(jù)庫哑芹，主要收錄的是與人類疾病相關(guān)的microRNA信息.
27.S-MED
http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php
S-MED(肉瘤microRNA表達(dá)數(shù)據(jù)庫)是一個存儲miRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中以及一些選擇的正常組織中發(fā)現(xiàn)的捕透。
28.PMRD
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
植物microRNA數(shù)據(jù)庫
29.deepBase
30.starBase
31.PITA
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
PITA基于靶位點的可接性(target-site accessibility)預(yù)測microRNA的靶標(biāo)聪姿。
32.RNA22
33.miRTarBase
34.miRanda
http://www.microrna.org/microrna/home.do
miRanda是John等于2003年5月開發(fā)的第一個miRNA靶基因預(yù)測軟件碴萧。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制末购，同時提供了 windows,linux,和macintosh多平臺版本破喻，可以下載到本地運(yùn)行。堿基互補(bǔ)方面盟榴，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似曹质，但它以堿基互補(bǔ)(如A=U,G=C等)代替Smith-Waterman算法中的堿基匹配(如A-A,U-U等)來構(gòu)建打分矩陣，允許G=U錯 配擎场，為了體現(xiàn)miRNA3’端和5’端和靶基因作用過程中的不對稱性羽德，軟件給出了scale參數(shù)(5’端11個堿基得分值乘以該值，然后和3’端11個堿 基得分值相加作為堿基互補(bǔ)得分)迅办。同時強(qiáng)調(diào)miRNA第2到4位堿基和靶基因精確互補(bǔ)宅静，第3到12位堿基和靶基因錯配不得多于5個，9到L-5(L為 miRNA總長)位堿基至少一個錯配站欺，最后5個堿基錯配不得多于兩個姨夹。
35.DIANA-microT
36.RNAhybrid
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/
RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚體二級結(jié)構(gòu)開發(fā)的miRNA靶基因預(yù)測軟件。RNAhybrid預(yù)測算法禁止分子內(nèi)矾策、miRNA分子間及靶基因間 形成二聚體磷账，根據(jù)miRNA和靶基因間結(jié)合能探測最佳的靶位點。盡管隨著靶基因序列長度增加贾虽，運(yùn)算復(fù)雜度也相應(yīng)增加逃糟，但RNAhybrid和其它RNA二 級結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件諸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明顯的速度優(yōu)勢榄鉴。此外履磨，RNAhybrid允許用戶自定義自由能閾值及p值，也允許用戶設(shè)置雜交位點的 偏向庆尘，如雜交位點必須包含miRNA 5’端2-7nt等剃诅。