寫在前面
用過 BLAST 進行基因功能注釋的朋友應該常常遇到兩個問題：
- BLAST 輸出格式較多对蒲，選擇哪一類輸出格式更為實用？
- 輸出結果信息較多含滴，如果方便下游數據分析？
BLAST 的輸出文件格式建議
基于我個人生信數據分析項目經驗碑韵，一般用戶會選擇以下四種格式：
- pairwise
- blast tab ，即 -outfmt 6
- ASN
- XML
以下逐個解讀联喘。
Pairwise 格式
這一個是常見于絕大多數網站自行搭建的 BLAST 服務。比如擬南芥 TAIR 的 Blast 輸出蓖谢，大體如下，
清晰明了，對于少量序列腊嗡，比如 一兩個序列的 比對結果查看燕少，那么這一格式非常合適崇决。但一旦數據較多恒傻，比如我們上千個差異表達基因或者是關聯出來的基因列表盈厘，那么就不太合適注簿。于是一般會用 Table （--outfmt 6 或 7 ）
Blast Tab 格式
Blast Tab 格式诡渴，這個名字惑灵，是我自己給的泣棋。因為這個格式其實就是純粹的 制表符分隔 的 表格。一般情況下澈吨，blast+ 設置輸出格式為 -outfmt 6 或者 7 （后者包含表頭）即可。大體格式可以看看下方桑阶，
直接在 Excel 中查看即可。可以看出玛歌，一列一列擺放，以 HSP （也就是 高度相似片片段）為單位译荞。這個序列的比對結果不太直觀（具體見下文）。
ASN 格式
說實話篙骡，我估計絕大部分號稱自己搞數據分析的，其實也不知道有這個格式得湘。
ASN格式臼闻，類似 JSON述呐，是 NCBI 自定義的格式思犁，存儲信息最全面褐着，可以直接使用 Blast 軟件轉換為其他格式含蓉。唯一麻煩的可能是，用戶需要轉換一次差油，有些人不喜歡。當然我也不喜歡妆偏，畢竟...XML相對容易解析挪鹏。
XML 格式
一直以來讨盒，我最新換的就是 XML 格式返顺。主要原因有：
- 相比于 Pairwise 和 ASN 格式來說伦忠，XML 更容易使用 程序解析
- 相比于 Table 格式來說气忠，XML 信息更全面
具體可看
對應所有 TBtools 用戶來說吨娜，我個人是建議陪毡，如果只是一兩條序列的 BLAST ，那么建議 Pairwise 格式桅滋，而其他所有情況，直接輸出 XML 格式。因為 TBtools 下面有系列功能可以可視化 和 解析定庵。
大體功能介紹
XML 轉換為 BLAST Tab 格式
所有 BLAST XML 輸出文件找岖，可以直接使用 TBtools许布，轉換為 BLAST Tab。非常方便袁余。
TBtools Table 格式
正如前面體積掩完，BLAST 默認的輸出以 HSP 為單位且蓬，有時候并不太合適。比如冯事，有些時候比對結果是這樣的（即超過 1 個 HSP）
這種情況下，如果是 NCBI BLAST 默認的 表格輸出，那么就是
我們完全可以想想，有不少時候渴析，可能有 N 個hsp吮龄。而這些信息，本身冗余母债。此外毡们，也無法直接看到比對覆蓋率昧辽。為此.... 很久很久以前，我就開放了一個功能红氯，自定義了一個 TBtools Table。具體如下，
可以看出，多個 HSP 的信息被整合為一行块仆，也補充了覆蓋率的計算等等庄敛。每行就是一個 Hit 科汗，更符合實際用戶觀測數據需求头滔。
僅僅如此？
當然不是兴猩。這兩天早歇，我又在折騰一些生物學問題相關的課題箭跳。于是需要看一堆基因大體注釋信息。盡管上述說到的 TBtoosl Table 相對簡潔拯刁。但還是不夠直觀逝段，畢竟一個人序列還是對應了多個 hits奶躯。所以最好的做法就是，進一步把所有的 hits 整合成 一行（這個想法在三四年前账嚎，夏老師提過，不過...我一直懶得實現）疼邀。索性寫了一下旁振，輸出結果如下涨岁。
說實話梢薪，不能太完美...
而且具體使用一樣簡單：
- 輸入BLAST的XML格式輸出文件，支持 DIAMOND XML甜攀，建議比對到 Swissprot
- 輸出文件路徑
具體界面如下赴邻，注意到新版本的 TBtools啡捶，直接整合了 三個表格轉換功能
一切瞎暑，就這么簡單....
當然了赌，其實新版本修復了一小部分 BLAST XML to Table 的小bug，建議各位更新袄秩，盡管之剧，我已經推送了自動更新.....
寫在后面
TBtools 的序列提取 和 BLAST 相關功能砍聊，是最老的功能，意味著他們的具體界面化和實現邏輯蟹肘，都是一個具有不到半年 Java 編程經驗（接觸編程剛過一年）的小孩子寫的。現在看來贰盗，多少顯得粗糙舵盈。但回過頭來胸完，這個跟不少大佬說的一樣：
- 以前赊窥，有時間狸页，但是沒經費
- 現在芍耘，有經費，但是沒時間
而大佬終歸是大佬嘛倔约。對于我，那么情況是：沒時間坝初，也沒經費浸剩。
哈哈哈哈哈哈哈哈
