前面小編介紹過(guò)RNA相互作用神器——ENCORI吐根，在文章中給大家舉了個(gè)用R代碼批量下載miRNA和mRNA之間相互調(diào)控關(guān)系的例子炒辉。其實(shí)ENCORI數(shù)據(jù)庫(kù)除了提供，miRNA和mRNA之間的調(diào)控關(guān)系以外顿肺，也提供miRNA和lcnRNA另萤，miRNA和circRNA之間的調(diào)控關(guān)系浆西。有些讀者嘗試修改小編的代碼去下載其他的調(diào)控關(guān)系桩匪，這令小編很欣慰月匣，至少做到了學(xué)以致用。熟話說(shuō)學(xué)而不思則罔脓鹃，思而不學(xué)則殆，理論和實(shí)踐還是要緊密結(jié)合的古沥。

今天小編就給大家分享分享一下瘸右，R代碼批量下載miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之間的調(diào)控關(guān)系岩齿。

####################################
#download lncRNA_miRNA_interaction
####################################
family=read.table("hg19_all_fimaly.txt",sep="\t")
miRNA=unlist(strsplit(as.character(family$V4),","))
dir.create("lncRNA")
for(mir in miRNA){
  file=paste("lncRNA/",mir,".txt",sep="")
  link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=lncRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="")
  download.file(link,file)
  Sys.sleep(5)
}
####################################
#download circRNA_miRNA_interaction
####################################
dir.create("circRNA")
for(mir in miRNA){
  file=paste("circRNA/",mir,".txt",sep="")
  link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=circRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="")
  download.file(link,file)
  Sys.sleep(5)
}
?

這里下載下來(lái)的是一個(gè)一個(gè)單獨(dú)的文件太颤，每一個(gè)文件里面包含一個(gè)miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。

那么我們?nèi)绾伟阉麄兒喜⒊蔀橐粋€(gè)文件呢盹沈？就像R批量預(yù)測(cè)miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-ENCORI篇里面使用的mRNA_miRNA_interaction.txt和lncRNA_miRNA_interaction.txt龄章。

下面就來(lái)動(dòng)手吧

###########################################
#combine lncRNA_miRNA_interaction
###########################################
lncRNA_files <- list.files(path="lncRNA", full.names=TRUE)
?
library(plyr)
lncRNA.list <- llply(lncRNA_files, function(x)read.table(x,header=T,sep="\t",comment.char ="#",stringsAsFactors=F))
combind_lncRNA=do.call(rbind,lncRNA.list)
write.table(file="lncRNA_miRNA_interaction.txt",combind_lncRNA,quote=F,sep="\t",row.names = F)
?
##################################
#combine circRNA_miRNA_interaction
##################################
circRNA_files <- list.files(path="circRNA", full.names=TRUE)
?
library(plyr)
circRNA.list <- llply(circRNA_files, function(x)read.table(x,header=T,sep="\t",comment.char ="#",stringsAsFactors=F))
combind_circRNA=do.call(rbind,circRNA.list)
write.table(file="circRNA_miRNA_interaction.txt",combind_circRNA,quote=F,sep="\t",row.names = F)
??

合并完你就可以得到完整的miRNA和靶基因的調(diào)控關(guān)系了吃谣，在一個(gè)文件里面，就是下面圈出來(lái)的兩個(gè)文件了做裙。合并miRNA和mRNA之間調(diào)控關(guān)系的文件岗憋，就留給大家自己做吧！

如果你嫌自己下載合并比較麻煩锚贱，可以直接在RNA相互作用神器——ENCORI一文中獲取合并后的文件仔戈。不僅有人的還有小鼠的，miRNA與lncRNA拧廊，mRNA监徘，circRNA的調(diào)控關(guān)系一網(wǎng)打盡。

參考資料

1. RNA相互作用神器——ENCORI
2. R批量預(yù)測(cè)miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-ENCORI篇
3. R下載合并ENCORI miRNA靶基因數(shù)據(jù)