安裝scAI心得

scAI是一個分析單細胞多組學的軟件除嘹,20年剛發(fā)的怎憋,就想下載下來熟悉一下又碌,結(jié)果下了兩天,心態(tài)給整崩潰了TAT

  • 第一天
    • 下載GitHub的R包的各種方法
  1. devtools下載
    這是最簡單的方法绊袋,但是很看臉毕匀,我昨天下載的時候一直報錯呢,結(jié)果一刷微博#GitHub崩了#都上熱搜了愤炸,看來是GitHub的問題期揪,不是我的問題。今天一試规个,果然就好啦!
    devtools::install_github("sqjin/scAI")
  2. 本地下載
    這個最麻煩姓建,因為可能需要自己去下依賴包诞仓,然后就又是一堆操作。
  • 在GitHub網(wǎng)站上把想安裝的R包下載下來速兔,應該是XX-master.zip
  • 安裝這個包墅拭,記得指定路徑
    devtools::install_local("D:/scAI-master.zip")
    安裝過程中可能會提醒你有的包無法安裝(多半是因為也是GitHub的包而不是CRAN的),那么一樣的操作去下載它們就好啦~
  1. githubinstall下載
    這個也很簡單哦
    githubinstall("scAI")
    它的好處是記不清具體名字或者作者的話可以模糊搜索涣狗,然后讓你選擇下載哪個谍婉。
  2. 將R包的函數(shù)都跑一遍
    R包其實就是一堆函數(shù)組成的,實在下載不下來镀钓,可以把他們的代碼下載下來穗熬,在R里面打開,全部運行一遍丁溅,將函數(shù)儲存在了環(huán)境里唤蔗,就可以用他們啦!
    缺點是,也是一堆依賴包需要自己手動下載哦妓柜!

綜合來看:
方法1和3最優(yōu)箱季,其次是方法2,實在沒辦法了方法4湊合上陣吧

  • 第二天
    好不容易下載了包棍掐,這個包調(diào)用了UMAP去降維單細胞RNA-SEQ數(shù)據(jù)藏雏,而UMAP的umap-learn是以python為載體的,就需要在R里面調(diào)用python作煌,可以看我的另一篇解決方法啦掘殴,也很傻傻的問題哈哈哈_

最后希望大家下載GitHub包一切順利,不要像我一樣各種問題啦~

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末最疆,一起剝皮案震驚了整個濱河市杯巨,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌努酸,老刑警劉巖服爷,帶你破解...
    沈念sama閱讀 219,188評論 6 508
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件,死亡現(xiàn)場離奇詭異获诈,居然都是意外死亡仍源,警方通過查閱死者的電腦和手機,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,464評論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進店門舔涎,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來笼踩,“玉大人,你說我怎么就攤上這事亡嫌『坑冢” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 165,562評論 0 356
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵挟冠,是天一觀的道長于购。 經(jīng)常有香客問我,道長知染,這世上最難降的妖魔是什么肋僧? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 58,893評論 1 295
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮控淡,結(jié)果婚禮上嫌吠,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己掺炭,他們只是感情好辫诅,可當我...
    茶點故事閱讀 67,917評論 6 392
  • 文/花漫 我一把揭開白布滞谢。 她就那樣靜靜地躺著旦装,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪弧满。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 51,708評論 1 305
  • 那天吧享,我揣著相機與錄音魏割,去河邊找鬼。 笑死钢颂,一個胖子當著我的面吹牛钞它,可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播殊鞭,決...
    沈念sama閱讀 40,430評論 3 420
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼遭垛,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼!你這毒婦竟也來了操灿?” 一聲冷哼從身側(cè)響起锯仪,我...
    開封第一講書人閱讀 39,342評論 0 276
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎趾盐,沒想到半個月后庶喜,有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,801評論 1 317
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡救鲤,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 37,976評論 3 337
  • 正文 我和宋清朗相戀三年久窟,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片本缠。...
    茶點故事閱讀 40,115評論 1 351
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡斥扛,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出丹锹,到底是詐尸還是另有隱情稀颁,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 35,804評論 5 346
  • 正文 年R本政府宣布楣黍,位于F島的核電站峻村,受9級特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏锡凝。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 41,458評論 3 331
  • 文/蒙蒙 一垢啼、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望窜锯。 院中可真熱鬧,春花似錦芭析、人聲如沸锚扎。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 32,008評論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽驾孔。三九已至芍秆,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間翠勉,已是汗流浹背妖啥。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 33,135評論 1 272
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留对碌,地道東北人荆虱。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 48,365評論 3 373
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像朽们,于是被迫代替她去往敵國和親怀读。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子,可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 45,055評論 2 355