HiC
1.Hi-C分析工具比較
2.Hi-C中兩種TAD檢測方法
3.HiC工具匯總
4.Dixon &Renbin 2012 HMM /DI
ChIA-Drop
摘要：
多細胞生物的基因組在細胞核內(nèi)被廣泛地折疊在三維染色體疆域中惜索。目前的高級三維基因組作圖方法結(jié)合了鄰近連接和高通量測序技術（代表方法如染色體構象捕獲，Hi-C）和染色質(zhì)免疫沉淀技術（代表方法如基于配對末端標簽測序的染色質(zhì)交互分析技術，ChIA-PET）。這些方法已經(jīng)揭示了有染色質(zhì)接觸頻繁的拓撲結(jié)構域，確定了由特定蛋白質(zhì)因子介導的染色質(zhì)遠程交互佳头，進行轉(zhuǎn)錄絕緣和轉(zhuǎn)錄調(diào)控。但是，這些方法依靠成對的鄰近連接搀罢，反映的是群體水平染色質(zhì)交互情況，因而無法揭示染色質(zhì)交互的詳細本質(zhì)侥猩。雖然單細胞Hi-C可能會解決這個問題榔至，這種方法可能受到當前單細胞分析所固有的數(shù)據(jù)稀疏性的限制。近期微流控技術的進展為基于液滴的基因組分析提供了機會欺劳，但這種技術尚未用于染色質(zhì)相互作用分析唧取。在本文中，我們開發(fā)了一個新策略划提，通過基于液滴和barcode相關的測序枫弟，進行多重染色質(zhì)相互作用分析，并將該新方法命名為ChIA-Drop鹏往。本文展示了ChIA-Drop在單分子精度捕獲復雜染色質(zhì)交互方面的穩(wěn)健性淡诗，這些是基于群體細胞雙端交互方法無法完成的。通過將ChIA-Drop應用于果蠅細胞，表明染色質(zhì)拓撲結(jié)構主要由有高度異質(zhì)性的多重染色質(zhì)相互作用組成; ChIADrop還揭示了以啟動子為中心的多重相互作用韩容，這些結(jié)果為基因轉(zhuǎn)錄提供了拓撲見解款违。
5. 2018-NG 啟動子雙價傾向于胚胎干細胞的開放染色質(zhì)結(jié)構
在胚胎干細胞(ESCs)中，發(fā)育基因啟動子以二價染色質(zhì)狀態(tài)為特征群凶，同時被Mll 2和Polycomb復合物修飾插爹。盡管對胚胎發(fā)育至關重要，但在功能上還不太清楚请梢。在此递惋，我們發(fā)現(xiàn)Mll2在ESC基因組組織中起著核心作用。我們在ESCs中得到了一個真正的二價基因基因集溢陪。Mll2的丟失導致Polycomb的占用率增加萍虽。最終啟動子的可接近性降低，遠程交互被重新分配形真，ESCs無法進行正常分化杉编。我們認為，雙價基因平衡了啟動子的可接近性和長程交互咆霜，從而允許發(fā)育基因表達被準確地調(diào)節(jié)邓馒。
