課程三：linux環(huán)境下的軟件安裝
學(xué)習(xí)內(nèi)容：
- 第一步：簡(jiǎn)單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
- 第二步：給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以浪册。
- 第三步：安裝和配置miniconda
- 第四步（重點(diǎn)）：使用miniconda彼宠，也就是查看已安裝的軟件链蕊、搜索、安裝冤吨、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例客扎，其實(shí)安裝軟件很復(fù)雜英上，甚至有專門的一門課來(lái)講這個(gè)炭序，今天這里僅是入門操作啤覆。
- 第五步（選修），不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目惭聂，需要定制conda的分身窗声。（不理解就跳過吧）
我看大家都是先上流程圖：
第一步：軟件管理Miniconda
最方便快捷的軟件下載器，沒有之一辜纲。它的作用就相當(dāng)于App store笨觅，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝耕腾。日常生信使用小而精的Miniconda即可见剩。
image.png
來(lái)源：https://m.umu.cn/session/article/2jzz4ea87
第二步： conda介紹
2.1 百度/谷歌搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站）
2.2 進(jìn)入鏈接：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/后，下拉見下圖
2.3 點(diǎn)擊鏈接
第三步： 安裝和配置miniconda
3.1 登錄服務(wù)器
（1）查看自己電腦是多少位的
- 打開終端--輸入
uname -a命令
image.png
（2）進(jìn)入biosoft目錄
命令：`cd ~/biosoft`
3.2安裝最新版本（latest）
（1）說(shuō)明
- 為小白解釋一句：服務(wù)器和你的電腦是相互獨(dú)立的扫俺，服務(wù)器弄不壞盡管玩悉抵。你的電腦好不好栓拜、什么系統(tǒng)械姻，并不影響你使用服務(wù)器家肯。（來(lái)自Day2內(nèi)容 ）
- sh是腳本（就是一個(gè)程序，后臺(tái)的代碼）文件的后綴畸颅，也就是說(shuō)其實(shí)這是一個(gè)下載的腳本，如果你安裝失敗了方援，這個(gè)腳本是不需要重新下載的没炒，還是可以用的。
來(lái)源：https://m.umu.cn/session/article/2jzz3cb26
- 這里的Miniconda-linux犯戏、Miniconda-mac送火、Miniconda-windows是各自針對(duì)三個(gè)相應(yīng)的服務(wù)器系統(tǒng)，并不是說(shuō)我的電腦是mac就應(yīng)該下載“Miniconda3-MacOSX”先匪，因?yàn)槲覀儗W(xué)習(xí)的是linux系統(tǒng)下的軟件下載种吸，所以應(yīng)該選擇“Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”。如果希望在mac系統(tǒng)下運(yùn)行呀非，那么才應(yīng)該下載“Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh”坚俗。服務(wù)器上面的操作系統(tǒng)為服務(wù)器提供服務(wù)的，與本地電腦上的操作系統(tǒng)不是一個(gè)意思岸裙。
(2) 右鍵-復(fù)制下載鏈接
（3）粘貼復(fù)制的下載鏈接
用到wget命令
- 「for Windows」請(qǐng)記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了猖败，選中，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制降允，右鍵點(diǎn)一下是粘貼恩闻；
- 「for Mac」直接cmd + c 復(fù)制，cmd + v粘貼
PS：需要了解一下
wget命令剧董。
（4）開始安裝
輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令
安裝成功！
（5）最后還得激活（很重要Ｎ臼！Ｈ杌印）
source ~/.bashrc來(lái)激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說(shuō)明成功了.
如果報(bào)錯(cuò)边涕，說(shuō)明你可能沒有進(jìn)行上一步的source ~/.bashrc命令晤碘。
激活成功
（6）如果有失敗的話
不成功就將miniconda這個(gè)目錄刪除，還記得刪除文件夾怎么做吧功蜓？
然后從“怎么安裝miniconda”開始重來(lái)Ｔ耙！
注意不要?jiǎng)h除安裝包哈式撼，要不還得浪費(fèi)時(shí)間在下載上童社。
安裝有問題，可以參考演示視頻【無(wú)聲版】
鏈接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密碼：iwcd4k
（7）添加鏡像
- 所謂鏡像網(wǎng)站著隆，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本扰楼，conda在國(guó)外，我們?cè)趪?guó)內(nèi)下載軟件速度會(huì)很慢美浦，因此配置鏡像弦赖，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度浦辨。
- 把下面的代碼全部復(fù)制到命令行蹬竖，粘貼、回車（注意理解代碼的意思）
注意流酬，下面的代碼斷行顯示可能有問題币厕，總共4行哈。
# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
井號(hào)也常出現(xiàn)在一行的開頭芽腾，或者位于完整指令之后旦装，這類情況表示符號(hào)后面的是注解文字，不會(huì)被執(zhí)行摊滔。參考: DoubleLi
- conda也是舶來(lái)品阴绢，之前我們一直在用的國(guó)內(nèi)鏡像中科大和清華被列為無(wú)授權(quán)鏡像，又經(jīng)歷了改用官方鏡像的尷尬惭载，但后來(lái)又傳來(lái)了好消息旱函，清華源重啟。
- Windows用戶請(qǐng)記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了描滔，是鼠標(biāo)左鍵和右鍵
- Mac用戶比較方便棒妨，可以直接cmd+c復(fù)制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘貼
-
我的傻問題：老師，我沒有在我的服務(wù)器賬號(hào)里面找到Terminal/iterm2目錄券腔，請(qǐng)問老師伏穆，這個(gè)是要自己重新建一個(gè)目錄嗎？
老師的解答：terminal和iterms是你電腦上的軟件纷纫，不是文件夾枕扫。
此時(shí)已經(jīng)打開了這個(gè)英文叫terminal中文叫終端的軟件。
