scAI是一個分析單細胞多組學的軟件除嘹,20年剛發(fā)的怎憋,就想下載下來熟悉一下又碌,結(jié)果下了兩天,心態(tài)給整崩潰了TAT
- 第一天
- 下載GitHub的R包的各種方法
- devtools下載
這是最簡單的方法绊袋,但是很看臉毕匀,我昨天下載的時候一直報錯呢,結(jié)果一刷微博#GitHub崩了#都上熱搜了愤炸,看來是GitHub的問題期揪,不是我的問題。今天一試规个,果然就好啦!
devtools::install_github("sqjin/scAI")
- 本地下載
這個最麻煩姓建,因為可能需要自己去下依賴包诞仓,然后就又是一堆操作。
- 在GitHub網(wǎng)站上把想安裝的R包下載下來速兔,應該是XX-master.zip
- 安裝這個包墅拭,記得指定路徑
devtools::install_local("D:/scAI-master.zip")
安裝過程中可能會提醒你有的包無法安裝(多半是因為也是GitHub的包而不是CRAN的),那么一樣的操作去下載它們就好啦~
- githubinstall下載
這個也很簡單哦
githubinstall("scAI")
它的好處是記不清具體名字或者作者的話可以模糊搜索涣狗,然后讓你選擇下載哪個谍婉。 - 將R包的函數(shù)都跑一遍
R包其實就是一堆函數(shù)組成的,實在下載不下來镀钓,可以把他們的代碼下載下來穗熬,在R里面打開,全部運行一遍丁溅,將函數(shù)儲存在了環(huán)境里唤蔗,就可以用他們啦!
缺點是,也是一堆依賴包需要自己手動下載哦妓柜!
綜合來看:
方法1和3最優(yōu)箱季,其次是方法2,實在沒辦法了方法4湊合上陣吧
- 第二天
好不容易下載了包棍掐,這個包調(diào)用了UMAP去降維單細胞RNA-SEQ數(shù)據(jù)藏雏,而UMAP的umap-learn是以python為載體的,就需要在R里面調(diào)用python作煌,可以看我的另一篇解決方法啦掘殴,也很傻傻的問題哈哈哈_
最后希望大家下載GitHub包一切順利,不要像我一樣各種問題啦~