我們經(jīng)常遇到上下調(diào)基因分別做富集分析(GO,KEGG)，并且整合在同一張條形圖中。
常規(guī)的想法就是分上下調(diào)基因分別做富集分析，使用ggplot包哩罪，設置因子，計算雙向的log10(pvalue)值肥印，修改坐標軸......
真是頭大Ｊ兑！深碱！在一番尋覓之后腹鹉，終于找尋到了更好，更簡單的方法敷硅，分享給大家功咒。
02
代碼展示
#加載R包
rm(list?=?ls())
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray",upgrade?=?F)
library(tinyarray)
加載入孫小潔老師的tinyarray包，也是這篇文章的主角绞蹦。首先力奋，查看包中自帶數(shù)據(jù)。
deg[1:4,]
根據(jù)幫助文檔幽七，我們僅提供ENTREZID和chang兩列即可
a?=?double_enrich(deg,n?=?5)
a
$kp
$gp
簡簡單單景殷，GO和KEGG一句搞定
圖形按照-log10(p)排序
支持n,顏色的參數(shù)設置
而且，最終圖片的保存為ggplot,因此澡屡，ggplot包含的參數(shù)猿挚，它都是可以調(diào)整的，你可以通過參數(shù)的調(diào)整驶鹉，做出更加美觀的圖形绩蜻。
貼心小提示，tinyarray1.4.0以上版本才可用室埋！
文 | 肥肥小橘貓
