寫在前面
物種進(jìn)化與基因進(jìn)化，兩者總是生物學(xué)研究的關(guān)注點(diǎn)之一拒课。物種進(jìn)化的基礎(chǔ)狼牺，應(yīng)是基因?qū)用娴难莼鄱６蜻M(jìn)化的基礎(chǔ)更多的來源于基因復(fù)制。常見的基因復(fù)制包括：
- 全基因組復(fù)制是钥，WGD
- 大片段復(fù)制掠归，Segmental Duplication
- 串聯(lián)復(fù)制，Tandem Duplication
- 轉(zhuǎn)座復(fù)制悄泥，Translocation Duplication
- ....
無論是開展大規(guī)模的數(shù)據(jù)分析虏冻，或者是常見的某個(gè)物種新基因，基因新功能弹囚，更或者性狀的可能獲得原因分析厨相，如果可以從物種演化的角度來探討相應(yīng)基因的來源，那么可以使研究有多方面的提升：
- 證據(jù)更為可靠
- 故事更為完整：只對(duì)當(dāng)前數(shù)據(jù)分析，我們只能知道是什么蛮穿？更或者為什么庶骄？但是有時(shí)候我們可能還想知道去哪里，更或者更常見的践磅，從哪里來单刁？
近期，課題組的師弟在做一些類似的分析府适。大體他做了這么一張圖
我大概知道這個(gè)圖可能來源于比較基因組大牛唐海寶老師的JCVI工具集羔飞。喊師弟調(diào)整這個(gè)圖的一些部分時(shí)，我順便問了一句檐春，
后面我就沒怎么管這個(gè)事情了褥傍。不過過了20多小時(shí)之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)問題調(diào)整的解決速度可能是個(gè)問題喇聊。昨晚吃完晚飯恍风，我掐指一算，一周沒寫代碼....要退化了誓篱。于是我原本是計(jì)劃用最多兩個(gè)小時(shí)的時(shí)間寫完的朋贬，沒想到從18點(diǎn)寫到22點(diǎn)....
不過我還是得到了一個(gè)新的工具，對(duì)于這個(gè)功能窜骄，我加入了自己的思考 [純粹的功能復(fù)制對(duì)我來說锦募，似乎沒有什么吸引力，也沒必要]：
- 靈活地按照用戶的需求邻遏，可以是輸入一個(gè)區(qū)間【比如我主要做小RNA的糠亩，不會(huì)有編碼基因】，也可以是輸入?yún)^(qū)間的起始編碼基因和終止編碼基因
- 自動(dòng)層級(jí)化解析可能的基因區(qū)塊准验，并可視化赎线，這個(gè)一種樹狀圖展開，第一個(gè)物種是一個(gè)區(qū)間糊饱，第二個(gè)物種可能是N個(gè)區(qū)間垂寥，第三個(gè)物種則可能是M個(gè)區(qū)間（取決于第二個(gè)物種對(duì)上多少個(gè)第三個(gè)物種的區(qū)間啊）
- 可以不依賴于共線性分析另锋，是的滞项，如果區(qū)間依賴于共線性分析，那么必要受到使用算法的限制夭坪。很多時(shí)候文判，算法總是存在局限的。當(dāng)然室梅，共線性分析結(jié)果可以讓你在最短的時(shí)間定為到可能的結(jié)果戏仓。
- .... 可交互潭流，對(duì)于我來說，不可交互的圖形更適合展示而不適合分析柜去』壹担可交互的圖形意味著可快速調(diào)整并直接分析。
- ....
基于這些考慮嗓奢，得到了下面這個(gè)新的功能
Evolutionary Conserved Blocks Finder
具體的使用與輸入：
- 代表第一個(gè)物種某個(gè)區(qū)間的文本讼撒，如：Chr1#2142423#4345533，或 ATG01G1231#ATG01G2231
- 不同物種簡(jiǎn)化后的基因信息文件股耽，格式為：Chr1\tGeneID\tStartPos\tEndPos\t[+-]根盒，即包括了基因所在位置和鏈的信息，注意物蝙，需要有意識(shí)地按照先后順序擺放物種的基因位置信息
- 基因?qū)π畔⒀字停袷綖椋篏eneID\tGeneID
使用注意：不同物種的染色體ID和基因ID都不能出現(xiàn)重復(fù)【建議對(duì)所有ID加上物種名】。
具體的使用方法如上圖诬乞，可以看到册赛，不僅僅是一個(gè)可視化工具，還是一個(gè)可視化實(shí)時(shí)分析工具：
- 自動(dòng)尋路
- 隨意調(diào)整基因區(qū)塊
- 基因區(qū)塊反向
- 鼠標(biāo)懸停展示基因ID
- 其實(shí)可以直接右鍵刪除一些不感興趣的Panel
6....
寫在后面
Emmm.... 正在考慮整理TBtools震嫉，然后盡快發(fā)表好了...不然似乎就要浪費(fèi)300個(gè)Citations了森瘪？歡迎各位在評(píng)論區(qū)留下可能可以用于文章撰寫的方向，比如...TBtools到底有啥亮點(diǎn)票堵？值得去發(fā)表扼睬。