第四步（重點(diǎn)）：使用miniconda
【這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list - 搜索conda軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y - 檢查軟件是否安裝成功：
- 卸載軟件
conda remove fastqc -y - 檢查軟件是否卸載成功：
PS：檢查軟件是否安裝成功
（1）失敗的經(jīng)歷一：
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list
-
搜索conda軟件
conda search fastqc
【這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】
image.png 安裝軟件
conda install fastqc -y
【-y是yes辱魁，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes烟瞧，你可以試試不加-y有什么區(qū)別】
默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多染簇，可能需要用到老版本
如果要指定版本號(hào)参滴，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
- 卸載軟件
conda remove fastqc -y
反思：是因?yàn)槲以谥型緢?zhí)行了cd命令嗎？
解決：中途不執(zhí)行cd命令锻弓。
（2）失敗的經(jīng)歷二：
重復(fù)步驟：
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list - 搜索conda軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y - 檢查軟件是否安裝成功：輸入
fastqc - 卸載軟件
conda remove fastqc -y - 檢查軟件是否卸載成功：輸入
fastqc
反思：是因?yàn)檐浖膯栴}嗎砾赔？
老師有提到最新軟件有BUG。
image.png
解決：下面重新安裝老版本conda install fastqc=0.11.7 -y
（3）失敗的經(jīng)歷三：重新安裝老版本
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list - 搜索conda軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc=0.11.7 -y - 檢查軟件是否安裝成功：輸入
fastqc - 卸載軟件
conda remove fastqc=0.11.7 -y - 檢查軟件是否卸載成功：輸入
fastqc
劉老師在群里問了我：提問一下怎么查幫助文檔@旮旯里的山大王 青灼，你這個(gè)問題沒有搞清楚暴心。
反思：可能是我在檢查軟件是否成功這一步錯(cuò)了嗎？但是在教程里面就是輸入的fastqc杂拨，并不是像這個(gè)一樣：檢查軟件是否安裝成功
重點(diǎn)：喜從天降专普，哈哈哈哈，再來(lái)一遍試試０夤脆诉！
（4）希望是最后一遍
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list - 搜索conda軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y - 檢查軟件是否安裝成功：輸入
fastqc --help - 卸載軟件
conda remove fastqc -y - 檢查軟件是否卸載成功：輸入
fastqc --help
這里，真的好感謝兩位老師的解答４摇！？髡役纹！
第五步：.“conda 環(huán)境”（選修）
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組暇唾、基因組組裝促脉、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。
每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件策州，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的瘸味，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本够挂，怎么辦旁仿？
--別想了，辦法就是分身Ｄ跆恰枯冈！按照你的項(xiàng)目毅贮，定制不同的分身，安裝不同的軟件尘奏，互不干擾滩褥。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。
5.1 先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
conda info --envs (前面帶*的就是默認(rèn)的)
5.2 建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境
比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了炫加，好瑰煎，先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3俗孝，安裝軟件fastqc酒甸、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）(這里指定python版本是因?yàn)橛械能浖腔趐ython開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么驹针。)
命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
5.3 再次查看conda環(huán)境
命令：conda info --envs
創(chuàng)建完之后烘挫，再次查看一下我們的conda環(huán)境，conda info --envs 柬甥，看是不是多了一個(gè)rna-seq饮六。但是發(fā)現(xiàn)，默認(rèn)還是base苛蒲。所以要激活新的conda環(huán)境卤橄。
5.4 激活新的conda環(huán)境
命令：conda activate rna-seq
conda activate rna-seq，這時(shí)默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前面臂外；
另外你會(huì)發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq) ;
接著窟扑，你可以輸入fastqc試試，如果出現(xiàn)下面的一大片信息就說(shuō)明可以使用了（了解一下：其實(shí)這些是幫助信息漏健，你只輸入了一個(gè)軟件名稱嚎货，沒有給他跟上操作對(duì)象，所以他不會(huì)執(zhí)行命令蔫浆，就給你顯示幫助文檔讓你看看殖属，雖然，瓦盛，并不需要仔細(xì)看洗显，就是給你提供下安全感而已。）
如果要退出當(dāng)前環(huán)境原环，就運(yùn)行conda deactivate挠唆。
5.5 小結(jié)：
最后，今兒老費(fèi)勁了嘱吗，特別感謝花花老師和劉小澤老師的指導(dǎo)????玄组，前兩天也很感謝，嘿嘿～～～????
